由于以色列的不宣而戰，給伊朗軍方高層，核設施和全民信心帶重創。以色列連日空襲，讓伊朗從沉默中爆發，全面開啟防空系統，展開規模龐大的導彈和無人機反擊。

從13日夜間到14日，伊朗首都德黑蘭上空時不時傳來爆炸聲，表明伊朗防空系統已經起了作用，攔截了大量飛抵德黑蘭上空的不明飛行物，包括以色列的無人機，巡航導彈和精確制導炸彈。然而，伊朗非軍事目標和其他城市，防空力量顯得相對薄弱，還是遭到了以軍打擊。在以色列看來，所謂軍事目標，包括軍人家屬甚至同住小區的居民。13日的首輪打擊中，以色列就目標明確地襲擊了德黑蘭的居民家屬樓，導致整棟樓房倒塌，造成60人死亡，其中包括20名兒童。

伊朗采取的報復行動，也沒有讓伊朗國民失望，在第一輪6批次200枚導彈和無人機攻擊之后，二批次攻擊隨即在14日夜間展開，這一輪打擊伊朗僅發射了50多枚導彈，取得的顯著戰果。伊朗使用了新型導彈，具有高超音速和機動能力，以色列防空系統更加難以防范。另一方面，也說明以色列防空彈藥面臨枯竭，防御效果一波不如一波。

伊朗對以色列報復已經進行到第7輪，并且伊朗導彈突防能力超出了外界預期。總體上看，伊朗已經發射了300多枚導彈，其中含有大量高超音速導彈。盡管伊朗很難擋住來自以色列的轟炸，但是以色列同樣無法擋住來自伊朗的導彈襲擊。伊朗的導彈開始連續突防成功，擊中以色列國防部大樓，擊中以色列多個建筑物，擊中以色列科學研究院大樓，給以色列造成最慘烈損失。

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以色列遭遇史上最慘重打擊，科研核心遭“斬首”，低估伊朗報復決心和能力正在付出慘痛代價。美國媒體《紐約時報》等媒體披露消息稱，伊朗在對以色列實施的第7個波次的導彈襲擊中，成功突破以色列防空系統，擊中以色列重要研究中心魏茨曼科學研究院。美媒披露了以色列這個最為重要的科學研究院在遭遇導彈襲擊時的畫面，可謂是向外界公布了鐵證，以色列想要隱瞞都很難。

據公開數據可知，以色列這個研究院占地50萬平方米，是以色列高科技產業的核心引擎，屬于以色列科研中樞，匯聚了全國最頂尖的2500多名物理學家、計算機專家、軍工研發人員、核技術工程師、博士后研究員、哲學博士生及理學碩士生等。該研究院位于特拉維夫東南方向的雷霍沃特市，在以色列具有重要地位。遭遇導彈襲擊后，該研究院至少一棟建筑物爆炸，至少有一棟實驗室起火。

爆炸發生后，以色列迅速封鎖了現場，目前研究院里面的2500多名科研人員生死未卜。毫無疑問，這將是以色列遭遇的最慘烈損失。伊朗這次攻擊伊朗科學研究院，就是對以色列炸死伊朗核科學家的報復。該研究院不僅是以色列“鐵穹”防空系統、箭式反導系統和網絡戰技術的研發總部，更承擔著該國核計劃的推進工作。

衛星圖像顯示，研究院主樓及周邊一座實驗樓已部分坍塌，地下實驗室因二次爆炸產生嚴重結構性損傷。2500多名科研人員中，包括參與"箭-4"反導系統開發的阿維·布盧門撒爾教授、量子計算機專家米里亞姆·利維博士等國際知名科學家。另據報道，以色列國家生物實驗室的整個病毒研究團隊——包括正在研發新型疫苗的12名頂尖微生物學家也一度在爆炸后失去聯系。

以色列《國土報》稱這是“自1973年贖罪日戰爭以來最黑暗的一天”，除了較大的經濟損失之外，科學研究人員損失是無法用金錢衡量的。這種對高端人才的"定點清除"策略，明顯借鑒了以色列自身長期對伊朗核科學家的暗殺手段，可謂“以彼之道還施彼身。”對于以色列而言，他們絕對沒有想到自己能遭遇這么嚴重損失。

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伊朗導彈戰術的顛覆性升級，從象征性打擊到毀滅性精確攻擊，以色列打擊伊朗正在透支長期樹立的絕對自信。特拉維夫夜空被導彈尾焰和攔截爆炸點亮，這種“戰爭景象”對習慣于相對安全的城市生活的以色列年輕一代產生了強烈心理震撼。伊朗此前兩輪對以色列的襲擊都沒有拿出自己的壓箱底導彈，從而讓以色列犯了輕敵的毛病。

伊朗此次“真實諾言-3”行動展現出導彈性能質的飛躍，也讓伊朗對以色列的導彈襲擊從過去的象征性警告升級為毀滅性精確打擊。伊朗此次發射的導彈中包括新型“霍拉姆沙赫爾-4”彈道導彈和“蘇馬爾”巡航導彈采用了多彈頭分導技術和末端機動變軌能力，極大提高了突防概率，打擊精度提高到了厘米級。

以色列國家科學研究院占地面積雖大，但其核心實驗室分布集中，襲擊卻精確命中了這些關鍵節點，這是以色列完全沒想到的。以色列前軍情局長阿莫斯·亞德林承認：“我們低估了伊朗的學習能力和軍事轉型速度，他們用我們的戰術打敗了我們。”很顯然，伊朗的這次導彈襲擊，也導致以色列長期確立的絕對自信受到打擊。以色列在中東地區無敵手，但是這一次卻在伊朗面前露了底。伊朗的報復不僅造成巨大物質損失，更動搖了國民對政府和安全機構的信任基礎。

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緊急請求美軍參戰，以色列確實遭遇慘重損失且找不到破解辦法，只能再次求助美國。以色列境內大量建筑物被炸毀，導致了非常慘重的人員死傷，這些都是空前的。面臨嚴峻形勢，以色列認識到自己犯下錯誤，開始緊急向美國求助。據美國Axios新聞網，以色列正在要求美國立刻參戰，徹底鏟伊朗核設施。美國國務卿魯比奧，強調“美國沒有參與或協助以色列此次襲擊”，實際上就是不想介入沖突。就算以色列求助，美國也不會輕易參戰。對于以色列而言，這一次真的麻煩了。

付出一系列慘痛代價后，伊朗似乎也開始徹底醒悟，茍且是帶不來和平的。伊朗軍方高層最近放出消息稱，“戰爭規模會在未來幾天持續擴大”，并稱“打擊以色列的導彈會是現在的20倍”，同時稱，“美軍基地也在考慮范圍之內”。

事態的嚴重升級，美軍也開始坐不住了，6月15日凌晨，根據南海事態感知的官方賬號，美軍的尼米茲航母打擊群加速向中東進發，目前已過馬來西亞和印度尼西亞的交界海域，這是美海軍接到了五角大樓的命令，開往中東的緊急調動。同一時間，“卡爾·文森”號航母戰斗群也在阿拉伯半島活動，這也讓人擔心，美國會被以色列“拖下水”，從間接支援到直接參戰。