曾國藩的湘軍攻破天京后，太平天國運動宣告失敗。然而此時的慈禧忐忑不安，擔心曾國藩擁兵為王。接下來發生的兩件事情讓曾國藩感受到了慈禧的不安。

一是清政府立馬派兵駐防天京，實則監視曾國藩的一舉一動。二是要求曾國荃上繳南京的戰利品，名義上補充國庫，實則在敲打提醒曾國藩。湘軍一直是靠占領南京后可以瓜分金山銀山的信念才取得最終的勝利，曾國藩不可能將戰利品上繳國庫。

曾國藩是個極其有政治覺悟的人，深知功高蓋主乃大忌，很快明白了慈禧太后的心思，這為后期決定裁減湘軍埋下伏筆。曾國藩決定找個合適的機會、合適的方式急流勇退，既可以向慈禧表忠心讓其放心，又可以保證自己的安全。剿滅捻軍事件就給了曾國藩機會。

清軍鎮壓完太平軍后，來不及休整就要平定捻軍之亂。捻軍與太平軍不同，完全是打游擊戰，趁清軍與太平軍斗爭的間隙發展壯大，特別是太平天國覆滅后，數萬殘余的太平軍加入到捻軍隊伍之中，隊伍再次壯大。到咸豐七年，捻軍勢力壯大到頂峰，經常騷擾直隸大名府等地，引發朝廷震怒。

朝廷派出多員大將剿滅捻軍，付出慘痛代價，最終以失敗告終。其中就有我們熟知的蒙古科爾沁親王僧格林沁，因下屬的背叛，被捻軍誅殺在曹州西北的吳家店。此消息一出震動朝野，最終清政府任命曾國藩為欽差大臣，負責圍剿直隸、山東、河南一帶的捻軍。李鴻章代理兩江總督，為曾國藩提供糧草、做其后勤支援。

以往的戰略方針讓清軍疲于奔命，發現捻軍后清軍去追剿，等趕到后捻軍已無影無蹤，非常的被動。曾國藩針對捻軍流傳作亂的特點，一改以往窮追猛打的作戰方針，改為先包圍，再逐漸縮小包圍圈，將捻軍趕集在一個相對固定的位置，然后召集各路兵力圍剿。這一戰略方針取得顯著效果。曾國藩覺得時機成熟，路已給李鴻章鋪好，自己可以急流勇退，也不耽誤朝廷的“任務”，不至于讓慈禧覺得自己在撂擔子。

同治五年十二月，曾國藩以身體不適為由辭去職務，舉薦李鴻章為欽差大臣，同時大幅裁減清軍，力推李鴻章的淮軍，自己退居二線負責為李鴻章做好后勤保障和支援工作。十多萬的湘軍最終保留三萬人，看似向慈禧表明了態度，實則都是聰明人看破不說破。

湘軍經過多年戰斗，雖然人數和裝備有了很大提升，但是軍紀逐步敗壞、不良風氣橫行，戰斗力也在走下坡。看似裁減實則整頓，此舉既保留了最精銳的部隊，又可以節約巨大的軍費開支，萬一和慈禧翻臉也能快速做出反應，一石三鳥，大智也。當時慈禧安排了馬新貽去監督曾國藩裁軍，曾國藩不得不留一手，最后馬新貽也死得不明不白，當然軍隊也裁了。慈禧怎么會看不出來曾國藩的意圖？答案是否定的，大家都是聰明人，在內憂外患的情況下，看破不說破，你給我面子裁軍，我也給你留三分臉面。

李鴻章秉承曾國藩的戰略戰術，不與捻軍開展城池爭奪戰，而是將捻軍逼迫到地形復雜的地方，接著故意放棄地盤誘敵深入，最后調集各路人馬，從不同方向形成合圍之勢，屢試不爽，實戰也證明確實是一個行之有效的好辦法。

在曾國藩的大力支持下，李鴻章憑借自己的優秀軍事才能，只用了一年的時間就把捻軍殲滅。在這之前清政府的許多將領束手無策，讓捻軍橫行十多年。充分說明了李鴻章的軍事才能。

李鴻章跟隨曾國藩多年的行軍打仗過程中，不光是學會練兵、用兵、打仗，更重要的是在曾國藩的熏陶下，提高了自身的人生格局。這段經歷為北洋水師的創建、洋務運動的發起打下堅實的基礎，所以李鴻章對曾國藩敬佩有加，一直以曾國藩的學生自居。