在交通運(yùn)輸部的力量架構(gòu)中，有一個(gè)正廳級(jí)的行政單位叫“交通運(yùn)輸部海事局”（對(duì)外也稱作“中華人民共和國(guó)海事局”），而該局也正是我國(guó)直屬海事系統(tǒng)的最高領(lǐng)導(dǎo)機(jī)構(gòu)。所謂直屬海事系統(tǒng)其實(shí)指的就是由交通運(yùn)輸部海事局垂直管理的海事機(jī)構(gòu)，主要分布在我國(guó)沿海地區(qū)和長(zhǎng)江干線流域，職責(zé)重大、使命光榮。

交通運(yùn)輸部海事局（中華人民共和國(guó)海事局）的主要任務(wù)是履行水上交通安全監(jiān)督管理、管理通航秩序/通航環(huán)境、船舶及相關(guān)水上設(shè)施檢驗(yàn)和登記、防治船舶污染、擬訂政策法規(guī)和技術(shù)規(guī)范標(biāo)準(zhǔn)、航海保障、組織實(shí)施國(guó)際海事條約等行政管理和執(zhí)法職責(zé)，以及承辦交通運(yùn)輸部交辦的其他事項(xiàng)。

值得一提的是，雖然交通運(yùn)輸部海事局（中華人民共和國(guó)海事局）只是個(gè)正廳級(jí)單位，但卻下轄著許多的廳級(jí)直屬單位，其中正廳級(jí)單位占絕大多數(shù)。根據(jù)公開資料顯示，交通運(yùn)輸部海事局目前領(lǐng)導(dǎo)管理著正廳級(jí)的“上海海事局、天津海事局、遼寧海事局、河北海事局、山東海事局、浙江海事局、福建海事局、廣東海事局、廣西海事局、海南海事局、長(zhǎng)江海事局、江蘇海事局、黑龍江海事局、深圳海事局”，以及副廳級(jí)的連云港海事局，還有北海航海保障中心、東海航海保障中心和南海航海保障中心。

其中，深圳海事局是我國(guó)唯一一個(gè)在副省級(jí)城市設(shè)立的正廳級(jí)直屬海事機(jī)構(gòu)；而連云港海事局則是交通運(yùn)輸部設(shè)置在連云港的直屬海事機(jī)構(gòu)，其前身為1987年2月18日由交通部組建的原交通部連云港海上安全監(jiān)督局，現(xiàn)為副廳局級(jí)單位。

至于交通運(yùn)輸部北海航海保障中心成立于2012年10月，現(xiàn)為交通運(yùn)輸部直屬事業(yè)單位，納入部海事局管理范圍，從2013年1月1日開始正式運(yùn)行。自2018年7月1日起，北海航海保障中心管理關(guān)系已由委托天津海事局管理調(diào)整為由部海事局直接管理，中心機(jī)關(guān)內(nèi)設(shè)9個(gè)正處級(jí)機(jī)構(gòu)。

交通運(yùn)輸部南海航海保障中心成立于2012年10月，現(xiàn)為交通運(yùn)輸部直屬事業(yè)單位，納入部海事局管理范圍，主要承擔(dān)轄區(qū)范圍內(nèi)的海事航標(biāo)建設(shè)養(yǎng)護(hù)、港口航道測(cè)量繪圖、水上安全通信等技術(shù)支持和服務(wù)保障職責(zé)。交通運(yùn)輸部東海航海保障中心同樣是交通運(yùn)輸部直屬事業(yè)單位，由交通運(yùn)輸部海事局直接管理，主要承擔(dān)轄區(qū)范圍內(nèi)海事航標(biāo)建設(shè)養(yǎng)護(hù)、港口航道測(cè)量繪圖、水上安全通信等技術(shù)支持和服務(wù)保障職責(zé)。

而由于直屬海事系統(tǒng)實(shí)施“正廳管正廳”的特殊架構(gòu)，并且正廳級(jí)的交通運(yùn)輸部海事局同時(shí)領(lǐng)導(dǎo)管理著十多個(gè)正廳級(jí)海事局，所以根據(jù)管理需要，現(xiàn)任交通運(yùn)輸部海事局局長(zhǎng)一職是由交通運(yùn)輸部黨組成員、副部長(zhǎng)兼任的，此外這名副部長(zhǎng)還兼任著中國(guó)海上搜救中心主任一職，這就是所謂的“高配”。

在內(nèi)設(shè)機(jī)構(gòu)方面，交通運(yùn)輸部海事局設(shè)有辦公室、政策法規(guī)處、政策法規(guī)處、財(cái)務(wù)會(huì)計(jì)處、人事教育處（公務(wù)員管理處）、通航管理處、船舶監(jiān)督處（中國(guó)便利海上運(yùn)輸委員會(huì)辦公室）、危管防污處、船舶檢驗(yàn)管理處、船舶技術(shù)規(guī)范處、船舶技術(shù)規(guī)范處、安全管理處、航海保障管理處、執(zhí)法督察處（地方海事管理處）、科技信息處、國(guó)際合作處、審計(jì)處、黨組工作部（組織處）、宣傳處、紀(jì)檢辦公室和機(jī)關(guān)黨委辦公室（工會(huì)辦公室）。