1949年9月25日、26日，在我黨的政策感召和大軍壓境的形勢下，時任國民黨軍新疆警備總司令陶峙岳、新疆省政府主席包爾漢率領所部七萬余人通電起義，新疆遂宣告和平解放。

同年12月下旬，起義部隊被改編為中國人民解放軍第二十二兵團，陶峙岳任司令員，第一野戰(zhàn)軍第一兵團司令員王震兼任該兵團政治委員。

然而，盡管陶峙岳和包爾漢已經通電起義，但由于其部隊成分復雜、駐地分散，加之又有特務分子從中搗亂，所以在新疆和平解放之初，南疆地區(qū)的叛亂事件時有發(fā)生，給人民群眾的生產生活帶來了極大的危害。

比如新疆和平解放后僅一個月，駐哈密的國民黨第178旅中的部分官兵在個別反動軍官的策動下，先后制造了搶劫銀行、縱火等事件，給哈密人民造成了巨大的損失，同時也極大影響了哈密的社會秩序。

為了平定叛亂，王震派出了自己的兩員得力干將——時任第二軍軍長郭鵬和政治委員王恩茂前往。

郭、王二人領受任務后，當即派兵趕至哈密，一方面進行滅火救災，解救受困群眾，發(fā)放救濟糧；另一方面則嚴懲叛亂分子，加強對起義部隊的政治教育。

最后，在二人的不懈努力下，僅用了很短的時間，就恢復了哈密的社會秩序。

緊接著，郭鵬和王恩茂又率部相繼平定了鄯善、和田、庫爾勒等地的叛亂，一舉解放了南疆地區(qū)。

不久后，以第二軍黨委為基礎組建的“南疆區(qū)黨委”正式掛牌成立了，王恩茂任書記，郭鵬任副書記。而也正是從這個時候起，王恩茂與新疆結下了不解之緣。

為了更好地建設南疆地區(qū)，王恩茂根據組織上的要求，發(fā)動了新疆歷史上最大規(guī)模的“屯墾戍邊”大會戰(zhàn)。

在這場偉大的戰(zhàn)役中，王恩茂既是坐鎮(zhèn)指揮的首長，也是沖鋒在前的戰(zhàn)士，他與戰(zhàn)士們同吃、同住、同勞動，每天開荒達16個小時，手被磨出了血泡，好了成繭后又繼續(xù)干。

在王恩茂的帶領下，當年開荒播種面積達80多萬畝，收獲糧食近7000萬斤。短短3年后，即1952年，開荒面積就翻了10倍，并建成了95個半機械化和馬拉犁農場，共收獲糧食7.5億斤，比首次開荒種糧時翻了整整10倍。

如此巨大的豐收，不僅滿足了部隊的需要，同時也在極大程度上緩解了新疆各族人民的糧食困難。

然而，作為領導，王恩茂的工作更為繁忙，他白天要與官兵們共同開荒種糧，晚上回來也全然顧不上休息，經常走街串戶地去做調查，幫助人民群眾解決實際困難，深受新疆各族人民的愛戴。

1952年，王恩茂因工作突出，調任新疆分局第一書記、新疆軍區(qū)代政委。而后又任新疆黨委第一書記、新疆軍區(qū)司令員兼政委，正式開始主政新疆。

在這之后，王恩茂又領導打響了第二次大會戰(zhàn)——實行農村土地改革。

在他的努力下，僅用了不到一年的時間，新疆地區(qū)的200多萬各族貧困農民就變成了730多萬畝土地的新主人。在王恩茂的悉心治理下，新疆地區(qū)的經濟得到了很好地發(fā)展，各族人民生活幸福。

然而，就是這樣一個功勛卓著的人才，在1966年后卻遭到了嚴重的沖擊，被迫離開奮斗了近20年的新疆，而他一心倡導的農村“五好”建設（好的條田、好的林帶、好的道路、好的渠道、好的居民點）也受到了嚴重的影響。

但即便如此，王恩茂也始終關注著新疆地區(qū)的發(fā)展，但可惜的是，他此后一直未能回去，1977年后還擔任吉林省委書記。直到1981年10月，王恩茂才得以返回新疆，并擔任自治區(qū)黨委第一書記，再次主政新疆。

而王恩茂回到新疆的第一件事，就是堅持領導農村的“五好”建設，大力發(fā)展農村經濟。據相關數據記載：

從1978年至1995年的17年間，新疆地區(qū)的糧食作物畝產由107公斤增加到了3055公斤，棉花畝產由25公斤增加至83.9公斤，增產的效應中，王恩茂所倡導的“五好”建設所占份額達3%-50%，土地利用率高達85%左右。

王恩茂重返新疆的時候，正值新疆的多事之秋，擾亂社會安定的事件層出不窮，比如在王恩茂回到新疆后的第六天，就發(fā)生了喀什“10.30”事件。

經調查，這起事件是由于人民內部矛盾引起的刑事案件，實際并不復雜，也很容易解決，但由于壞人的煽動，導致問題復雜化了。

對此，王恩茂當即決定：一方面派少數民族干部去做解釋工作，消除民眾的疑慮；另一方面則對背后的組織煽動者進行堅決的清理打擊。

后來，王恩茂的講話在事發(fā)廣場進行廣播，群眾聽后紛紛說道：老書記回來了，我們都聽他的，不鬧了……最后，在一位維吾爾族老大娘的指認下，組織煽動鬧事者很快就被繩之以法。

盡管當時各種事件層出不窮，但王恩茂上任后，很快就把這些事件給平定了。而王恩茂之所以能如此快速解決這些事情，除了其強硬的手腕外，更重要的還是他在新疆各族人民心中的威望。

王恩茂將軍不僅心系新疆的建設與發(fā)展，他也經常教育孩子們要扎根新疆，為新疆人民做貢獻。然而，這里畢竟條件有些艱苦，孩子們還是想到別的地方去看一看。

比如當時正在新疆部隊工作的將軍三子王北會，就曾想通過父親的關系調離新疆，結果受到了父親的批評：我們要求別人要扎根新疆，但如果我們不帶頭，怎么能說服教育別人呢？在父親的批評教育下，王北會當即便放棄了調動工作的念頭。

后來，王北會的兒子從軍校畢業(yè)后，原本是可以留在北京工作的，結果王恩茂當即便給孫子打去了電話，讓他回新疆工作。

1985年10月，王恩茂從一線領導崗位上退了下來，擔任自治區(qū)顧委主任。但即便已經退居二線，但他仍表示將繼續(xù)留在“第二故鄉(xiāng)”——新疆，繼續(xù)與新疆人民在一起。

1986年4月，時年73歲的王恩茂當選為全國政協(xié)副主席，成為了黨和國家的領導人之一。

當時，為了表彰他的功勛，總后勤部曾提出在北京給他蓋一間大點的房子，但被他婉言拒絕了。不僅如此，王恩茂將軍甚至都沒有將自己的供給關系轉到條件更好的北京。

王恩茂將軍在新疆工作、生活了40年之久，期間曾兩次主政新疆，擔任省區(qū)黨委一把手長達25年，這在同級別的漢族領導干部中算是非常罕見的。對于這片土地，王恩茂將軍有著特殊的感情，他曾深情地說：

“我熱愛新疆，熱愛新疆各族人民，新疆是我的第二故鄉(xiāng)。將來我死后，就埋在天山腳下。”

2001年4月12日，王恩茂將軍病逝，享年88歲。遵照老將軍的遺言，他的骨灰安放在天山腳下，這片令他魂牽夢繞的土地上。