1966年的“運動”爆發后，時任昆明軍區司令員兼云南省委書記處書記的秦基偉也受到了沖擊。8月中旬，云南省委第一書記兼昆明軍區政治委員閻紅彥對秦基偉說：“你要當心，昆明軍區有人要整你，害人之心不可有，防人之心不可無，你要提高警惕。別人把材料都寄到上面去了。”

秦基偉

秦基偉卻拍著胸脯說：“我不怕，為人不做虧心事，不怕半夜鬼敲門！”

8月下旬，昆明地區的造反派組織開始沖擊云南省委，閻紅彥更是他們集中沖擊的對象。秦基偉對此心急如焚，為了保護閻紅彥，他在一次省委常委會上提出了“大拖小頂”的方針：“大拖就是在大的方面拖時間，搞‘蘑菇戰術’，一旦政治氣候變化，再來‘秋后算賬’。小頂就是在一些具體問題上，抓住造反派的‘小辮子’，整一下。”

秦基偉還要求負責內保工作的云南省軍區副司令員王銀山負責閻紅彥的安全，而且要“絕對負責”，安排情況要隨時向他報告。保護閻紅彥，后來成為了秦基偉“執行資產階級反動路線”的一大“罪狀”。

此后秦基偉的處境越來越難，他不僅無法工作，而且多次被抓去批斗。周恩來了解了秦基偉的情況后，派人在1967年初把他接到了北京，以治病為名保護了起來。秦基偉到北京后，被安置在京西賓館，他看不到任何文件，聽不到任何報告，成天無所事事，感到非常苦悶。

秦基偉（左）

1968年春，昆明軍區的造反派來到北京找到了秦基偉，逼他揭發軍區副司令員魯瑞林的問題，秦基偉說：“我和魯瑞林同志工作上配合得很好，沒發現他有什么問題。”

對方卻喝道：“那你談他的歷史問題。”

秦基偉說：“他的歷史歸組織上審查，我不了解他的歷史。”

“你真不了解？”

“真不了解！”

“這里有毛主席像，你敢在毛主席像前發誓嗎？”

秦基偉沒有多想，直接回答：“我當然敢。”

造反派見問不出什么東西，就讓秦基偉坐了“噴氣式”。秦基偉就這件事向軍委辦事組寫信，抗議安全得不到保障，但卻無果而終。

1969年秋天，秦基偉被疏散出北京，并被安排在洞庭湖邊一個勞改農場勞動。農場的伙食極差，幾乎幾個月不見油葷，秦基偉卻毫不在意，他每天堅持和戰士們一起勞動，有時一天要挑30多擔大糞。

農場的戰士們并不知道秦基偉的底細，只知道他是個被打倒的大官，便都喊他“老秦”。時間長了以后，秦基偉和大家打成了一片，有人問他：“老秦，你是個大官，來這里生活這樣苦，勞動這樣重，你為什么還這么樂觀？”

秦基偉笑著回答說：“我是勞動人民出身，從小就喜歡勞動，參加紅軍是為了窮人翻身求解放，不是為了當官，現在來勞動，有什么不樂觀的？”

1971年初冬的一天，營部衛生所的陳醫生悄悄對秦基偉說：“老秦，告訴你一件事，你別嚇著。林彪是毛主席身邊的定時炸彈，陰謀刺殺毛主席。事情敗露后他帶著葉群、林立果坐飛機逃往蘇聯，結果飛機掉下來，他們都摔死了。”

秦基偉聽后大驚，他預感到中國的政治局勢將會有大的變化，自己可能會被解放，重新走上工作崗位。

不過此后很長的一段時間里，秦基偉依然沒有獲得自由。直到1973年4月的一天，周恩來在一次政治局的會議上問道：“秦基偉到哪里去了？”

總政治部副主任田維新馬上站起來匯報：“根據我們調查掌握的情況，秦基偉被關押在湖南，由廣州軍區負責，具體情況還不很清楚。”

周恩來當即拍板：“把他調回來嘛！”

周恩來

不久以后，秦基偉被接回了北京，周恩來通知田維新說，他要見見秦基偉。當時總政治部還沒有給秦基偉做結論，他的工作安排也還沒有定下來，在田維新的印象中，周恩來召見尚未做結論的將軍，只有秦基偉一人。

田維新馬上給秦基偉打了電話，向他通報了周恩來要見他的事。秦基偉聽后非常激動地問：“總理要見我，我穿什么衣服去？”

田維新說：“穿軍裝。”

秦基偉又問：“那我還戴領章嗎？”

田維新說：“當然戴！”

軍裝，尤其是領章，是軍人的標志，這說明中央即將給秦基偉重新安排工作，此時距離他被“打倒”已經7年了。

不久以后，秦基偉正式恢復工作，出任成都軍區司令員，開始了新的征程。