近期 Nature Medicine、Genome Biology 等期刊在微生物領域連發(fā)重磅研究。
? 來自斯坦福大學的研究團隊通過連續(xù)血糖監(jiān)測、代謝生理檢測以及代謝組學、脂質(zhì)組學、蛋白質(zhì)組學和微生物組學等多維度多組學方法,發(fā)現(xiàn)與餐后血糖反應(PPGR)及代謝表型相關的分子標志物,揭示了個體對多種標準碳水化合物膳食 PPGR 的差異及其背后的代謝生理機制[1]。
?周宏偉教授、何肖龍教授團隊通過宏基因組、代謝等多組學聯(lián)合分析發(fā)現(xiàn),肝硬化患者腸道中
Ruminococcus gnavus產(chǎn)生的苯乙胺(PEA)在腦中積累,導致肝性腦病。該過程依賴細菌苯丙氨酸脫羧酶(PDC)及宿主單胺氧化酶 B(MAO-B)活性下降。靶向 PDC 或 PEA 可緩解神經(jīng)癥狀,提示其為潛在治療靶點 [2] 。
?華大生命科學研究院基于華大自主測序平臺,開展宏基因組高通量深度測序,對大規(guī)模健康年輕人群的鼻腔微生物組進行研究,構建了迄今為止最為全面的鼻腔微生物群落目錄,揭示了不同性別的鼻腔微生物差異,并首次系統(tǒng)地評估鼻腔微生物這條「防線」的強度,為開發(fā)新的預防和治療策略提供了重要線索[3]。
如今發(fā)文越來越卷,如何將微生物研究與宏基因組測序與代謝等其他組學巧妙結合,以此碰撞出新的火花?「微生物+組學」的研究思路是什么?有哪些常見的發(fā)文套路?
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講師一:高杰 廣州醫(yī)科大學附屬第二醫(yī)院消化科 教授 博士生導師
主題:消化系統(tǒng)疾病宏基因功能酶挖掘
1. 聚焦腸道菌群功能酶在克羅恩病、肝性腦病中的突破性發(fā)現(xiàn)及臨床轉(zhuǎn)化;
2. 利用宏基因組、細菌培養(yǎng)組、代謝組等多組學分析發(fā)現(xiàn)腸道菌群 DL-內(nèi)肽酶是產(chǎn)生 NOD2 配體的關鍵酶。體內(nèi)實驗證明,低活性的 DL-內(nèi)肽酶會增加小鼠對腸炎的易感性。直接補充 DL-內(nèi)肽酶、產(chǎn) DL-內(nèi)肽酶益生菌或小分子 NOD2 激活劑,能通過激活 NOD2 信號緩解小鼠腸炎。深入闡述菌源 DL-內(nèi)肽酶通過 NOD2 信號緩解克羅恩病具體機制;
3. 通過臨床隊列研究與宏基因組數(shù)據(jù)驗證發(fā)現(xiàn)肝硬化病人中單胺合成能力顯著提升并鎖定關鍵物種
Ruminococcus gnavus及其關鍵酶 PDC,之后結合動物實驗驗證、多組學分析等方法,證實了菌源苯丙氨酸脫羧酶(PDC)是肝性腦病關鍵病因。
講師二:張喆 深圳華大生命科學研究院 生物信息副研究員
主題:宏基因組測序鼻腔微生物組群落提升疾病預測與生物標志物發(fā)現(xiàn)
1. 通過大規(guī)模宏基因組測序分析,揭示鼻腔微生物組性別差異;
2. 構建了全面的人鼻腔細菌 MAGs 目錄,并整合真菌群落進行分析;
3. 在分類學和功能水平上系統(tǒng)評估性別差異,發(fā)現(xiàn)鼻腔微生物組在不同性別之間存在的廣泛性別特異性特征;
4. 鼻腔微生物群落關鍵物種的性別依賴性遺傳進化特征,表明遺傳進化力量在塑造性別特異性方面發(fā)揮了重要作用。
參考文獻
[1].Wu Y, Ehlert B, Metwally AA, et al. Individual variations in glycemic responses to carbohydrates and underlying metabolic physiology.
Nature Medicine. 2025.
[2]He X, Hu M, Xu Y, et al. The gut–brain axis underlying hepatic encephalopathy in liver cirrhosis.
Nature Medicine. 2025.
[3]Ju Y, Zhang Z, et al. Integrated large-scale metagenome assembly and multi-kingdom network analyses identify sex differences in the human nasal microbiome.
Genome Biol. 2024.
內(nèi)容策劃:劉青、潘成
內(nèi)容審核:朱卿
題圖來源:圖蟲創(chuàng)意
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