1956年4月，周恩來總理找到了當時中央組織部的副部長宋任窮，他透露中央計劃加強地質工作的力度，并想要從軍隊中調任一位中央委員來擔任這一重任。宋任窮在兩天后主動找到周總理，表明他愿意接受這一調任，堅定地說：“就讓我來吧！”

宋任窮作為開國上將，擔任中央組織部副部長和總干部部第一副部長，這樣的調動實際上被視為降職，周總理對此心存顧慮，于是詢問：“你真的能夠出來嗎？”對此，宋任窮毫不猶豫地回應：“總干部部那邊人才濟濟，不會影響工作的。”他的話中透出的自信讓周總理安心，也使得他決定支持這一調動，但仍要請示毛主席。

經過幾天的等待，周總理收到了毛主席的指示：宋任窮將被賦予新的任務，成立原子能事業部，并且要負責剛剛組建的第三機械工業部，專責原子彈研發的工作，宋任窮便被任命為部長。由此可見，毛主席對宋任窮的重視與信任非常程度，1958年2月，第三機械部更名為第二機械部，宋任窮繼續擔任部長職務，他幾乎每天都在與科研人員共同奮戰在第一線。

根據宋任窮的妻子的回憶，那個時候的宋任窮工作異常忙碌，除了處理繁重的工作外，還在堅持學習。為了便于腦中記憶，他的辦公室里掛著元素周期表，隨時可以進行背誦。此外，為了與蘇聯專家進行更流暢的溝通，他還自學了俄語，這對于一個長期在軍事崗位上奮斗的將軍來說，無疑是一個巨大的挑戰。

然而，隨著中蘇關系的惡化，蘇方開始撤走專家，結果在離開時，他們還帶走了大量的重要資料。甚至不屑一顧地表示：“這是對你們的毀滅性打擊。”更是嘲諷地說：“估計你們至少需要20年才能搞出原子彈。”面對這種輕視，宋任窮憤憤不平，表決心一定要成功研制出原子彈。沒想到，在這個關鍵時刻，康生和他的同伙卻試圖在其中搗亂。

1960年初，毛主席接見了宋任窮和其他幾位部長，康生此時也來到場。初見面，康生直接詢問宋任窮：“原子彈什么時候能爆炸？”這個關乎國家機密的問題讓眾人都感到緊張，然而在毛主席的在場下，宋任窮不得不回答，坦言因為蘇聯專家撤回帶走了資料，我們只能依靠自己的力量，預計爆炸時間要推遲到1964年。

同樣沒想到的是，康生對此并不滿意，直言：“1964年的爆炸實在太晚，應該在1962年完成。”對此，毛主席悠悠地說：“康生，你去當二級部部長吧。”一聽到毛主席如此處理，康生立刻收斂了自己的意見。

有鑒于宋任窮在毛主席身邊多年，毛主席對他的工作能力十分信任，而康生愈發咄咄逼人的態度顯然是故意刁難。為了維護宋任窮，毛主席的這一番話無疑是給了康生一個有力的教訓。后來的事實也證明，宋任窮的預測是準確的，中國的第一顆原子彈最終在1964年10月成功爆炸。

在那段特殊的十年中，宋任窮經歷了不同尋常的磨難，直到1977年10月才重新恢復工作，被任命為第七機械工業部的部長和黨組書記。在68歲時的他，依然深入工作一線，為部里的發展貢獻力量，同時積極參與“實踐是檢驗真理的唯一標準”大討論，為國家的改革與發展盡心盡力。

在他的大膽倡導下，曾遭受冤屈的干部們得到了平反，牢牢推動第七機械部向規范化、正軌發展。1978年12月，宋任窮擔任了中央組織部部長，隨后，他在落實干部政策和進行平反工作方面做出了巨大貢獻。2005年1月8日，宋任窮在世上留下一百多個春秋，享年96歲，留下了令人尊敬的歷史。