新疆實在太大了，相當于東部數個省，新疆包括幾個地理區域，并非簡單的南北疆。

新疆除了南北疆還有東疆，伊犁雖屬北疆，但也是封閉的地理區域。

新疆的地理是三山夾兩盤，“三山”指東西向的三條主要山脈，它們從北到南依次是阿爾泰山、天山和昆侖山；“兩盆”則指的是位于這三條山脈之間的兩個大型盆地，即準噶爾盆地和塔里木盆地。

然而，新疆中間的天山并不是一條線，而是有分叉的山脈，天山只是粗略將新疆分成南北疆，但在天山分叉中還有獨立的地理區域。

東疆通常是吐魯番、哈密兩地，還包括其中的兵團新星市。東疆面積將近20萬平方公里，其主體是吐哈盆地，這也是一個獨立的地理區域。在哈密境內，雖然仍然有天山，但此處的天山非常低矮，已經不構成地理上的阻礙，因此哈密市北部的兩個縣也與吐哈盆地的聯系非常緊密。

南疆的范圍就更加明確了，基本上是喀什地區、和田地區、 阿克蘇地區、克州、巴州以及兵團四個市，南疆中心是塔里木盆地，四周基本都是山，是一個非常閉環的地理區域。

南疆地區面積大約是106萬平方公里，在這個區域里面除了有一個較小的開口之外，四周都是山。而南疆東部的開口本來是絲綢之路的南線，由于地理路線的變成，這個地方的庫木塔格沙漠已經人跡罕至，不作為交通的主通道。

除了東疆、南疆的地方，都屬于北疆地區。北疆地區總面積將近40萬平方公里（包括伊犁河谷），以準噶爾盆地為核心。在歷史上北疆地區常常會變成游牧地區，人口比較少，但準噶爾盆地本身是一個資源豐富的地方，再加上北疆雨水條件比較好，因此北疆的富裕與發達程度其實不亞于中國東部的省份。

在北疆范圍內有一個特殊的地方，那就是位于南天山、北天山之間的伊犁河谷。伊犁河谷面積大約是5.5萬平方公里，在行政區劃上就是伊犁州直屬地區（不包括飛地奎屯市）。伊犁河谷在地理區域上顯然不屬于準噶爾盆地，這也是新疆地理條件最好的地方。

面積廣大的新疆從地理上其實分成東疆吐哈、南疆塔里木、北疆準噶爾、伊犁河谷四個地理區域，伊犁河谷通常也算成北疆的一部分。