較之八路軍的成立，新四軍富有很大的特殊性。這種特殊性主要表現在葉挺雖為軍長，項英為副軍長，但考慮到葉挺不是黨員，故明確規定的是副軍長項英是新四軍的政委，軍分會的書記，葉挺連軍分會的正式成員都不是。加之項英的“家長式領導，根本不尊重非黨員的軍長，一些重要的文件也不給他看，又不堅決執行向敵后發展的方針，使葉挺無法施展才能開展工作”。這導致最終發生了葉挺“四次辭呈、兩次出走的事”。

而通過葉挺在新四軍的一段表現，蔣介石也沒想到非黨員的葉挺，竟完全聽命于共產黨的領導。于是，他準備借葉挺“出走辭職”之機，表示新四軍問題需重新研究解決，甚至他已起了將葉挺這個軍長另換他人的念頭和打算。

對于新四軍領導層出現的這種狀況，特別是蔣介石想借此換掉新四軍軍長葉挺，毛澤東主席高度重視，推出幾個舉措將蔣介石的陰謀和新四軍領導層出現的危機化解。

一是要在重慶的周恩來立即約葉挺到重慶談話，解決他的思想包袱問題。周恩來與葉挺早在南昌起義時便密切合作過，他們曾是起義的主要領導人，兩人的私交也很好。包括國共實行抗日民族統一戰線后，葉挺到新四軍工作，都是提前和周恩來進行商討決定的。

毛澤東主席要求周恩來不僅要解決葉挺的思想包袱問題，同時還明確要切實考慮到葉挺在新四軍如何順利開展工作的問題，切實考慮到“葉挺工作問題之解決，影響新四軍前途及全國同情者對我之態度，關系頗大”現實情況，努力解決“葉挺在新四軍之實際地位與實際職權問題”，以最大限度地調動葉挺工作的積極性主動性和創造性。

最終，由周恩來提議并經中央軍委于1939年1月批準，對新四軍委員會的領導組織進行了重新調整，主要是將原來的新四軍委員會主任，由項英擔任正職葉挺擔任副職，倒換過來，調整為“葉正項副”。這樣便使葉挺名正言順地開展新四軍的主要領導工作。

二是要求葉挺明確向蔣介石表示，他愿意回新四軍工作。因為葉挺這個新四軍軍長本來也是蔣介石任命的，通過葉挺本人有一個堅定的明確的態度，使蔣介石不好出爾反爾把他這個軍長換掉。特別是葉挺作為國內非常知名而有影響的北伐名將，蔣介石在這么短的時間內就給其撤換掉，顯得蔣介石面子上也并不好看。

三是如果蔣介石決心一意孤行，明確提出要換新四軍軍長的話，毛澤東主席要求周恩來向蔣介石表達共產黨方面堅決反對之意。要求蔣介石必須下令糾正這一錯誤行徑。這是個原則問題，沒有調和的余地。也就是說，新四軍軍長，共產黨方面必須堅持葉挺來當，換國民黨方面來人取而代之是絕對不可能的。

經過與蔣介石的斗智斗法，經過周恩來耐心細致地做葉挺的政治思想工作，最終使蔣介石想換掉葉挺新四軍軍長的打算成為了泡影。葉挺又重新回新四軍擔任軍長工作。

為了把新四軍主要領導之間的關系進一步協調處理好，周恩來還利用來皖南新四軍軍部視察的機會，專門做項英的思想工作。盡管項英從內心里并不接受這些，但在這種大勢下，他又不好硬頂，也不好完全排斥。于是，他也做了一些主要領導班子之間爭取團結的表態。不管怎么說，至少從表面上看，葉挺和項英二人之間的關系，從此還真有了一些起色和好轉。