1975年4月1日，在紅色高棉軍隊的進攻下，親美的朗諾出逃金邊（柬埔寨首都）。16天后，紅色高棉控制金邊，朗諾等人建立的高棉共和國被徹底推翻。

紅色高棉接管柬埔寨后，第一件事就是借口美軍即將轟炸金邊，下令金邊居民全部疏散到鄉下，他們許諾只要躲避三天就可以返回，要求民眾走時不必攜帶任何財物。

這個命令立即得到了執行，3天的時間里，原本300萬人口的金邊一下子變成了幾萬人。而在撤離的過程中，那些不愿意離開的人遭到了槍殺，沒有能力離開的人被遺棄路旁……大量無辜百姓死亡，整個過程可以用災難來形容，史稱“死亡行軍”。

然而，事情到此遠遠沒有結束，更大的災難還在后面。掌握柬埔寨后，紅色高棉迅速對前朗諾政權的軍政人員展開了清算，清算的對象不僅包括高級官員、王室成員，還包括一般的公務員、士兵、警員。這些人被專門的卡車運輸到指定地點，所有被斧頭、棍棒、鐮刀等農具直接處決。

沒有為朗諾政權服務過人依舊在劫難逃。波爾布特認為城市是資本主義的丑惡象征，會腐化干部和群眾，出于對“勞動”、“農村”的推崇和膜拜，他強制要求所有人一起從事修筑水渠、農田和道路，而不向他們提供最基本的糧食和生活保障，大量的人口在這種強制勞動中死亡。

這場沒有邊界的迫害之風同樣刮到了紅色高棉內部。出于對組織“純潔性”近乎偏執的追求，紅色高棉領導人波爾布特始終認為，組織內部充滿了“細菌”——親越分子、克格勃間諜、中情局特務、朗諾余孽……它們無處不在，必須時刻睜大雙眼，予以肅清！

在這一理念的指導下，紅色高棉的內政部長胡榮、兩任商務部長、新聞和宣傳部長、主席團第一副主席、農業部長農筍）、商業部長貴敦、建筑部長篤澎、東北大區書記奈沙朗、蓋敏、主管經濟的副總理溫威等等都遭到了處決。各大區的黨政軍領導人被處決得則更多，譬如1978年5月，東部大區叛亂，波爾布特隨即宣布，東部大區的150萬人是“有越南心的高棉人”，應該得到“凈化”，這一講話至少導致10萬人被殺掉。

這些高官被處決后，他們的家人、同僚和部下也難逃一劫，他們被帶入紅色高棉的審查中心，經歷了地獄般的折磨。其中最著名的就是S-21集中營（全稱為第21號保安監獄），據統計S-21集中營在75年到79年共關押過1.4萬以上的囚犯，最初一批人被帶到這里后，經歷了酷刑折磨，要求供出同黨的名字，然后“同黨”來了再供出“同黨”，如此循環往復……1979年，越軍攻入金邊后，發現了S-21集中營，這時這里只剩下了7個奄奄一息的幸存者。

在如此高強度的“自我屠殺”之下，很多紅色高棉的成員，其中不乏一些士兵逃到了越南，并組建了“柬埔寨救國民族團結陣線”，試圖借助越南的力量對抗紅色高棉。當時越南和紅色高棉在邊界沖突不同，歷史恩怨也頗深。

1978年11月，蘇聯和越南簽訂了《蘇越友好合作條約》，支持越南在印支半島的擴張政策。12月，越南即對柬埔寨發起大規模入侵，當時的紅色高棉已經因為“自我屠殺”實力驟減，根本無力抵抗，到1月7日，越軍即占領了金邊，并扶植傀儡韓桑林建立了政權。

越南的入侵，使得柬埔寨的局勢更加復雜，因為在冷戰的大背景下，越南的擴張就是蘇聯的擴張，這是各大國最為忌憚的事情。在聯合國大會上，西哈努克親王痛斥越南的侵略行為，美國、英國、中國、泰國等國均表示支持，最終，越南建立的傀儡政權未能在聯合國獲得合法席位，而紅色高棉則繼續保留了聯合國的席位。

被趕出金邊的波爾布特率領余部逃到了柬埔寨西部，重新組建了國民軍，繼續同越軍作戰。與此同時，西哈努克領導的奉辛比克黨、宋雙領導的民族解放陣線組成了“民主柬埔寨聯合政府”，也在積極同越軍作戰，并得到了美國、中國、新加坡、馬來西亞等國家的物資援助。

紅色高棉軍在被越軍擊敗后，一路跑到了柬埔寨和泰國邊境的深山中，此時的波爾布特還在指責自己身邊的人都是叛徒，是越南人的傀儡，導致了自己的失敗，自己的責任就是太過信任下屬。隨著紅色高棉軍隊失敗，他們在柬埔寨的影響逐漸下降，靠著走私寶石和木材維持生存。

到1986年，黎筍逝世，越南無法承擔超過國家財政支出一半以上的軍費，開始思考從越柬戰爭的泥潭中脫身。而蘇聯在隨后的改革中也陷入困境，經濟壓力巨大，停止了對越南的援助。于是在1988年，越南單方面宣布了撤軍計劃。至此，柬埔寨重獲和平指日可待。

1992年，在聯合國的調解下，柬埔寨各方勢力簽訂和平條約，并開始著手籌備新的聯合政府。然而你，不甘失敗的紅色高棉卻拒絕與聯合國合作，公開抵制大選，這個錯誤的判斷使其在國內、國際上，全面陷入孤立狀態。

1993年，柬埔寨王國成立，很快獲得了聯合國的承認，而紅色高棉則失去了它在聯合國的席位，并被柬埔寨王國宣布為非法組織。此后，柬埔寨政府多次嘗試用和平談判的方式，勸紅色高棉放下武器，并承諾對投誠人員予以特赦，無奈波爾布特已經失去思考能力，還在堅持負隅頑抗。

1996年，紅色高棉幾個精銳師向政府軍投降，波爾布特更加孤家寡人。此后在政府軍的軍事壓力和政治攻勢下，紅色高棉的戰士厭戰思鄉，逃離的戰士達到了紅色高棉軍隊的80%。

眼看失敗已成定局。1997年，紅色高棉的軍隊總司令宋成開始密謀投誠，波爾布特得知消息后，下令槍殺了宋成一家，包括宋成夫婦和他們的8個子女，還殘忍地下令用卡車碾壓他們的尸體……

憤怒的紅色高棉士兵隨即發起反叛，將波爾布特逮捕，并宣布他“背叛民族”、“殺害同志”，判處其終身監禁。

波爾布特被關押期間，面對記者的采訪，他還在堅稱：“我是為了進行斗爭，不是為了殺人。即使是現在，你可以看著我，我是野蠻人嗎？我的良心很清白！沒有我們的斗爭，現在就沒有柬埔寨。”

1998年4月15日，紅色高棉同意將波爾布特交給國際審判，當晚，波爾布特在等待轉移時突然死亡。長期以來，外界對此有幾種說法，一是波爾布特死于心臟衰竭，二是從尸體指甲可以看出，他是被人下毒或者自殺的。知情人士分析，如果波爾布特如果被送上國際法庭，事情會變得非常復雜，牽扯非常之多，而他一旦死掉，問題就會被解決。

當時柬埔寨政府要求檢查波爾布特的尸體，但紅色高棉未經解剖和化驗就將其遺體火化。波爾布特的骨灰被葬在距離泰國邊境之后數百里的一個小村子，只是用木板簡單地搭了一個墳墓，上面寫著“波爾布特火葬于此”。

波爾布特死后不久，紅色高棉在喬森潘和農謝的帶領下，向柬埔寨政府投降。此后，二人都以“危害人類罪”被判處終身監禁。紅色高棉自此成為一個歷史名詞。