1929年1月起，紅四軍向贛南、閩西進軍，開創了贛南、閩西革命根據地，奠定了后來的中央革命根據地的基礎。

隨著紅四軍的不斷發展，大量農民和其他小資產階級出身的同志加入到軍內及黨內來。紅四軍總的構成當中，南昌起義部隊占20%，農民占60%，歷次俘虜改編的約占20%，農民成了隊伍的主要力量。農民意識的負面影響，導致軍中蔓延著各種非無產階級思想，如單純軍事觀點、極端民主化、平均主義、流寇主義、盲動主義和軍閥主義殘余等。毛澤東同志洞察到，必須從制度上著手，完成對這支隊伍的思想改造。否則，這支隊伍會最終陷入歷代農民起義失敗的周期律。但因當時環境惡劣，戰斗頻繁，生活艱苦，部隊沒能得到及時教育和整訓。

1929年2月召開的羅福嶂會議上，朱、毛在創建根據地、實行民主集中等原則問題上出現了認識上的分歧，在是否設置軍委問題上發生了激烈爭論。軍委被毛澤東以前委名義撤銷。之后，毛澤東既擔任前委書記，又擔任黨代表，還兼任政治部主任。一些人指責毛澤東和前委“管得太多”，“權力太集中”，有“家長制”作風。毛澤東說，不是為個人爭兵權，而是為黨爭兵權。不能大權獨攬，就無法完成少數人改造大多數人的艱巨任務。1929年5月底召開的湖雷會議上，就“黨到底要管什么，管多大的范圍”進行了激烈辯論，矛頭直指毛澤東。結果，“黨只管行動問題，不管具體事項”的錯誤思想占據了上風。

在6月22日召開的紅四軍”七大“會議中，毛澤東的正確主張沒有能夠為紅四軍領導層大多數同志所接受。毛澤東落選前委書記，陳毅被選為前委書記。毛澤東不得不暫時脫離紅四軍領導崗位前往蛟洋養病，指導閩西地方黨的工作。

1929年9月，紅四軍“八大”召開，毛澤東抱病坐擔架趕到會場時，八大已經開完。大會依舊沒能解決“七大”所沒有解決的問題。

1929年8月下旬，陳毅抵達上海，向黨中央如實匯報了紅四軍的工作。中央政治局專門召開會議，聽取了陳毅的詳細匯報，并成立由周恩來、李立三、陳毅三人參加的專門委員會，深入研究討論紅四軍的問題。經過一個月的討論，形成了陳毅起草、周恩來審定的《中共中央給紅四軍前委的指示信》，即著名的中央“九月來信”。“九月來信”肯定了紅四軍建立以來所取得的成績和經驗，要求紅四軍前委和全體干部戰士維護朱德、毛澤東的領導，明確指出毛澤東“應仍為前委書記”。

中央的“九月來信”為紅軍“政治建軍”指明了方向。1929年11月26日，朱德、陳毅率領紅四軍在福建長汀迎回了正在養病的毛澤東。然后，紅四軍移師新泉，開展政治整頓和軍事訓練。整訓的目的是，黨要管軍隊，要努力鍛造政治更加合格、紀律更加嚴明、作風更加文明的紅四軍。這次整訓，為古田會議的召開創造了條件，也為起草九大決議做了重要的思想準備和文字準備。

1929年12月28日至29日，紅四軍第九次黨的代表大會在福建省上杭縣古田村召開。史稱“古田會議”。大會由陳毅主持。會上，毛澤東根據中央來信的精神和紅四軍具體情況作政治報告。朱德作軍事報告。陳毅傳達中央批示信并作反對槍斃逃兵的報告。會議選舉產生了新的中共紅四軍前敵委員會，毛澤東當選為前委書記。

會議總結了紅軍創建以來黨在同各種錯誤思想、錯誤傾向作斗爭的過程中積累起來的豐富經驗，統一了思想認識，一致通過了多種決議案。其中，最重要的是關于糾正黨內錯誤思想的決議。

這次會議將馬克思列寧主義與中國革命斗爭的具體實踐相結合，解決了中國共產黨在特殊國情下建黨、建軍的歷史性難題，對加強黨和紅軍的建設產生了深遠影響，對中國革命產生了深遠影響。