希羅多德在自己著作的開頭說：“他所以要把這些研究成果發表出來，是為了保存人類的功業，使之不致由于年深日久而被人們遺忘，為了使希臘人和異邦人的那些值得贊嘆的豐功偉績不致失去它們的光彩，特別是為了把他們發生紛爭的原因給記載下來。”在這段話中，希羅多德把歷史的功能規定為兩個：一是記錄過去，防止那些人類的功業因為年深日久被人遺忘；二是探索事件發生的原因：希臘人和波斯人為什么會發生沖突？龐大的波斯帝國，為什么會被看起來弱小而且不團結的希臘人擊敗？對這些問題，希羅多德的答案是：波斯帝國實行專制統治，人們為國王打仗，作戰并不積極。而希臘人是自由人，只服從法律，戰斗也是為了自己，用今天的話說，希臘人進行的是保家衛國的正義戰爭。因此，波斯的戰敗，是專制統治的失敗，希臘人的勝利，是自由和法治的勝利。

希羅多德的《歷史》共分9卷，主題是公元前5世紀最初20年中希臘與波斯之間的戰爭，上起希臘和波斯各自的起源，下到公元前479年波斯軍隊分別在中希臘的普拉提亞和小亞細亞的米卡萊戰敗。為闡明戰爭的起因，希羅多德廣泛搜集資料，記錄了許多有關早期希臘、小亞細亞、兩河流域、波斯、埃及等地的風土人情和歷史沿革。這讓他的著作看起來雜亂無章，但他實際上有自己的邏輯秩序。為說明戰爭的起因，他首先介紹了神話的說法：一些腓尼基人假借做生意的機會，到希臘的阿爾戈斯拐走了公主伊俄。希臘人則以特洛伊王子帕里斯拐走希臘第一美女海倫為由，發動十萬大軍討伐特洛伊，最終摧毀了這個國家。不過希羅多德對于神話顯然并不贊成，說那最多是雙方之間的相互劫掠。更重要的是，他認為那些都是神話，根本靠不住，也不值得討論。

希羅多德不相信神話，覺得那是虛無縹緲的事情。根據他的判斷，這場大戰的最初根源是呂底亞人對小亞細亞西海岸希臘人的征服。由于呂底亞后來被波斯征服，這些希臘人又成了波斯大王的臣民。他詳盡敘述了波斯帝國的崛起，描述了埃及、兩河流域、印度等地的風土人情和歷史。在他看來，戰爭的直接起因，是公元前499年小亞細亞希臘人的起義以及雅典和埃萊特利亞的援助，尤其是雅典的援助。雅典人派出援助的20條船雖然沒有發揮多大作用，但“派出去的這些船只就成了后來希臘人和異邦人的糾紛的開始”，引起了波斯的報復行動。希羅多德特別記錄說，起義爆發后，當波斯國王大流士聽說有雅典人參與時，他非常憤怒，希羅多德的原話是：當人們告訴他（他就是大流士）之后，他便要人們把弓給他拿來，他放一支箭在弓上并把它射到天上去。在把這支箭射到上空去的時候他祈求說，“哦，宙斯，容許我向雅典人復仇吧！”自是而后，每到他用飯的時候，他都要他的一個仆人在他的面前說三次：“主公，不要忘掉雅典人啊！”

希羅多德這里有演義的成分。一是此前雅典人已經跟波斯人打過交道，大流士不太可能不知道雅典在哪。二是希羅多德如何知道波斯大王所說的要報復雅典的話呢，還每天三次！三是這里的話帶有明顯的希臘味道，把箭射向空中表示宣戰或許是波斯人的習慣，但大流士不大可能向希臘人的大神宙斯而不是祆教大神阿胡拉·瑪茲達祈禱。而且希羅多德之前已經說到雅典和波斯之間的矛盾：波斯人要在雅典恢復僭主統治，但雅典人拒絕了。希羅多德另外提到，在那之前20年左右，大流士已經派人去希臘偵察。這些事表明波斯侵略希臘的意圖，在雅典人參與起義之前就已經存在。不過雅典人的介入，正好給波斯人的入侵提供了借口，也是不可否認的。的確，波斯人鎮壓起義后不過兩年，就在公元前492年發動了第一次遠征。按照希羅多德的說法，波斯這次遠征遭遇了可恥的失敗，因為它的海軍在海上遭遇風暴，損失慘重，被迫不戰而返。陸軍也不更好，在愛琴海北岸的色雷斯地區遭遇當地人襲擊。雖然損失不大，但波斯統帥受傷，也無功而返。而實際情況并非如希羅多德所言，因為波斯人借機征服了愛琴海北岸的色雷斯，為進一步入侵希臘提供了跳板和基地。公元前490年，波斯再度發動入侵，目標直指埃萊特利亞和雅典，但在馬拉松戰役中被雅典擊敗。值得一提的是，據稱馬拉松戰役后信使菲狄皮德斯飛奔回雅典報信，在通報完畢后力竭而亡。這個傳說被接受后，誕生了現代著名的馬拉松運動，且第一次馬拉松比賽，就舉行于1896年的第一屆現代奧運會，后來從馬拉松到雅典城的距離，就成為標準的馬拉松選手必須跑完的里程。實則有關信使力竭身亡的記載出現在馬拉松戰役約700年之后，而且信使的名字也不一樣，很可能是假的。只是19世紀末的人們還不清楚這一點，后人也就延續了這一傳統，直到現在。

不管信使報信這事是真是假，在馬拉松的戰敗讓波斯大王更急于報復，馬上開始了征兵行動，按照希羅多德的說法，是“亞細亞整整騷亂了3年”。那何故拖到公元前480年即馬拉松戰役10年后才發動遠征？原來波斯帝國疆土雖然龐大，但常備軍數量很少，每次大規模戰爭都需要重新征集軍隊。然而當大流士花費三年征集到足夠兵員，準備發動入侵時，埃及暴動了。于是這支軍隊首先被用于對付埃及。埃及的暴動還沒被鎮壓下去，國王大流士又駕崩了。新國王薛西斯登基，征服埃及后，才決定回頭再度遠征希臘。正在這個時候，雅典人根據他們的政治家地米斯托克利的建議，建立了一支兩百多條戰船的龐大艦隊，一躍成為希臘第一海軍強國，并且主動和斯巴達聯合，與那些愿意抵抗波斯的城邦一道，組成了抵抗波斯入侵的同盟。雖然波斯人在溫泉關取得了勝利，但隨后在薩拉米斯、普拉提亞和米卡萊戰役中被擊敗。波斯主要兵力退出希臘，小亞細亞的希臘人也擺脫波斯統治取得獨立。這樣，希波戰爭以希臘的勝利告一段落。希羅多德《歷史》的主體，就是波斯對希臘的三次入侵。