1933年初，中央工農民主政府接受毛主席的建議，將汀州福音醫院遷往瑞金葉坪楊崗下，正式創立了中央紅色醫院，任命傅連暲為院長兼中央紅色醫務學校校長。

傅連暲為了革命，不僅放棄了每月400元大洋的優厚收入，而且全家遷到瑞金，把整個醫院和他自己的全部家產都捐獻給中央紅色醫院。170人整整搬了半個月才把醫院搬完。僅傅連暲自家診所捐獻的藥品就價值2000多元，中央政府機關報《紅色中華》于1933年4月26日專門為此發表了題為《紅送給捐助巨產的傅院長》的文章，表揚他是“蘇區第一個范”。

中央紅色醫院成立后，第一批接受了80多個傷病員住院治療。傷員中有紅軍總政治部主任王稼祥，他在第四次反“圍剿”中受了重傷，炸彈片留在腹中，傷口化了膿。他被抬到醫院時，情況很不好，傅連暲采用“保守療法”，排膿去毒、打針吃藥、補助營養、保護傷口等措施，雖然因為傷口過于嚴重而未能治愈，但保全了他的生命。長征后，中央送王稼祥到蘇聯作手術,取出腹中彈片,傷口徹底痊愈。

紅九軍團政委蔡樹藩，在福建沙縣作戰中，胳膊受了重傷，經傅連暲兩三個月治療，痊愈出院。傷病員中還有周以栗、紅十二軍軍長伍中豪、方強等紅軍重要領導人。

中央紅色醫院設有西醫和中醫，第一個中醫師是從上海來的鄧穎超的母親楊振德，她年近60歲，卻竭力把自己的醫術貢獻給革命事業。鄧媽媽和傅連暲都主張中西醫結合，遇到疑難病癥，他們就一起會診，確診后，中西藥結合治療，常常取得顯著療效。他們的工作配合很好，關系很融洽。

傅連暲一家住在離楊崗下隔條小河的朱坊，那時鄧穎超的身體不大好，傅連暲就請鄧穎超和鄧媽媽一起住到他家休養，生活上由劉賜福照顧，傅連暲的孩子們都親昵地稱鄧穎超為“滿姑”。

1933年6月，中國工農紅軍衛生學校由興國茶嶺遷到瑞金葉坪，與傅連暲主持的中央紅色醫務學校合并，中央紅色醫院改為衛生學校的附屬醫院，傅連暲仍為該院院長。附屬醫院可收納300多名病人，在中央蘇區是設備條件最好、技術水平最高的醫院，能施行比較復雜的手術，并擁有X光和比較先進的化驗設備。

正當傅連暲滿懷信心地為革命工作時，他受到了一次意外的嚴重打擊。那時，王明“左”傾錯誤路線盛極一時，閩西搞“肅社黨”，江西抓“AB團”，許多革命者無辜受害，傅連暲也成為“左”傾路線的迫害對象。

有人說他基督教徒參加革命是假革命，還說他是郭鳳鳴的“軍醫處長”，一定是敵人派到紅軍中來的內奸，逼著他承認給敵人做了內奸。傅連暲說，“我根本就沒有做，承認什么呀!”硬遍不成，便說他是“反革命”、“AB團”分子，要抄他的家，甚至威脅要槍他。他們撤銷了他的職務，剝奪了他的公民權，準備送交司法部門審判。

傅連暲有口難辯，處境十分險忍。后來他在回憶這件事情時說:“在危急之中時，我到何叔衡那里去找他，他只搖頭，找毛主席，因他本身已受打擊也沒辦法，好在洛甫同志打電話救了我，又得王稼祥的信才救了我的命?！?/p>

原來，張聞天(洛甫)聽了傅連暲的申訴，他立刻拿起電話簡，給當時衛生部的負責人打了電話。張聞天同志在電話上嚴肅批評了對方，說：

“傅連暲的事你們不要再搞了，馬上停止!要是不停止再搞下去的話，就處分你。”

就這樣，這件事才算壓下去?？墒?，他的兩個學生李主應、林雪庭醫生因他的關系，無辜被當成“AB團”分子殺害了。

1934年4月，成立中華蘇維埃國家醫院，傅連暲被任命為院長，他又一如既往，積極愉快地投入了工作。

1934年9月，正當第五次反“圍剿”的最后關頭，毛主席在于都突然病倒了，高燒到41度，一連三天不吃不喝，肚脹、頭痛、咳嗽不止。

黨中央接到報告后，馬上派傅連暲前往治療。瑞金到于都180華里，傅連暲騎了一匹騾子星夜兼程，第二天傍晚趕到了于都。他詳細了解了毛主席患病后幾天的情況，接著檢查了毛主席的身體，確診為患了惡性瘧疾。于是給他吃了奎寧片，注射奎寧和咖啡因。

第二天，毛主席的病情轉危為安，體溫開始降低，還能安穩入睡。到了第四天，毛主席就恢復健康，又開始工作了。毛主席當時正在負責調查紅軍突圍路線，他的健康和紅軍的存亡密切相關。

所以，毛主席及時得到治愈，人們都認為傅連暐在關鍵時刻為黨立了一大功。