作為一名高校教授，常珊在 2020 年決定，擔(dān)任 AI 制藥公司普美瑞生物的 CTO 。

那一年，他 38 歲，巧合的是當(dāng)年國(guó)內(nèi)成立了 38 家這樣的公司。這是一種偶然，但也有不少機(jī)緣，因?yàn)橄袼@樣具有高校或研究院背景的公司技術(shù)負(fù)責(zé)人，幾乎占據(jù)了 AI 制藥的半壁江山。后來(lái)業(yè)界約定俗成，把 2020 年稱(chēng)作“中國(guó) AI 制藥元年”。

那時(shí)常珊早已是江蘇理工學(xué)院的一名教授，還擔(dān)任該校生物信息與醫(yī)藥工程研究所的所長(zhǎng)，教研和行政兩重職務(wù)，讓他那幾年尤其拼命，“仍像學(xué)生一樣，每天早早去實(shí)驗(yàn)室，工作到很晚。”

在旁人看來(lái)，常珊是個(gè)時(shí)間再難擠出一絲的人，但他自己不這么覺(jué)得，還會(huì)在每?jī)赡暌粚玫?CASP 競(jìng)賽開(kāi)啟之時(shí)，拿出扎實(shí)的三個(gè)月時(shí)間專(zhuān)注于此。

CASP 是被譽(yù)為“生物界的奧林匹克競(jìng)”的全球性賽事，比拼的是對(duì)蛋白質(zhì)三維結(jié)構(gòu)的預(yù)測(cè)，2020 年由谷歌旗下DeepMind 開(kāi)發(fā)的名為 "AlphaFold 2" 的 AI 系統(tǒng)，就是在此奪冠揚(yáng)名立萬(wàn)。因此，對(duì)于想在生命科學(xué)領(lǐng)域建立聲名，躋身全球前沿科研梯隊(duì)的初創(chuàng)公司和高校學(xué)者來(lái)說(shuō)，此賽是一條出路。

可想而知，這非常消耗體力。常珊說(shuō)到，“CASP 的壓力非常大，要求在三個(gè)月內(nèi)完成上百道題目，如果是其他競(jìng)賽我能邊做題目邊進(jìn)行學(xué)位論文研究，但 CASP 要求參賽者全心投入，掐著表計(jì)算時(shí)間，每天都要提交結(jié)果，處理新題目。”

2022 年底，常珊在 CASP 15 中拿下“蛋白/RNA-配體復(fù)合物結(jié)構(gòu)預(yù)測(cè)”賽道的冠軍。

他笑著承認(rèn)了，緊接著又低調(diào)表示，這只是一個(gè)小領(lǐng)域的評(píng)估，“這里我們還可以這樣優(yōu)化...這個(gè)技術(shù)可以這樣落地...”但變化還是有的，賽后請(qǐng)他做報(bào)告的更多了，他的研究有人關(guān)注了，專(zhuān)程來(lái)請(qǐng)教他干濕實(shí)驗(yàn)結(jié)合的人也多了，這是常珊成立獨(dú)立實(shí)驗(yàn)室以來(lái)的重要時(shí)刻--他被注意到了。

由于常珊奪冠的這一賽道與藥物設(shè)計(jì)緊密，不久后，人民郵電出版社找到常珊，提議由他編寫(xiě)一本書(shū)籍，名字就叫做《人工智能輔助藥物設(shè)計(jì)》。要求只有一個(gè)：通俗易懂，還要反映最新的技術(shù)應(yīng)用。

常珊直言，即便早在博士時(shí)參與過(guò)導(dǎo)師編寫(xiě)的專(zhuān)著，但當(dāng)時(shí)更多是呈現(xiàn)核心研究成果，現(xiàn)在則是給相關(guān)從業(yè)人員、相關(guān)專(zhuān)業(yè)的學(xué)生做參考，經(jīng)驗(yàn)不可直接復(fù)制。經(jīng)過(guò)兩年籌備，這本新書(shū)在今年六月正式面市。常珊感慨，這段工作終于告一段落，又有精力投入到今年的 CASP 16 競(jìng)賽中。

在與我們的交談中，他多次用平穩(wěn)的聲音表示，參賽是一件嚴(yán)肅的事，“這相當(dāng)于一種‘’壓力測(cè)試‘，考驗(yàn)?zāi)闶欠衲茉诙虝r(shí)間內(nèi)快速適應(yīng)問(wèn)題，并提出解決方案。”

常珊做了一個(gè)形象的比較：通常我們博士期間做一個(gè)項(xiàng)目，如果沒(méi)有時(shí)間限制，可能花上兩年也未必能完成。但在競(jìng)賽環(huán)境里，可能你會(huì)在一周或兩周內(nèi)解決一個(gè)實(shí)際問(wèn)題。

為了迎接今年的競(jìng)賽，常珊早在賽前半個(gè)月就做了復(fù)盤(pán)，一是對(duì)程序進(jìn)行了徹底的審查和整理，二是引入了更自動(dòng)化的處理流程，降低人為錯(cuò)誤并提效。

和他組隊(duì)的人說(shuō)，常珊做什么事都是這樣提早安排。而常珊也想知道，他還能窺探多少未知。

近日，至頂科技&《碼客人生》對(duì)話(huà)常珊教授，探討了他持續(xù)參賽的動(dòng)力所在、新書(shū)的創(chuàng)作過(guò)程，并對(duì)他過(guò)往二十余年的學(xué)術(shù)經(jīng)歷做了回顧。

以下是對(duì)話(huà)內(nèi)容（經(jīng)編輯）：

▋ 01 AI 正在改變生物學(xué)和藥學(xué)

《碼客人生》：首先請(qǐng)您介紹下《人工智能輔助藥物設(shè)計(jì)》這本書(shū)的創(chuàng)作初衷。

常珊：這本書(shū)是與同校的謝良旭博士聯(lián)手打造的成果。

最初人民郵電出版社找到我，提議編寫(xiě)一本AI輔助藥物設(shè)計(jì)的書(shū)籍，我立刻想到與在該領(lǐng)域經(jīng)驗(yàn)豐富的謝博士合作，我們迅速組建了一支研究生團(tuán)隊(duì)，并明確分工。

首先，書(shū)中內(nèi)容要立足于基礎(chǔ)，旨在作為教材。

因?yàn)槲覀儼l(fā)現(xiàn)，許多學(xué)生急需一本基礎(chǔ)扎實(shí)的教材來(lái)打牢基礎(chǔ)，如果缺乏必要的計(jì)算機(jī)或Python編程知識(shí)，他們難以跟上專(zhuān)業(yè)應(yīng)用的深入討論。因此，我們與人民郵電出版社一道，力求以淺顯易懂的方式呈現(xiàn)內(nèi)容，降低入門(mén)難度，吸引更廣泛的讀者群體，幫助他們輕松邁入AI輔助藥物設(shè)計(jì)的世界。

其次，書(shū)中內(nèi)容要反映最新的技術(shù)應(yīng)用，覆蓋行業(yè)內(nèi)實(shí)際應(yīng)用案例。

在我們著手編寫(xiě)這本新書(shū)之前，市面上雖有相關(guān)書(shū)籍，如上海藥物研究所出版的書(shū)籍，以及北大徐筱杰教授早期的作品，但這些大多出版于2010年以前，對(duì)當(dāng)下最新人工智能技術(shù)的介紹相對(duì)較少。特別是在2020年AlphaFold技術(shù)取得突破后，AI與藥物設(shè)計(jì)的結(jié)合變得熱門(mén)，市場(chǎng)迫切需要反映這一領(lǐng)域最新進(jìn)展的書(shū)籍。

《碼客人生》：那么書(shū)籍結(jié)構(gòu)是怎樣的，創(chuàng)作周期多久？

常珊：這本書(shū)是從2022年開(kāi)始規(guī)劃，大約花了一年多的時(shí)間編寫(xiě)完成。我們?cè)?jì)劃在2023年完成并出版這本書(shū)的，但似乎時(shí)間上有些倉(cāng)促，我們不得不將出版計(jì)劃推遲到了2024年。

書(shū)的前幾章主要是介紹Python的基礎(chǔ)知識(shí)，隨后的章節(jié)則深入到藥物設(shè)計(jì)的具體應(yīng)用，包括分子生成、結(jié)構(gòu)預(yù)測(cè)、分子對(duì)接等專(zhuān)業(yè)領(lǐng)域，通過(guò)代碼示例讓讀者更深入地理解。

《碼客人生》：您和謝良旭博士在專(zhuān)業(yè)背景上有哪些異同，你們合作著書(shū)的優(yōu)勢(shì)是什么？

常珊：我們各有所長(zhǎng)。我的專(zhuān)長(zhǎng)是計(jì)算數(shù)學(xué)和算法開(kāi)發(fā)；謝博士是化學(xué)出身，碩博士研究都集中在計(jì)算化學(xué)和藥物設(shè)計(jì)領(lǐng)域，特別是在應(yīng)用場(chǎng)景方面。我們這樣的組合，較好地融合了AI與藥物設(shè)計(jì)。

常珊、謝良旭

這確實(shí)是我們首次嘗試合作的書(shū)籍。

自2020年AlphaFold技術(shù)在生命科學(xué)領(lǐng)域引起轟動(dòng)以來(lái)，雖然當(dāng)時(shí)它在藥物設(shè)計(jì)方面的應(yīng)用尚未成熟（或者說(shuō)在小分子預(yù)測(cè)方面還沒(méi)有完全發(fā)揮其功能），主要集中在蛋白質(zhì)結(jié)構(gòu)預(yù)測(cè)上，但我們已開(kāi)始關(guān)注這一趨勢(shì)。

到了2022年，藥物設(shè)計(jì)和結(jié)構(gòu)預(yù)測(cè)都成為了CASP競(jìng)賽的熱點(diǎn)。我們團(tuán)隊(duì)在CASP15藥物設(shè)計(jì)競(jìng)賽中獲得第一名，這不僅證明了我們預(yù)測(cè)方法的準(zhǔn)確性，也為我們提供了深入洞悉行業(yè)的機(jī)會(huì)。

因此，我們與出版社的合作，可謂恰逢其時(shí)，我們成為了最早策劃此類(lèi)專(zhuān)業(yè)書(shū)籍的團(tuán)隊(duì)之一。

《碼客人生》：您之前是否參與過(guò)其他書(shū)籍的編寫(xiě)？

常珊：我參與過(guò)大概4本書(shū)的編寫(xiě)，但都是以合作者的身份，并非主編。

其中一些書(shū)籍是我博士導(dǎo)師是王存新教授（北京工業(yè)大學(xué)）所主導(dǎo)的，他提議編寫(xiě)專(zhuān)著來(lái)總結(jié)我們實(shí)驗(yàn)室的研究成果，書(shū)名是《蛋白質(zhì)模擬—原理、發(fā)展和應(yīng)用》。

王老師還出版了“新生物學(xué)叢書(shū)”這套叢書(shū)中的另一本書(shū)《蛋白質(zhì)模擬的多尺度方法》，是國(guó)外教材的中文譯作。

還有是成都大學(xué)胡建平教授編寫(xiě)的《計(jì)算機(jī)化學(xué)實(shí)踐基礎(chǔ)教程》和《計(jì)算機(jī)輔助藥物設(shè)計(jì)理論及應(yīng)用》，我在其中負(fù)責(zé)了代碼編寫(xiě)的部分章節(jié)。

這些書(shū)籍記錄了我們博士期間的科研探索和對(duì)其他學(xué)者工作的翻譯整理，專(zhuān)注于專(zhuān)業(yè)領(lǐng)域，不涉及基礎(chǔ)內(nèi)容，對(duì)普通讀者而言可能較難理解。

與以往專(zhuān)著不同，此次編寫(xiě)《人工智能輔助藥物設(shè)計(jì)》這本書(shū)時(shí)，我們特別注重內(nèi)容的通俗易懂，同時(shí)不失深度和準(zhǔn)確性，力求讓復(fù)雜的知識(shí)變得易于消化。

《碼客人生》：今年AI制藥的市場(chǎng)情緒有些低迷，AI至今還沒(méi)有成功研發(fā)出一款新藥上市。然而現(xiàn)在大家又非常看好AI，將技術(shù)融入到藥物開(kāi)發(fā)的各個(gè)環(huán)節(jié)。您是怎么看待這種矛盾的？

常珊：我認(rèn)為這可能與藥物研發(fā)的長(zhǎng)周期性有關(guān)。盡管AI可以加速早期分子設(shè)計(jì)，但后續(xù)的動(dòng)物體內(nèi)實(shí)驗(yàn)和臨床試驗(yàn)環(huán)節(jié)不可或缺，且AI無(wú)法替代，這是AI在藥物研發(fā)中的限制之一。

同時(shí)我們也要認(rèn)清楚，AI在技術(shù)能力和應(yīng)用場(chǎng)景上仍在探索中，并非萬(wàn)能。

例如，在視頻生成領(lǐng)域，盡管AI技術(shù)如Sora令人印象深刻，但轉(zhuǎn)化為商業(yè)產(chǎn)品還需時(shí)間。

同樣，在藥物設(shè)計(jì)中，AI雖能解決初步問(wèn)題如構(gòu)效關(guān)系預(yù)測(cè)、毒性評(píng)估，但整體藥物研發(fā)過(guò)程仍需大量實(shí)驗(yàn)和驗(yàn)證，這些AI暫時(shí)無(wú)法替代。而且藥物最終是要被人體攝入的，其安全性和有效性會(huì)受到嚴(yán)格的審查和評(píng)估。所以，AI在解決單一問(wèn)題上表現(xiàn)出色，但要提供一個(gè)整體的解決方案卻難。

以AlphaFold為例，自問(wèn)世以來(lái)，盡管許多人聯(lián)名要求公開(kāi)源碼，但開(kāi)發(fā)者出于商業(yè)保護(hù)的考慮并未公開(kāi)。即便如此，一些制藥公司如禮來(lái)和諾華，已經(jīng)看到了AlphaFold在藥物設(shè)計(jì)方面的潛力，并與之簽訂了合作協(xié)議。這表明業(yè)界對(duì)AI在藥物設(shè)計(jì)領(lǐng)域的應(yīng)用充滿(mǎn)期待。

但同時(shí)我們也要認(rèn)識(shí)到，AI應(yīng)與人類(lèi)專(zhuān)家的知識(shí)經(jīng)驗(yàn)結(jié)合，共同推動(dòng)藥物研發(fā)，而非單獨(dú)行動(dòng)。換句話(huà)說(shuō)，這也是我們編寫(xiě)此書(shū)的原因，讓更多人生物醫(yī)藥的從業(yè)人員可以應(yīng)用AI這個(gè)工具。

▋ 02 CASP競(jìng)賽的十年老兵

《碼客人生》：今年5月，AlphaFold 3亮相，您在朋友圈提到“這個(gè)時(shí)間點(diǎn)推出，意味著今年參加CASP競(jìng)賽的難度更高了。”為什么會(huì)有這樣的感受？

常珊：實(shí)際上，每?jī)赡暌欢鹊腃ASP競(jìng)賽不僅是生命科學(xué)界的一場(chǎng)盛會(huì)，也是我們一窺AlphaFold功能演進(jìn)的重要窗口。

AlphaFold 1，由DeepMind精心打造的革命性AI程序，于2018年CASP 13上首次亮相，便以卓越的表現(xiàn)在98支參賽隊(duì)伍中脫穎而出，榮獲第一。

繼此之后，AlphaFold 2在2020年發(fā)布，并在同年11月30日的CASP 14中刷新了歷史，其預(yù)測(cè)的蛋白質(zhì)結(jié)構(gòu)精度已經(jīng)達(dá)到可與實(shí)驗(yàn)結(jié)果比較的程度，標(biāo)志著蛋白質(zhì)結(jié)構(gòu)預(yù)測(cè)的新時(shí)代。

直至2024年5月8日，AlphaFold 3在《Nature》雜志上隆重發(fā)布，它不僅繼承了前代的優(yōu)勢(shì)，更在預(yù)測(cè)精度和生物分子類(lèi)型的覆蓋面上實(shí)現(xiàn)了飛躍。

用一句話(huà)來(lái)說(shuō)，AlphaFold 1主要解決了蛋白質(zhì)單體結(jié)構(gòu)預(yù)測(cè)的基礎(chǔ)問(wèn)題，而AlphaFold 2則引入了Transformer模型，進(jìn)一步提升了預(yù)測(cè)的準(zhǔn)確性。AlphaFold 3則解決了前代的局限，不僅能夠處理單體蛋白質(zhì)，還能精準(zhǔn)預(yù)測(cè)多體蛋白質(zhì)結(jié)構(gòu)，甚至是小分子和RNA。

簡(jiǎn)而言之，AlphaFold 3不僅拓寬了預(yù)測(cè)范圍，提高了精度，更激發(fā)了人們對(duì)其在藥物設(shè)計(jì)領(lǐng)域應(yīng)用的無(wú)限遐想。

尤為引人注目的是，AlphaFold 3的發(fā)布恰逢CASP 16之前，甚至于DeepMind在2023年11月就已透露AlphaFold 3將能預(yù)測(cè)多種分子間的相互作用，這似乎預(yù)示了組委會(huì)的前瞻性布局，為競(jìng)賽增添了更多懸念，使得這場(chǎng)科學(xué)競(jìng)技更加激動(dòng)人心。

要知道，2022年的CASP 15新增的Ligand和RNA預(yù)測(cè)賽道，無(wú)疑是對(duì)2020年發(fā)布的AlphaFold 2的全新挑戰(zhàn)。盡管AlphaFold 2并未參加CASP 15競(jìng)賽。但今年CASP組委會(huì)和DeepMind看來(lái)都做了一些準(zhǔn)備。

《碼客人生》：今年的CASP 16，組委會(huì)增加了什么難度呢？

常珊：第一大難點(diǎn)：比例未知的情況下預(yù)測(cè)蛋白質(zhì)和RNA的組合結(jié)構(gòu)。

目前AlphaFold 3具備預(yù)測(cè)蛋白質(zhì)與RNA組合結(jié)構(gòu)的能力。若A代表蛋白質(zhì)，B代表RNA，你自然能夠預(yù)測(cè)A與B結(jié)合后的形態(tài)，這似乎順理成章。

然而，現(xiàn)實(shí)情況遠(yuǎn)比這復(fù)雜。我們只知道存在A鏈和B鏈的若干條，卻不清楚它們的確切比例。可能是2A+3B，1A+1B，又或是3A+5B等組合，這使得已知條件顯得有些不足，AlphaFold 3能否直接預(yù)測(cè)出來(lái)？

這顯然是非常困難的。因?yàn)槿绻o定足夠的輸入，AlphaFold 3是能夠預(yù)測(cè)出來(lái)的，但現(xiàn)在輸入的具體組合不知道，這就增加了難度。

顯然，若輸入條件充分，AlphaFold 3尚能應(yīng)對(duì)，但在具體組合未知的情況下，難度便陡然上升。若參賽者在實(shí)際比賽中，面對(duì)如3A+4B的真實(shí)組合，卻預(yù)測(cè)出了其他比例，那結(jié)果便謬以千里。即便預(yù)測(cè)的細(xì)節(jié)再精確，一旦組合錯(cuò)誤，一切便前功盡棄。這無(wú)疑增加了競(jìng)賽的難度，組委會(huì)的出題策略確實(shí)頗具挑戰(zhàn)性。

在自然界，蛋白質(zhì)或分子的組合遵循一定規(guī)律，但這些規(guī)律往往過(guò)去的算法暫時(shí)還沒(méi)考慮這一類(lèi)問(wèn)題。算法或許能根據(jù)提供的確切數(shù)量和組合方式預(yù)測(cè)結(jié)構(gòu)，但若連這些基本信息都不全，卻要求算法自行組合、推測(cè)比例，難度便成倍增加。

第二大難點(diǎn)：AlphaFold 3在預(yù)測(cè)分子間相互作用的基礎(chǔ)上，暫時(shí)還未評(píng)估這些分子的親和力，尤其是在眾多候選分子中識(shí)別出最強(qiáng)結(jié)合分子的能力。

具體來(lái)說(shuō)，在藥物設(shè)計(jì)領(lǐng)域，現(xiàn)實(shí)場(chǎng)景更為復(fù)雜。CASP組委會(huì)不僅希望算法能預(yù)測(cè)數(shù)百個(gè)分子的結(jié)合姿態(tài)——AlphaFold 3在這方面已有所成就——更關(guān)鍵的是，我們想知曉哪些分子的親和力更強(qiáng)？哪些更可能成為有效的藥物？哪些與藥物靶點(diǎn)的結(jié)合最為緊密？

但這有可能不在AlphaFold 3的訓(xùn)練數(shù)據(jù)范圍。因此，AlphaFold 3是否參與今年的競(jìng)賽，以及它如何應(yīng)對(duì)這些挑戰(zhàn)，成為了一個(gè)值得關(guān)注的問(wèn)題。如果它選擇參賽，那么必須找到有效的方法來(lái)攻克這些難題。

《碼客人生》：總體來(lái)說(shuō)，今年的競(jìng)賽與往年有哪些不同？已經(jīng)有人指出，今年的預(yù)測(cè)目標(biāo)主要集中在核酸結(jié)構(gòu)預(yù)測(cè)、Protein-ligand預(yù)測(cè)。

常珊：還有一個(gè)新增的挑戰(zhàn)：構(gòu)象多樣性的預(yù)測(cè)。

這個(gè)概念可能有些不容易理解，它指的是即使輸入條件，即序列完全相同，蛋白質(zhì)或RNA的結(jié)構(gòu)也可能呈現(xiàn)不同的狀態(tài)，如何讓模型輸出不同的結(jié)果呢？

AlphaFold 3在其論文中提到，這是它目前還無(wú)法實(shí)現(xiàn)的一個(gè)方面。但如果給不同的隨機(jī)數(shù)，有可能能夠預(yù)測(cè)出不同的狀態(tài)，但這并不完全可靠。

《碼客人生》：隨著CASP競(jìng)賽的不斷發(fā)展，它是否還主要是一個(gè)競(jìng)技活動(dòng)，未來(lái)能否通過(guò)這個(gè)競(jìng)賽促進(jìn)技術(shù)落地？在今年5月競(jìng)賽報(bào)名通道開(kāi)啟前，已有實(shí)驗(yàn)派教授主動(dòng)聯(lián)系我，表達(dá)了他們希望與生物信息學(xué)專(zhuān)家合作的愿望，以期補(bǔ)齊AI的實(shí)驗(yàn)驗(yàn)證。對(duì)于未來(lái)比賽的展望，您作為資深參賽者，是否考慮過(guò)技術(shù)轉(zhuǎn)化或合作的可能性？

常珊：我認(rèn)為落地是肯定的。以本屆比賽中的Ligand預(yù)測(cè)題目為例，其中有4道非常復(fù)雜的題目，它們的設(shè)計(jì)并不像是出自一般學(xué)術(shù)實(shí)驗(yàn)室，而更可能是由制藥公司提出。

這些題目要求對(duì)上百個(gè)蛋白質(zhì)-Ligand復(fù)合物的結(jié)合姿態(tài)和親和力進(jìn)行預(yù)測(cè)，這在學(xué)術(shù)研究中并不常見(jiàn)，反而更像是制藥公司在藥物篩選過(guò)程中的實(shí)際需求。他們匯總了多年的藥物篩選數(shù)據(jù)，希望參賽者能夠進(jìn)行預(yù)測(cè)，從而評(píng)估不同分子的潛力。如果參賽者在這方面表現(xiàn)出色，很可能會(huì)引起制藥公司的關(guān)注，進(jìn)而尋求合作機(jī)會(huì)。

這相當(dāng)于進(jìn)行了一次盲測(cè)，而如果你很好地解決了盲測(cè)問(wèn)題，他們有理由相信，你在面對(duì)實(shí)際問(wèn)題時(shí)也能給出優(yōu)秀的答案。

因此，我認(rèn)為CASP競(jìng)賽的組織者已經(jīng)充分考慮了技術(shù)落地的問(wèn)題，使比賽不僅限于學(xué)術(shù)展示，而是真正幫助產(chǎn)業(yè)界解決實(shí)際問(wèn)題。通過(guò)這種方式，比賽能夠選拔出真正能夠解決產(chǎn)業(yè)界實(shí)際挑戰(zhàn)的算法，這樣的技術(shù)才是真正有價(jià)值的。

《碼客人生》：您從2004年碩博連讀時(shí)期就開(kāi)始參加CASP競(jìng)賽和CAPRI競(jìng)賽，能回顧下這些年來(lái)的參賽經(jīng)歷嗎？

常珊：我們不是單獨(dú)參賽的，而是課題組一起參加。

因?yàn)槲沂钱?dāng)時(shí)實(shí)驗(yàn)室唯一擁有計(jì)算數(shù)學(xué)背景的學(xué)生，導(dǎo)師很自然地將我安排到了負(fù)責(zé)預(yù)測(cè)的小組。我們實(shí)驗(yàn)室有多個(gè)小組，包括生物組、生命科學(xué)實(shí)驗(yàn)組、模擬組。但我的博士導(dǎo)師王存新教授認(rèn)為，預(yù)測(cè)工作的核心是算法，這是一項(xiàng)基礎(chǔ)性的工作，因此，我順理成章地加入了這個(gè)小組。

我們更多參與的是CAPRI競(jìng)賽。CASP由于難度較大，當(dāng)時(shí)課題組沒(méi)有特別可靠且高效的算法，我們較少參與。CAPRI競(jìng)賽的題目較少，比賽節(jié)奏和強(qiáng)度也沒(méi)有CASP那么大。

我從2004年開(kāi)始參加CAPRI競(jìng)賽，當(dāng)時(shí)對(duì)這些還一無(wú)所知，就被拉進(jìn)了團(tuán)隊(duì)。起初主要是向師兄師姐們學(xué)習(xí)，逐漸了解競(jìng)賽的具體情況。到了博士后期我就成為了團(tuán)隊(duì)的主力，主要負(fù)責(zé)打分函數(shù)專(zhuān)題。從打分函數(shù)的算法設(shè)計(jì)到最終提交，所有工作都是由我完成的。

2008年王存新教授課題組合影

總體而言，當(dāng)時(shí)國(guó)內(nèi)參與這兩類(lèi)高水平競(jìng)賽的學(xué)者并不多。中科院物理研究所的江凡教授有參加、華中科技大學(xué)的肖奕教授也會(huì)參加，但王存新教授一直堅(jiān)持參賽。他在中科大時(shí)期就開(kāi)始從事分子模擬和生物信息學(xué)的研究，可以說(shuō)是國(guó)內(nèi)最早一批從事這一領(lǐng)域的科學(xué)家。而且王教授應(yīng)該是當(dāng)時(shí)國(guó)內(nèi)成績(jī)最好的，因?yàn)樵诋?dāng)時(shí)的多次賽后評(píng)估會(huì)議上，他都被邀請(qǐng)做口頭報(bào)告。

經(jīng)過(guò)這樣的經(jīng)歷，我在五年博士期間一直參與競(jìng)賽，也獲得過(guò)一些好的預(yù)測(cè)結(jié)果。隨著時(shí)間的推移，我曾考慮過(guò)轉(zhuǎn)換研究方向，但命運(yùn)讓我在從事博士后工作時(shí)加入了密蘇里大學(xué)鄒曉勤教授的團(tuán)隊(duì)，她也是長(zhǎng)期參與這一競(jìng)賽的學(xué)者之一，而且鄒教授的先生--陳世杰教授，也在進(jìn)行RNA結(jié)構(gòu)預(yù)測(cè)的研究，所以我也繼續(xù)深入結(jié)構(gòu)預(yù)測(cè)的研究。

鄒曉勤、陳世杰

回國(guó)后，我決定繼續(xù)沿著這一方向前進(jìn)，因?yàn)槲蚁嘈牛焕^續(xù)這一領(lǐng)域的研究會(huì)讓我感到遺憾。

如今，國(guó)內(nèi)在這一領(lǐng)域已有顯著成長(zhǎng)，許多課題組取得了優(yōu)異的成績(jī)。比如上一屆比賽中的大部分排名第一的參賽者，都曾是密歇根大學(xué)張陽(yáng)教授課題組的成員。

《碼客人生》：從2004年至今有十年了，今年您依舊參賽，是什么激發(fā)了持續(xù)參賽的動(dòng)力？

常珊：作為多屆競(jìng)賽參與者，我認(rèn)為CASP和CAPRI競(jìng)賽的時(shí)限性，教會(huì)了我如何在壓力下快速適應(yīng)并提出解決方案，這是在任何快節(jié)奏的工作環(huán)境中達(dá)成目標(biāo)的關(guān)鍵能力。

這兩種競(jìng)賽具有明確的時(shí)限性，每道題目都要求在短短的半個(gè)月或一周內(nèi)完成。

通常我們?cè)谧x博士期間做一個(gè)項(xiàng)目，如果沒(méi)有時(shí)間限制，我可能花上兩年也未必能完成。但在一周或兩周內(nèi)解決一個(gè)實(shí)際問(wèn)題，這有點(diǎn)像我們之前參加的數(shù)學(xué)建模競(jìng)賽，它實(shí)際上是對(duì)你的一種極大的“壓力測(cè)試”。它考驗(yàn)?zāi)闶欠衲茉诙虝r(shí)間內(nèi)快速適應(yīng)問(wèn)題，并提出解決方案。

這在實(shí)際工作中非常重要，因?yàn)楫?dāng)你真正進(jìn)入公司或應(yīng)用場(chǎng)景，公司會(huì)給你設(shè)定里程碑，比如給你三個(gè)月時(shí)間，不會(huì)像做研究那樣給你幾年時(shí)間。

這些競(jìng)賽教會(huì)了我一個(gè)非常重要的技能：如何在有限的時(shí)間內(nèi)對(duì)一個(gè)問(wèn)題找到解決方案，哪怕這個(gè)方案不是完美的，但至少我能拿出一個(gè)可行的解決方案，并取得不錯(cuò)的成績(jī)，這是非常關(guān)鍵的。

《碼客人生》：CASP和CAPRI競(jìng)賽在考察程度和做題過(guò)程上有所不同，具體是哪些方面？今年參賽CASP 16，您有哪些準(zhǔn)備工作？

常珊：兩者的規(guī)則有所不同。

CASP每?jī)赡昱e辦一次，要求在三個(gè)月內(nèi)完成上百道題目，而CAPRI則是時(shí)間隨機(jī)的競(jìng)賽，每年可能只比3~5道題左右，時(shí)間更充裕，壓力相對(duì)較小。我們參加CAPRI時(shí)可以邊做題目邊進(jìn)行學(xué)位論文研究，但CASP的高強(qiáng)度則要求參賽者全心投入。就像我們今年參加CASP 16一樣，這三個(gè)月我?guī)缀鹾茈y做其他事情，必須掐著表計(jì)算時(shí)間，每天都要提交結(jié)果，處理新題目。

坦白而言，2004年時(shí)，國(guó)內(nèi)鮮有團(tuán)隊(duì)在CASP競(jìng)賽取得佳績(jī)，至少在我參與的學(xué)術(shù)會(huì)議中，未曾聽(tīng)聞國(guó)內(nèi)團(tuán)隊(duì)在此賽事上取得突出成績(jī)。那時(shí)，我們更多地將目光投向國(guó)外，以他們的研究進(jìn)展為學(xué)習(xí)榜樣。

今年參與CASP 16的征程并非我孤身一人，而是有一支由不同課題組的博士生、研究生以及年輕教師組成的團(tuán)隊(duì)。賽前半個(gè)月，我對(duì)我們的程序進(jìn)行了徹底的審查和整理，復(fù)盤(pán)了上屆比賽的代碼，并針對(duì)之前遇到的難題開(kāi)發(fā)了新的代碼，力求在本屆競(jìng)賽中能有更好的表現(xiàn)，減少緊張感。我們還引入了更自動(dòng)化的處理流程，降低人為錯(cuò)誤，提升工作效率。

當(dāng)然競(jìng)賽中總有一些出人意料的挑戰(zhàn)，例如組委會(huì)給出的新挑戰(zhàn)，我尚未找到一個(gè)完美的解決方案，因?yàn)槲粗姆肿咏M合給我的預(yù)測(cè)工作帶來(lái)了不確定性，今年對(duì)我們團(tuán)隊(duì)來(lái)說(shuō)挑戰(zhàn)巨大。

《碼客人生》：今年您選擇了哪些賽道參賽？同時(shí)作為普美瑞生物公司的首席科學(xué)家，您的參賽選擇是否也考慮了公司的實(shí)際需求？

常珊：今年，我參與了蛋白質(zhì)和多體預(yù)測(cè)賽道，兩個(gè)領(lǐng)域我們一直在參與，這次也不例外。

對(duì)于涉及RNA的問(wèn)題，我們也會(huì)進(jìn)行嘗試，因?yàn)檫@類(lèi)題目常常與蛋白質(zhì)相互作用的題目混合出現(xiàn)。我們的目標(biāo)是全面覆蓋這些領(lǐng)域，確保不錯(cuò)過(guò)任何可能的得分機(jī)會(huì)。

在競(jìng)賽中，每個(gè)題目都至關(guān)重要，放棄任何一個(gè)都可能意味著失去重要的分?jǐn)?shù)。這就如同參加十項(xiàng)全能，放棄任何一項(xiàng)都會(huì)影響最終的總成績(jī)。

我們的選擇還基于算法的適應(yīng)性和團(tuán)隊(duì)的專(zhuān)長(zhǎng)。我們?cè)诘鞍踪|(zhì)結(jié)構(gòu)預(yù)測(cè)方面有比較多的積累，盡管RNA結(jié)構(gòu)預(yù)測(cè)也是我們涉獵的范圍，但相對(duì)來(lái)說(shuō)，我們?cè)谶@方面的經(jīng)驗(yàn)較少。在藥物設(shè)計(jì)領(lǐng)域，我們更多地關(guān)注抗體、多肽和小型分子藥物，而不是RNA。

至于QA（Quality Assessment）預(yù)測(cè)，我對(duì)其規(guī)則尚不夠熟悉。浙江工業(yè)大學(xué)的張貴軍教授在這一領(lǐng)域是專(zhuān)家，我期待有機(jī)會(huì)向他學(xué)習(xí)，以便更好地理解這一賽道的具體要求和挑戰(zhàn)。

▋ 03 “既要模擬，又要實(shí)驗(yàn)”

《碼客人生》：能否概述您的學(xué)術(shù)旅程和關(guān)鍵轉(zhuǎn)折點(diǎn)？您參與了哪些課題和項(xiàng)目？

常珊：我的學(xué)術(shù)之旅是不斷探索的過(guò)程。從北京工業(yè)大學(xué)，經(jīng)華南農(nóng)業(yè)大學(xué)，到美國(guó)密蘇里大學(xué)，我一直在尋找最適合自己的研究環(huán)境。

博士時(shí)期我更側(cè)重理論研究。

我在王存新教授的實(shí)驗(yàn)室，我所在的課題組以計(jì)算生物學(xué)為主攻方向，開(kāi)發(fā)和優(yōu)化蛋白質(zhì)對(duì)接的算法及其評(píng)分函數(shù)。這些工作都是純粹的算法研究，并未深入到藥物設(shè)計(jì)的具體應(yīng)用場(chǎng)景中。

我雖未親自在實(shí)驗(yàn)臺(tái)前動(dòng)手操作，但在王教授實(shí)驗(yàn)室深受前沿計(jì)算與實(shí)驗(yàn)結(jié)合的研究環(huán)境影響。

王教授的團(tuán)隊(duì)成功構(gòu)建了一個(gè)多學(xué)科交叉的創(chuàng)新平臺(tái)，這是當(dāng)時(shí)國(guó)內(nèi)實(shí)驗(yàn)室是不多見(jiàn)的。而且我的博士舍友是一位專(zhuān)注于實(shí)驗(yàn)科學(xué)的研究者，我們頻繁交流，讓我得以深入理解實(shí)驗(yàn)工作的細(xì)節(jié)。這為我后來(lái)在江蘇獨(dú)立搭建實(shí)驗(yàn)室時(shí)提供啟發(fā)，我還向他咨詢(xún)了許多關(guān)于實(shí)驗(yàn)室建設(shè)和管理的意見(jiàn)。

2014年，我選擇加入江蘇理工學(xué)院，也是因這里能提供干濕實(shí)驗(yàn)結(jié)合的平臺(tái)。就像陳潤(rùn)生院士經(jīng)常強(qiáng)調(diào)，“生物信息學(xué)研究應(yīng)將計(jì)算與實(shí)驗(yàn)緊密結(jié)合，以確保算法的實(shí)用性。”

正如你剛才提到的，許多從事生物實(shí)驗(yàn)的研究人員也想了解計(jì)算方法，甚至參與CASP這類(lèi)的競(jìng)賽。實(shí)際上，從事計(jì)算模擬的人也有這樣的需求，但能否在同一個(gè)實(shí)驗(yàn)室內(nèi)很好地滿(mǎn)足這種需求，緊密銜接計(jì)算與實(shí)驗(yàn)，這是我一直以來(lái)想要做好的事情。

而且因?yàn)橛羞^(guò)去的經(jīng)歷，即便我沒(méi)有直接投身于實(shí)驗(yàn)操作，我也能比較準(zhǔn)確把握實(shí)驗(yàn)人員的需求或困難。

目前，我定期與實(shí)驗(yàn)團(tuán)隊(duì)交流，他們向我展示實(shí)驗(yàn)成果和數(shù)據(jù)，而我則提出一些解決方案，確保我們的計(jì)算工作能夠滿(mǎn)足實(shí)驗(yàn)需求。例如近期成果是蛋白質(zhì)降解劑的設(shè)計(jì)。

這種能力至關(guān)重要，它教會(huì)了我算法開(kāi)發(fā)必須腳踏實(shí)地，緊密聯(lián)系實(shí)際問(wèn)題。一個(gè)優(yōu)秀的算法不僅要在技術(shù)上合理，更要在解決現(xiàn)實(shí)問(wèn)題中發(fā)揮關(guān)鍵作用。

《碼客人生》：現(xiàn)在您的研究領(lǐng)域涵蓋了AI輔助藥物設(shè)計(jì)、機(jī)器學(xué)習(xí)、高性能計(jì)算、分子識(shí)別，還有腦機(jī)接口和穿戴式智能設(shè)備。軟硬件都關(guān)注嗎？這對(duì)您有何挑戰(zhàn)？

常珊：我的教研工作背后，有著一些現(xiàn)實(shí)的考量。

由于我們學(xué)校的碩士課程設(shè)置偏向機(jī)械工程，而非信息學(xué)科，我指導(dǎo)的研究生課題自然也傾向于這一領(lǐng)域，這也是我會(huì)涉及到腦機(jī)接口和穿戴式設(shè)備研究的原因之一。

對(duì)我而言，無(wú)論是哪個(gè)領(lǐng)域的研究，關(guān)鍵在于能否將其轉(zhuǎn)化為數(shù)學(xué)問(wèn)題或模型。無(wú)論是分子生物學(xué)、信號(hào)處理還是穿戴式設(shè)備數(shù)據(jù)分析，最終都可以通過(guò)數(shù)學(xué)模型來(lái)求解。

而且這些跨學(xué)科的研究令人興奮，也為我們提供了解決復(fù)雜問(wèn)題的新視角和工具。我致力于尋找一個(gè)平衡點(diǎn)，既能滿(mǎn)足學(xué)術(shù)培養(yǎng)的要求，又能充分發(fā)揮我們團(tuán)隊(duì)在算法研究上的優(yōu)勢(shì)。

《碼客人生》：能否分享您近期的一些成果，具體課題或落地項(xiàng)目？

常珊：近期我們?cè)诜肿釉O(shè)計(jì)領(lǐng)域取得了顯著進(jìn)展，這是我們特別擅長(zhǎng)的領(lǐng)域，而且像AlphaFold 3這樣的新技術(shù)也非常專(zhuān)注于這一領(lǐng)域，特別是在“降解劑”的設(shè)計(jì)上。

傳統(tǒng)藥物設(shè)計(jì)側(cè)重于開(kāi)發(fā)“抑制劑”，以控制異常蛋白質(zhì)的過(guò)度表達(dá)，如激酶的過(guò)度表達(dá)可能導(dǎo)致細(xì)胞的異常增殖，白血病就屬于中性粒細(xì)胞快速增殖。

這種情況下，我們需要找到一種“抑制劑”，來(lái)抑制這些蛋白的活性，防止它們引起細(xì)胞的過(guò)度增殖。但問(wèn)題在于，使用“抑制劑”治療時(shí)，蛋白質(zhì)其實(shí)仍然存在于體內(nèi)，抑制劑的作用僅僅是抑制該蛋白質(zhì)的功能。因此，這種治療方式可能會(huì)引發(fā)一些問(wèn)題：如果蛋白質(zhì)仍然存在，為了維持治療效果，可能需要保持“抑制劑”的劑量。否則，新的蛋白質(zhì)被合成或有抑制劑脫靶，則抑制作用還會(huì)收到影響，異常蛋白質(zhì)仍然可能引發(fā)疾病。

而我們的研究則探索了一種創(chuàng)新策略——通過(guò)設(shè)計(jì)“降解劑”，不僅希望抑制異常蛋白的功能，更通過(guò)促進(jìn)其降解來(lái)降低蛋白水平，為治療一些難以用傳統(tǒng)“抑制劑”應(yīng)對(duì)的疾病提供了新思路。

具體來(lái)說(shuō)，這種降解策略是將目標(biāo)蛋白與E3泛素連接酶結(jié)合，利用人體內(nèi)的自然降解機(jī)制。這類(lèi)似于使用雙面膠，一端粘附目標(biāo)蛋白，另一端粘附E3連接酶，泛素化并降解異常蛋白。通過(guò)這種方式，異常蛋白質(zhì)被直接降解，提供了一種從根本上解決問(wèn)題的新途徑。

然而，開(kāi)發(fā)這種降解劑面臨一些挑戰(zhàn)。

因?yàn)樗枰粋€(gè)小分子藥物同時(shí)與目標(biāo)蛋白和E3泛素連接酶發(fā)生作用，這就涉及到“小分子與蛋白質(zhì)的相互作用”，以及將這兩種蛋白拉近后的“蛋白質(zhì)-蛋白質(zhì)相互作用”。這種相互作用是多體間的，或者說(shuō)是三體或更多體的相互作用，這比傳統(tǒng)的“單一小分子與單一蛋白質(zhì)的相互作用”要復(fù)雜得多。

目前，計(jì)算上還沒(méi)有非常成熟的、通用的方法來(lái)解決這個(gè)問(wèn)題。

幸運(yùn)的是，我們課題組在“小分子-蛋白質(zhì)相互作用預(yù)測(cè)”和“蛋白質(zhì)-蛋白質(zhì)相互作用預(yù)測(cè)”方面都有較強(qiáng)的實(shí)力，因此我們開(kāi)發(fā)了一種新算法--能夠迅速設(shè)計(jì)出潛在的分子，并在合成獲得分子后，迅速進(jìn)行細(xì)胞降解實(shí)驗(yàn)。

我們的分子設(shè)計(jì)數(shù)量不多，大約4～5個(gè)，但效果較好，幾乎每次都能發(fā)現(xiàn)降解活性在納摩爾水平的分子。表明這些分子在較低的劑量下就能實(shí)現(xiàn)目標(biāo)蛋白的有效降解。通常在兩個(gè)月內(nèi)，我們就能篩選出這樣的分子。

我們?cè)?個(gè)不同的體系上進(jìn)行的實(shí)驗(yàn)都已證實(shí)了我們分子的降解能力，目前我們正在進(jìn)行體內(nèi)實(shí)驗(yàn)，主要是動(dòng)物實(shí)驗(yàn)，以進(jìn)一步觀(guān)察這些分子在體內(nèi)的作用效果，并驗(yàn)證它們的降解效率。

《碼客人生》：這個(gè)過(guò)程中哪一步最難？

常珊：一個(gè)關(guān)鍵的限制步驟是--獲取分子實(shí)體。

設(shè)計(jì)分子本身很快，我可能在一周內(nèi)就能完成，但合成實(shí)際的分子實(shí)體卻需要更長(zhǎng)的時(shí)間，這是AI輔助藥物研發(fā)中的一大難題。尤其是對(duì)于結(jié)構(gòu)復(fù)雜的大分子，即便擁有自動(dòng)化合成技術(shù)，合成路徑的確立和實(shí)現(xiàn)依然充滿(mǎn)挑戰(zhàn)，往往需要依靠經(jīng)驗(yàn)豐富的化學(xué)合成專(zhuān)家。

缺乏實(shí)體分子會(huì)嚴(yán)重影響后續(xù)實(shí)驗(yàn)的進(jìn)行。我們常常需要等待長(zhǎng)達(dá)一個(gè)多月，甚至兩個(gè)月的時(shí)間才能獲得所需的分子。一旦分子到手，我們的實(shí)驗(yàn)進(jìn)度便會(huì)加快，通常在兩周內(nèi)就能完成驗(yàn)證實(shí)驗(yàn)。

此外，獲得分子實(shí)體僅是開(kāi)始，我們還需對(duì)其進(jìn)行一系列深入的實(shí)驗(yàn)，全面評(píng)估其藥代動(dòng)力學(xué)特性，包括毒性和代謝等方面的數(shù)據(jù)。我們?nèi)栽诓粩嗵剿髦校袝r(shí)還需委托外部專(zhuān)業(yè)機(jī)構(gòu)來(lái)協(xié)助完成。

因此，實(shí)驗(yàn)設(shè)備、專(zhuān)業(yè)技能和外部合作都是我們研究中不可或缺的部分。

《碼客人生》：外部專(zhuān)業(yè)機(jī)構(gòu)，是指與其他學(xué)術(shù)機(jī)構(gòu)合作，還是找外包公司？

常珊：我們更傾向于外包的形式，同時(shí)也積極與胡機(jī)構(gòu)合作。

但如果與學(xué)術(shù)機(jī)構(gòu)合作，有時(shí)可能難以控制進(jìn)度和時(shí)間。我們希望能快速獲得實(shí)驗(yàn)數(shù)據(jù)，但如果合作方的響應(yīng)不夠迅速，這可能會(huì)影響到我們的研究速度。這也是為什么我們更愿意自己進(jìn)行實(shí)驗(yàn)，這樣可以更專(zhuān)注、更有效地推進(jìn)項(xiàng)目。

▋ 04 技術(shù)如何更好落地？

《碼客人生》：您還在普美瑞生物公司擔(dān)任首席技術(shù)官，這家公司與您目前的課題研究有什么銜接點(diǎn)？

常珊：我們?cè)趯W(xué)術(shù)研究方面主要是在學(xué)校進(jìn)行，但要將研究成果和設(shè)計(jì)的分子推向?qū)嶋H應(yīng)用，就需要企業(yè)的力量。

雖然學(xué)校能夠完成算法的開(kāi)發(fā)和初步驗(yàn)證，但要進(jìn)行臨床前或臨床階段的研究，特別是在藥物開(kāi)發(fā)的后期階段，則超出了高校的常規(guī)能力范圍。

公司官網(wǎng)：https://pumeirui.com

因此，我們通過(guò)普美瑞生物公司，旨在將AI輔助藥物設(shè)計(jì)的技術(shù)從理論轉(zhuǎn)化為實(shí)踐，不僅停留在設(shè)計(jì)階段，而是要推進(jìn)至制藥公司滿(mǎn)意、市場(chǎng)認(rèn)可的成熟階段，最終實(shí)現(xiàn)商業(yè)化。通過(guò)公司這一平臺(tái)，我們希望能夠?qū)⒖蒲谐晒D(zhuǎn)化為具有實(shí)際應(yīng)用價(jià)值的產(chǎn)品，推動(dòng)科學(xué)發(fā)現(xiàn)向技術(shù)創(chuàng)新和產(chǎn)業(yè)發(fā)展的轉(zhuǎn)化。

《碼客人生》：普美瑞生物公司的業(yè)務(wù)重點(diǎn)是什么？公司是否致力于新藥的研發(fā)？針對(duì)的是哪些疾病領(lǐng)域？

常珊：目前我們專(zhuān)注于腫瘤治療領(lǐng)域。我們的目標(biāo)是在藥物研發(fā)的早期階段發(fā)揮關(guān)鍵作用，致力于推進(jìn)到臨床前候選化合物（PCC）的階段。

我們相信，這一階段的創(chuàng)新對(duì)于整個(gè)藥物開(kāi)發(fā)過(guò)程至關(guān)重要。雖然在國(guó)內(nèi)，投資者可能更關(guān)注后期成果，但是具有國(guó)際化視野的公司會(huì)更傾向于關(guān)注這些早期項(xiàng)目，愿意投資于具有潛力的先導(dǎo)分子，這為我們提供了與他們建立合作關(guān)系的機(jī)會(huì)。

對(duì)我們來(lái)說(shuō)，我們的目標(biāo)是將這些早期研發(fā)成果或知識(shí)產(chǎn)權(quán)（IP）商業(yè)化，通過(guò)出售或合作開(kāi)發(fā)的方式與合作伙伴共同推進(jìn)項(xiàng)目。我們并不打算自己走完整個(gè)藥物開(kāi)發(fā)的全過(guò)程，因?yàn)檫@通常需要大型制藥企業(yè)從早期研發(fā)一直做到臨床試驗(yàn)并最終推向市場(chǎng)。我們目前的能力更專(zhuān)注于早期階段，所以我們希望在這個(gè)階段能夠快速發(fā)現(xiàn)并實(shí)現(xiàn)價(jià)值，從而實(shí)現(xiàn)盈利。

《碼客人生》：目前公司是否仍在進(jìn)行技術(shù)方面的驗(yàn)證，還是說(shuō)已經(jīng)有了一些盈利模式？

常珊：公司目前在積極探索將研發(fā)管線(xiàn)商業(yè)化的途徑，也在提供技術(shù)服務(wù)。

我們正積極與潛在企業(yè)進(jìn)行接觸，尋求合作或技術(shù)轉(zhuǎn)讓的機(jī)會(huì)。為了增強(qiáng)我們分子的市場(chǎng)吸引力，我們正致力于補(bǔ)充關(guān)鍵的實(shí)驗(yàn)數(shù)據(jù)，以全面驗(yàn)證其成藥潛力。

我們清楚地認(rèn)識(shí)到，只有通過(guò)深入的實(shí)驗(yàn)研究和充分的數(shù)據(jù)支持，才能準(zhǔn)確評(píng)估分子的潛力，進(jìn)而吸引合作伙伴的興趣。不完整的數(shù)據(jù)，如缺少毒性測(cè)試或代謝特性不佳，都可能影響合作機(jī)會(huì)。我們致力于展示技術(shù)在早期階段的優(yōu)勢(shì)，以獲得更多商業(yè)化變現(xiàn)的機(jī)會(huì)。

我們實(shí)際上一直面臨一種現(xiàn)狀：我們與國(guó)內(nèi)一些制藥企業(yè)有過(guò)交流，他們更傾向于一種更安全的購(gòu)買(mǎi)方式，比如希望我們的產(chǎn)品推進(jìn)到更后期的臨床試驗(yàn)，風(fēng)險(xiǎn)降到最低后，他們才愿意付費(fèi)。

但國(guó)外的大型國(guó)際化企業(yè)，它們更傾向于早期介入和創(chuàng)新。雖然這可能涉及更高的風(fēng)險(xiǎn)，但也伴隨著更大的收益潛力。

所以我們希望國(guó)際化的企業(yè)能夠了解我們，對(duì)我們有印象，甚至有機(jī)會(huì)與我們進(jìn)一步交流，這樣我們就能向他們介紹我們優(yōu)秀的項(xiàng)目，并讓他們認(rèn)識(shí)到我們確實(shí)具備較強(qiáng)的研發(fā)能力，實(shí)現(xiàn)共贏。

《碼客人生》：回顧您的職業(yè)道路，哪些決策對(duì)您的學(xué)術(shù)生涯產(chǎn)生了顯著影響？是否有某個(gè)關(guān)鍵時(shí)刻，讓您在學(xué)術(shù)界及更廣領(lǐng)域中確立了聲譽(yù)？

常珊：我職業(yè)生涯中一個(gè)重大的轉(zhuǎn)折點(diǎn)是我決定轉(zhuǎn)到江蘇工作，建立獨(dú)立實(shí)驗(yàn)室。

起初，在華南農(nóng)業(yè)大學(xué)獨(dú)立開(kāi)展研究時(shí)，我的工作主要集中在計(jì)算模擬上，那時(shí)我的研究成果可能并沒(méi)有引起太大的關(guān)注。我曾擔(dān)憂(yōu)自己是否只能遵循傳統(tǒng)的學(xué)術(shù)路徑，即發(fā)表論文和職稱(chēng)晉升。

然而，當(dāng)我結(jié)束了在美國(guó)的博士后研究并回國(guó)后，我選擇來(lái)到江蘇，這一決策極大地豐富了我的職業(yè)經(jīng)歷。這里的工作環(huán)境為我提供了一個(gè)能夠充分發(fā)揮自己能力的平臺(tái)，讓我能夠整合資源，探索更前沿的問(wèn)題。

現(xiàn)在，我們?cè)趫?bào)告中不僅展示了在CASP競(jìng)賽中取得的卓越成績(jī)，還將這些競(jìng)賽中檢驗(yàn)過(guò)的算法應(yīng)用于實(shí)際場(chǎng)景，開(kāi)發(fā)了多個(gè)研發(fā)管線(xiàn)。這種將計(jì)算與實(shí)驗(yàn)相結(jié)合的研究方法，極大地激發(fā)了聽(tīng)眾的興趣。

實(shí)驗(yàn)人員也對(duì)我的算法是否能夠提升他們的實(shí)驗(yàn)成功率表示好奇，我發(fā)現(xiàn)自己還扮演著銜接干濕實(shí)驗(yàn)的翻譯員，這在跨學(xué)科領(lǐng)域研究中是一種重要的能力。

盡管我可能不是計(jì)算領(lǐng)域的領(lǐng)軍人物，也不是實(shí)驗(yàn)操作的大師，但我在這兩個(gè)領(lǐng)域的交叉點(diǎn)上正在做一些工作，這讓我能夠發(fā)揮積極的作用。我能夠與不同領(lǐng)域的專(zhuān)家進(jìn)行有效溝通，他們對(duì)我們團(tuán)隊(duì)的研究工作表現(xiàn)出了一定的興趣。這一切讓我確信，我的選擇應(yīng)該是正確的。

《碼客人生》：作為學(xué)校的生物信息與醫(yī)藥工程研究所所長(zhǎng)，您在招聘招生方面有何規(guī)劃？在選拔時(shí)，您會(huì)優(yōu)先考慮哪些背景？

常珊：在招生方面，我傾向于選擇具有電子信息、計(jì)算機(jī)或數(shù)學(xué)背景的人才。這些領(lǐng)域我非常熟悉，能夠更好地指導(dǎo)他們。隨著學(xué)校即將增設(shè)相關(guān)碩士點(diǎn)，我相信這將為我們吸引更多優(yōu)秀學(xué)生提供機(jī)會(huì)。

對(duì)于研究人員的招聘，我們更看重具有豐富實(shí)驗(yàn)經(jīng)驗(yàn)的人才。盡管我們?cè)谒惴ㄑ芯糠矫嫦鄬?duì)順利，但實(shí)驗(yàn)環(huán)節(jié)仍面臨挑戰(zhàn)。因此，我們希望引入在特定領(lǐng)域有深厚實(shí)驗(yàn)背景的專(zhuān)業(yè)人才，以增強(qiáng)我們團(tuán)隊(duì)的實(shí)驗(yàn)研究能力。

我們致力于打造一個(gè)多元化的團(tuán)隊(duì)，既有堅(jiān)實(shí)的理論基礎(chǔ)，又有出色的實(shí)驗(yàn)技能，這樣才能在科學(xué)研究的征途上不斷前行。

我相信，讓每個(gè)人在自己擅長(zhǎng)的領(lǐng)域發(fā)揮，不僅提高了工作效率，也響應(yīng)了國(guó)家對(duì)有組織科研和團(tuán)隊(duì)合作的倡導(dǎo)。這標(biāo)志著我職業(yè)生涯的一個(gè)重要轉(zhuǎn)變，也是科研發(fā)展的重要趨勢(shì)。