日照海關(guān)的歷史最早可追溯到1898年。1861年，清政府在煙臺設(shè)立了"東海關(guān)",民國成立后改稱"山東海關(guān)監(jiān)督公署"，下設(shè)若干分關(guān)、分卡，管理全省沿海口岸進(jìn)出境活動。

1898年，清政府又在青島設(shè)立了"膠澳海關(guān)"，下設(shè)若干分關(guān)、分卡，管理膠州灣各口岸進(jìn)出境活動。其中在石臼所、濤雒等海口設(shè)分關(guān)。

據(jù)省檔案館所存舊《山東省職員錄》第一期（財政廳部分）記載，1927年隸屬山東海關(guān)監(jiān)督公署的石臼分關(guān)關(guān)長是侯書增，字益堂，掖縣人；但該分關(guān)設(shè)立和撤銷的時間及中間的演變無考。

1938年1月10日，日本侵略軍占領(lǐng)青島。當(dāng)月30日，即農(nóng)歷年除夕，盤踞青島的日軍派漢奸葉碧桐來石臼所，伙同官僚資本家賀某某對國民黨日照縣政府勸降，企圖在石臼所設(shè)立海關(guān)。正月初一這天，國民黨日照縣政府在全縣人民抗日激情的壓力和流亡來的韓復(fù)集部軍法處長史景州及膠縣、高密等七縣縣長的支持下將葉逮捕，次日，在其縣政府駐地十里鋪東門外處死。當(dāng)天，日軍從青島派出兩架飛機來石臼所、日照城上空撒傳單，通牒限期交出葉，得知葉已被處死，遂于正月初六又從青島派出飛機兩架、軍艦三艘，對石臼所、日照城進(jìn)行報復(fù)性的狂轟濫炸，成為轟動當(dāng)時的"葉碧桐事件"。

1939年6月15日，駐青島的日寇海軍陸戰(zhàn)隊百余人占領(lǐng)了石白所、日照城，拼湊了日偽縣政府和維持會，在石臼所設(shè)立了"船舶聯(lián)合局"，二年后改稱"華北航業(yè)總公會石臼辦事處"，行使海關(guān)職權(quán)。

1946年2月，山東省工商管理總局第二分局日照支局設(shè)立石臼、濤雒、安東衛(wèi)、王家灘4個海口事務(wù)所，即海關(guān)機構(gòu)。

1947年6月，日照工商支局經(jīng)上級批準(zhǔn)，將濤雒、安東衛(wèi)2個海口事務(wù)所改建為海關(guān)，石臼海口事務(wù)所歸濤雒海關(guān)領(lǐng)導(dǎo)。

1948年初，濤雒海關(guān)撤銷，合并到安東衛(wèi)海關(guān)，石臼海口事務(wù)所隨歸安東衛(wèi)海關(guān)領(lǐng)導(dǎo)。

1951年3月，安東衛(wèi)海關(guān)和石臼海口事務(wù)所撤銷。

1984年6月7日，在建設(shè)石臼港的同時，石臼海關(guān)開始籌建。

1985年12月22日，正式成立石臼海關(guān)，為處級單位，隸屬青島海關(guān)。

1986年5月19日，舉行開關(guān)儀式，正式對外行使職權(quán)。1992年更名為日照海關(guān)。

從領(lǐng)導(dǎo)任職情況看，1985年12月，任鶴年任石臼海關(guān)副關(guān)長主持工作，同時，安豐彩、姚寶德任副關(guān)長。

1986年9月，任鶴年任關(guān)長。1988年10月，安豐彩任副關(guān)長，主持工作，王和勇任副關(guān)長。

1990年5月，安豐彩任關(guān)長。1992年3月，張曙光任日照海關(guān)副關(guān)長。1993年6月，張龍軍任關(guān)長。

以后的變遷，不再寫了。

現(xiàn)存的石臼海關(guān)老辦公樓位于市區(qū)黃海一路東段路北，由石臼港建設(shè)指揮部建設(shè)，主體為磚混結(jié)構(gòu)，設(shè)計抗七級地震，1984年5月10日開工，1984年12月29日竣工，面積3572.86平米，為日照早期重要的臨港產(chǎn)業(yè)設(shè)施，為研究日照港口經(jīng)濟發(fā)展提供了參考依據(jù)。