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通用深度學習分子勢能新架構—矩-圖神經網絡

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在計算化學與材料科學領域,精準高效的分子勢能模型是推動分子動力學模擬和材料設計的關鍵。近年來,基于圖神經網絡的機器學習勢函數取得了顯著進展,尤其是消息傳遞神經網絡(MPNN),已展現出構建通用原子間勢函數的潛力。然而,現有方法普遍依賴球諧函數及Clebsch-Gordan縮并來保持旋轉對稱性,這一過程計算復雜度高,影響了其實際應用。

針對這一挑戰,浙江大學航空航天學院朱書澤研究員團隊提出了矩-圖神經網絡(MGNN)。MGNN是一種旋轉不變的消息傳遞神經網絡架構,引入矩(moment)表征分子三維結構關系,避免了傳統高階張量計算,使其在保持計算效率的同時,能夠精準刻畫分子體系的幾何特性。

研究團隊在多個開源公共數據集上驗證了MGNN的優越性。在QM9數據集上,MGNN在12項分子性質預測任務中取得了7個SOTA(當前最佳)結果,其余任務的誤差也與最優模型相當。在修正的MD17數據集中,MGNN在小分子能量和力場預測方面多項指標刷新SOTA記錄,并在其他任務上保持了與前沿模型接近的誤差。在用于評估機器學習勢函數穩定性的MD17-乙醇數據集中,MGNN在能量誤差、力誤差及長期穩定性方面均達到SOTA水平。此外,該研究還在3BPA和25元素高熵合金數據集上測試了MGNN的泛化能力和計算效率,結果表明MGNN在不同體系中的適應性強,計算成本低。



Fig. 1:The moment message passing scheme and the architecture of MGNN.

MGNN的核心在于利用矩表征分子圖的幾何關系,并結合消息傳遞機制高效學習分子特征。通過為節點(原子)、邊(化學鍵)、三元組(角度關系)定義矩,MGNN能夠精確描述分子的對稱性。其信息傳遞機制采用三元組-邊-節點的多層級信息流,使分子圖中的空間關系得以高效建模,并最終通過輸出模塊預測不同物理性質。值得注意的是,MGNN的輸出設計涵蓋了不同階數的張量,包括標量(如能量)、向量(如力、偶極矩)以及高階張量(如極化率),使其能夠適用于多種計算化學和材料科學應用。



Fig. 2:Output blocks.



Fig. 3:Learning curve for different models.

MGNN在實際材料體系的模擬中也展現了廣泛的應用價值。例如,在非晶態磷酸鋰(Li?PO?)固態電解質中,MGNN模擬得到的鋰離子擴散特性,包括徑向分布函數(RDF)、四面角角度分布函數(ADF)和均方位移(MSD),均與第一性原理計算結果高度吻合,為固態電解質設計提供了可靠工具。此外,MGNN在分子光譜計算中的應用表明,其在紅外(IR)和拉曼(Raman)光譜預測方面同樣表現優異,計算結果與實驗數據高度一致,展現出替代傳統電子結構計算方法的潛力。



Fig. 4:Structure properties of Li3PO4and Li dynamic in Li3PO4.



Fig. 5: Infrared and Raman spectra of ethanol.

MGNN的提出,為深度學習在分子模擬和材料計算領域的應用開辟了新路徑。它不僅具備高精度、低計算成本和廣泛適應性,還能高效預測分子動力學、電子結構、分子光譜等多種關鍵物理化學性質。未來,該方法有望成為計算化學、材料科學乃至生命科學等多個領域的重要計算工具,加速新材料和新分子的設計進程。



論文鏈接:

https://www.nature.com/articles/s41524-025-01541-5

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