《孤舟》是一部以抗日戰爭為背景的懸疑戰爭劇，主要講述了顧易中在抗戰期間經歷的一系列復雜事件和成長的故事。

顧易中本是一位有著留美背景的建筑師，才智過人，外貌出眾，與肖若彤是一對青梅竹馬的情侶。他本在國民黨蘇州市政建設領域工作，抗戰爆發后，在好友肖君俠和肖若彤的影響下，成為了一名地下工作者。

在一次救援任務失敗后，蘇州地下組織的聯絡點不幸暴露，甚至根據地也因此被搗毀，導致顧易中被誤認為是“八號細胞”。這一變故讓他們的關系陷入了困境，肖若彤也一度對顧易中產生了誤會。

林書娟本只是戰爭中的一個普通人，她的父母早逝留下她獨自生活，機緣巧合之下拜了張海沫的父親張玉泉為師學起了評彈。中統區昕萍用她弟弟的性命脅迫她，借張海沫的身份前往蘇州，以顧易中未婚妻的身份住進了顧府。

看到最后，肖若彤犧牲，顧易中重操舊業，才知張海沫為什么毅然離開。

顧易中為查出“八號細胞”是誰不惜進入九十號特工站收集線索，期間他聯合肖若彤救出了肖君俠，也徹底查清了“八號細胞”就是他的姐夫胡之平。

胡之平從周知非處得知肖君俠被救后，便知道他的身份暴露了。周振武找到他，與他交涉之間卻被他一槍斃命。他想快速脫身便與周知非聯系，以提供更有利的價值為條件，向他要一筆錢想要帶著顧慧中離開。顧慧中看出端倪，跟蹤他終于知道他就是“八號細胞”，真正害死她爹，陷害她弟弟的人，卻在猶豫之間反被他滅口。而最后他也難逃一死，遭周知非一槍斃命。

顧易中終于洗清嫌疑，肖若彤提議與他一起回根據地，他卻因張海沫拒絕了。在他幾次生死之際，只有張海沫從未放棄過他，一直相信他鼓勵他，甘愿被所有人誤解也要與他并肩同行。

他一方面為了救海沫、一方面為了組織營救蔣伯先。蔣伯先被救，而區昕萍被抓。顧易中將消息帶給海沫，海沫也因為區昕萍的離開更決絕的想要加入抗日。

周知非一直以來都太過精明，就算是讓他親手槍斃昔日的愛人他也能下得去手，想要抓住他的把柄并不容易。在經過一番考量之后，決定讓顧易中與海沫結婚，肖若彤在經過一番心里斗爭后也只能選擇同意，為了國家也只能暫時犧牲個人的情愛。她看得出來海沫對顧易中的情感，卻又不得不選擇放手。

在最后一次任務中，她卻因意外犧牲了。她的犧牲也換扭轉了局面。抗戰勝利后，顧易中又重新做會了建筑師，而張海沫卻毅然決定離開他的身邊。

她柔弱的外表下有很堅韌的自我，樸素善良。雖只是一個彈詞女先生，卻是很容易去為對方著想，跟對方共情。對顧易中這個愛的人，她雖然喜歡，但是她的很多行為是跟回報或者這個人喜不喜歡她無關的。

她一路上陪伴在他左右，始終堅定自己對他的感情，可顧易中卻是到最后也分辨不清楚對她究竟是一種依賴還是革命戰友之間的感情或是愛情。只有分開，才能讓他看清自己的心，他們之間才能有新的希望。