《孤舟》是一部以抗日戰爭為背景的懸疑戰爭劇，主要講述了顧易中在抗戰期間經歷的一系列復雜事件和成長的故事。其中對他影響巨大的兩個女人一個是初戀肖若彤，一個是相濡以沫的張海沫。

胡之平作為一個有文化有思想的愛國人士，卻在利益誘惑之下以顧慧中和孩子為借口投靠周知非，而如張海沫這樣的普通人，卻為了國家和愛人甘愿進入旋渦中心。

羅武強表白肖若彤，黃秋收犧牲，才知顧易中對張海沫有多深情。

顧易中一開始進入90號特工站只為了證明自己的清白，而隨著胡之平“八號細胞”的身份被揭開，父親、姐姐皆因此事而死，查明真相后他本想接受肖若彤的建議，離開蘇州去根據地，可區昕萍卻用張海沫的性命威脅他。要求為她提供蔣伯先的消息，他只能被迫重回90號。

他清楚存在于她們兩人之間的感情，海沫并不會真的有生命危險，只是即使只有萬分之一的可能，他也絕不能讓此事發生。一路以來，他遭所有人唾棄時，甚至連姐姐顧慧中、女友肖若彤都不敢完全信任他，海沫都從未懷疑過他。總在他需要的時候幫他度過危機，不求任何回報。

蔣伯先被營救成功。又收到了美國轟炸日本珍珠島的消息，一連串事件讓李先生看到了未來局勢的變化，日本人很快就會徹底完了。為了未來的生存他需要更多的籌碼，便讓周知非拉攏羅武強。而羅武強驍勇善戰，手握一支八千人的獨立精銳部隊，并且武器精良，實力出眾，因此各方勢力都想要拉攏他與自己統一戰線。

海沫生日，顧易中以給她買禮物為由與黃秋收接頭，給他的任務是查清小林信男正在實施的“武工作”的具體計劃和細節。海沫看到了一切，卻絲毫沒有責怪就連生日都要算計進來。她處處配合他的需求，甚至體諒他不能愛的心情。

周知非為了抓到顧易中的把柄，誣陷海沫是重慶方面的特務。顧易中以海沫是未婚妻為理由將此事化解了。后來他故意讓顧易中、張海沫、肖若彤、羅武強一起參加飯局，希望從中找出幾人假關系的破綻，最終在海沫的協助下，依然沒有突破。

肖若彤被派去接近羅武強，羅武強卻說在很久之前他便心儀于她。甚至準備好了求婚的戒指希望她能嫁給他。在得知他對自己的感情后，她不愿用感情的事情欺騙他加入她的陣營，果斷的拒絕了他。

周知非拿到黃秋收與顧易中接頭的照片時，立刻聯系了上海的人抓了黃秋收。他以為終于抓住了顧易中的把柄，卻沒想到黃秋收在被押往90號的途中，與全車人同歸于盡了。

而羅武強在搖擺不定時，顧易中終于找到了日本人關于“武工作”的情報，原來日本人一直是假借合作為由，實際是想暗地里將他一網打盡。在看清真相后，羅武強才終于答應了肖若彤的提議。

可周知非依然不甘心，他綁走了肖若彤，肖君俠與顧易中暗中營救肖若彤，眼看著就要成功了，卻在最后一步被開槍打死了。肖若彤死在了顧易中的懷里。

她看到了顧易中與張海沫之間的默契和感情，只怪自己當初沒有更堅定的相信他，沒能用盡全力與他站在一起，而到最后時刻，她明白他從未辜負自己，但他的心里在不知不覺中，早已住進了另一個人，只是他沒有察覺。

周知非的晚宴上，雖然他隱忍著情緒，但他對海沫關心和自然的靠近是能看出他內心深處對她的依賴，仿佛只有她才能讓他翻涌的內心恢復平靜和安寧。

他從不敢承認自己對海沫的感情，或許到最后他也不敢看清自己，只能用革命友誼來解釋對她的依賴和喜歡。

羅武強的加入為抗戰的勝利奠定了基礎。黃秋收卻在此次事件中犧牲了。看到最后，才知張海沫和顧易中在不知不覺中早已互相牽絆。不在是單方面的喜歡。