1919年之后，馬克思主義傳入《新青年》編輯部，整個新青年的編輯部已經開始分裂了。由于胡適等人仍停留在資產階級民主主義的思想上，在社會改造問題上，胡主張他美國老師杜威的實驗主義，實行一點一滴的社會改良，反對陳獨秀、李大釗接受的馬克思主義——通過階級斗爭和社會革命，從根本上改變社會制度。新文化陣營終于發生分裂。

1919年，《新青年》采取輪流編輯制，陳獨秀仍為總負責。5月，在陳獨秀支持下，李大釗主編的6卷5號為“馬克思主義專號”(因故推到9月出版)，集中宣傳馬克思主義和俄國十月革命及蘇維埃制度，引起胡適的不滿。于是胡首先在《每周評論》上發表《多研究些問題，少談些主義》一文，挑起“問題與主義”的論戰，反對馬克思主義。李大釗應戰，發表致胡適的公開信《再論問題和主義》，批駁胡適的觀點，指出：“我們的社會運動，一方面固然要研究實際的問題，一方面也要宣傳理想的主義。”聲明：“我是喜歡談談布爾扎維主義的。……我總覺得布爾扎維主義的流行，實在是世界文化上的一大變動。”

接著，雙方又發表多篇文章，爭論頗為激烈。這時陳獨秀正在獄中，沒有參加這場爭論。

10月5日，陳獨秀在胡適寓所召開《新青年》編輯部會議，試圖彌合裂縫。會前，胡適對沈尹默等人說：“《新青年》由我一個人來編。”反對大家輪流編輯，企圖獨霸編輯權，以壟斷編輯思想。魯迅則說：“也不要你一人編。《新青年》是仲甫帶來的，現在仍舊還給仲甫，讓仲甫一人去編吧！”于是，會議決定，《新青年》自7卷1號起，仍由陳獨秀一人主編。1920年2月到上海時，陳又將其帶到上海。

但是，由于陳獨秀到上海后全面接受馬克思主義，并開始籌建中國共產黨，《新青年》也隨著完全“赤化”。5月出版的7卷6號是“勞動節專號”，8卷1號起，又開始變成共產黨的機關報。陳獨秀估計到北京同人必有異議，就在4月26日即“勞動節專號”出版前，致函李大釗、胡適等12人，征求《新青年》今后怎么辦？他提出：是否接續出版？編輯人問題：(一)由在京諸人輪流擔任；(二)由在京一人擔任；(三)由弟在滬擔任。此舉顯然沒有抓住問題的關鍵——思想分歧。因此北京的成員都沒有表態。實際上胡適等人對撰稿開始怠工。

另一方面，在上海，《新青年》成為共產黨機關報后，撰稿和編輯的基本力量也被上海黨的發起組所取代。但陳獨秀還想拉住胡適等人。8月2日，8卷1號稿湊齊時，他又致函胡適，望其為2號供稿，并點題說：“我近來覺得中國人的思想是萬國虛無主義——原有的老子說，印度空觀，歐洲形而上學及無政府主義——底總匯，世界無比。《新青年》以后應該對此病根下總攻擊。這攻擊老子學說及形而上學的司令非請吾兄擔任不可。”但胡適未予理睬，繼續怠工，逼得陳獨秀正式吸收上海發起組成員加入編輯部。12月1日，《新青年》8卷4號出版后，他寫信給北京同人，報告現在編輯部新加入沈雁冰、李達、李漢俊，主要編輯工作仍由陳望道負責。

但這時陳獨秀還望維持與北京同人的聯系，以期結成統一戰線。12月16日在他赴廣州時再次致函胡適、高一涵，說：“《新青年》色彩過于鮮明，弟近亦不以為然。陳望道君亦主張稍改變內容，以后仍以趨重哲學文學為是，但如此辦法，非北京同人多作文章不可。近幾冊內容稍稍與前不同，京中同人來文太少也是一個重大原因。”信末提到：“南方頗傳適之兄與孟和兄與研究系接近，且有惡評……我盼望諸君宜注意此事。”

一石激起千層浪。北京對這兩封信不再沉默，立即作出各種強烈反應。胡適在接到1日信后即要每人傳閱，并提示《新青年》已不準郵寄；接到第二封信后，他大不滿意，回信答辯與研究系首領梁啟超等近年思想見解一直相左，頗怪陳獨秀竟相信謠傳。

接著，北京同人開會。1921年1月3日，胡適即把各人意見歸納后復函陳獨秀：解決《新青年》“色彩過于鮮明”的辦法有三：(一)聽任《新青年》流為一種特別色彩之雜志，而另創一個哲學文學的雜志。(二)移北京，并發表聲明“不談政治”。(三)停辦。

陳獨秀接信后很生氣，立即復信，對胡主張“移回北京而宣言不談政治”極為不滿；認為胡提議“另辦一雜志”的主張是“反對他個人”，聲明胡如另起爐灶，“此事與《新青年》無關”。

胡適見信后，頗感委屈，認為“獨秀答書頗多誤解”，“我并不反對他個人，亦不反對《新青年》”。因陳生氣，他表示很愿取消“宣言不談政治之說”，取消“另辦一雜志”的主張，單提出“移回北京編輯”一法，并以趨重哲學文學為是。他并抱怨《新青年》，“此時在素不相識的人手里”，“差不多成了《SovivetRussia》(即《蘇維埃俄羅斯》——引者)的漢譯本”。于是，北京同人又開會表決。1月26日胡適整理表決結果：

贊成移北京編輯者：慰慈、一涵、守常；

贊成北京編輯，但不必強求，可任它分裂成兩個雜志，也不必爭《新青年》這個名目：豫才、啟明、玄同；

贊成移北京，如實不能則停辦，萬不可分為兩個雜志，致破壞《新青年》精神之團結：撫和、孟和。

至此，新文化陣營終于四分五裂。

胡適明確表示，他爭執的不是何地何人編輯，而是辦報方針。當時他寄給陳望道一張明信片，表示：“我不是反對你編輯《新青年》，而是反對你把《新青年》作宣傳共產主義之用。”陳望道亦旗幟鮮明地向周氏兄弟表示：“我是一個不信實驗主義的人，對于招牌，無意留戀。不過適之先生的態度，我卻敢斷定說，不能信任”；“辦《新青年》不能靠胡適。”

由此可見雙方分歧之深刻，分裂已是不可挽回之勢。陳獨秀被迫接受這個現實，2月15日致函胡適：“現在《新青年》已被封禁，非移粵不能出版，移京已不成問題了。你們另外辦一個報，我十分贊成。……但我卻沒有工夫幫助文章。而且在北京出版，我也不宜作文章。”從此，《新青年》作為中共機關刊物的地位，就完全確立起來。

陳獨秀重感情而留戀昨天，同時又趨理智而追求真理，向往明天。這種難以兩全的困擾，使他以后與胡適等人的友誼，鍍上了奇特的色彩。

《新青年》風波平息后，陳獨秀與胡適的思想矛盾沒有解決。這實質上是無產階級共產黨與資產階級民主派之間的矛盾，因此也不可能解決。但是由于二人在新文化運動中結下了深厚友誼，于是二人以后的關系發展，呈現出一條奇特的軌跡：政治思想上不斷爭吵，個人生活和某些工作上互相關心與幫助。

由于政治思想上的分歧，胡適對陳獨秀等宣傳馬克思主義、組織共產黨總是耿耿于懷。經過約1年多醞釀，他終于在1922年5月創辦起“另一刊物”——《努力》周刊。但他卻不遵守“不談政治”的諾言。當有人勸他全力教書、著書，不要辦報時，他表示不能放棄“言論的沖動”；“寧可因討論話題而被封禁，被監禁，被槍斃，不要拿馬克思、克魯泡特金來替張作霖、曹錕、薛大可、葉恭綽的報紙充篇幅”；又說：“我等了兩年零八個月，中國的輿論界仍然使我大失望。一班‘新’分子天天高談基爾特社會主義與馬克思社會主義；高談‘階級戰爭’與‘贏余價值’；……他們索性把社論、時評都取消了，拿那馬克思、克魯泡特金、愛羅先珂的主張來做擋箭牌、掩眼法！”“我現在的談政治，只是實行我那‘多研究問題，少談主義’的主張。……我談政治，只是實行我的實驗主義。”

可見，他辦《努力》主要是針對馬克思主義共產黨的。因此，他在中共“二大”制定反帝反封建革命綱領后，發表了《國際的中國》一文，第一次直接攻擊中共政治綱領，完全否認帝國主義侵略中國的事實，宣揚現在“只須向###主義的一個簡單目標上做去，不必在這個時候牽涉到什么國際帝國主義的問題”。

接著，1923年1月，又因蔡元培辭職事件，陳、胡發生爭執。當時蔡因反對反動政客彭允彝出任教育總長，“不忍為同流合污之茍安”，請辭北大校長。北大師生掀起了一個驅彭挽蔡運動。陳獨秀評論說：“正告蔡校長及一般國民：革命的事業必須建設在廣大民眾積極運動的力量上面，依賴少數人消極的拆臺政策來打倒惡濁政治，未免太滑稽了，太幼稚了，而且太空想了。”陳獨秀此見確是過“左”。但胡適著文反駁時，卻對陳進行人身攻擊：“自從袁世凱以來，政府專用金錢來收買政客，十年的功夫，遂使豬仔遍于國中，而‘志士’一個名詞竟久已不見經傳了！新文化，學生運動，安那其，社會主義，共產主義……無不不可作豬仔之敲門磚！今天談安那其，明天不妨捧為政客；今天談共產主義，明天不妨作教育次長(指陳獨秀曾任廣東教育委員會委員長——引者)！在這個豬仔世界里，民眾不用談起，組織也不可靠，還應該先提倡蔡先生這種抗議的精神，提倡‘不降志，不辱身’的精神，提倡那為要做人而有所不為的犧牲精神。”

8月以后，二人又在“科學與人生觀”論戰中短兵相接。當時發生了張君勱等人為一方與丁文江等人為另一方的“科學與人生觀”的論戰。前者宣揚盲目的“自由意志”和孔孟的內心修養，認為科學不能解決人生觀的問題；后者則鼓吹科學萬能，科學能解決人生觀問題，但他們又認為人的感覺也是物質，即物質并非客觀存在，而是“覺官感觸的集合”。因此“科學派”實際上也是一種唯心論。胡適在為這場論戰的論文集寫序時，支持后者，并明確批判陳獨秀的唯物史觀，說“唯物(經濟)史觀至多只能解釋大部分的問題”，相信知識言論教育也可以“變動社會，解釋歷史，支配人生觀”。

陳獨秀也為該論文集寫序，答復胡適，指出：“唯物史觀并不是不重視思想文化宗教道德教育等心的現象之存在，惟只承認他們都是經濟的基礎上面之建筑物，而非基礎之本身”，是“一元論”，而非“多元論”。然后指出：“適之果堅持物的原因外，當有心的原因……，像這樣明白主張心物二元論，張君勱必然大搖大擺的來向適之拱手道謝！”胡適則說：“仲甫的答書，近于強辯，末段竟是誣人，使我失望。”

由此看到，陳胡矛盾，由信仰、政治領域，深入到了世界觀。不僅如此，爭論之激烈，有時還大失學者風度，發展到人身攻擊。

1924年9月，在紀念辛丑條約23周年時，陳獨秀曾撰文，改變過去徹底否定義和團的觀點，肯定其反帝的意義，“是中國民族革命史上之悲壯的序幕”。胡適立即攻擊說：“六年前作《克林德碑》那篇痛罵拳匪的大文的作者(指陳獨秀——引者)，現在也大出力頌揚拳匪了！”“這真是翻手為云，覆手為雨，我們只好叫他訟棍的行為！”——其實胡適攻擊和譏諷的恰恰是陳獨秀十分可貴的知錯必改、追求進步的精神。

二人除了利用自己掌握的輿論陣地進行論戰之外，有時相聚還當面爭吵。例如對于中國近代衰弱之原因，胡適始終不承認帝國主義侵略的罪惡，只怪中國人民愚昧落后。1925年11月，他到上海治痔，住在亞東圖書館老板汪孟鄒家。陳獨秀知道后很高興，汪的侄兒汪原放回憶說：“這位總書記有時會在夜間悄悄地來看望這位‘五四’時期的盟友。可是每次見面，總是以兩人激烈的爭吵而告終。一個講社會主義好，另一個講資本主義好；一個講馬克思主義，另一個講實用主義，各不相讓。”有一天，又爭起來，陳獨秀說：“適之，你連帝國主義都不承認嗎？”胡一下子站起來，氣急敗壞地用手杖在地板上篤篤敲著說：“仲甫，哪有帝國主義！哪有帝國主義！”接著他又強忍怒氣說：“仲甫，我有事，你坐罷！”下樓去了。陳獨秀氣呼呼坐了好一會，也走了。但過不了幾天，陳獨秀會再來，重新挑起一場爭論。

這年12月，二人為北京群眾燒毀《晨報》館的事又爭吵起來。《晨報》是梁啟超研究系為背景的報紙，對學生在“五卅”運動中的過激行動有所批評。11月29日，因北洋政府解散女師大及拖欠教師薪金問題，再次觸發###，數千民眾在天安門舉行示威，要求段祺瑞下臺。部分群眾###到宣武門，燒毀了《晨報》館。

對此，陳獨秀認為“該燒”。胡適主張“大家能容忍異己的意見與信仰，凡不承認異己者的自由的人，就不配爭自由”；攻擊陳“主張一階級專制的人已不信仰自由這個字了。……我怕的是這種不容的風氣造成之后，這個社會要變成一個更殘忍更慘酷的社會”。——對于帝國主義侵略、八國聯軍的暴行，他沒有譴責過“殘忍”和“慘酷”；對于李大釗、陳獨秀等宣傳馬克思主義，他也沒有表示“容忍”。如今對于群眾的革命運動，他卻如此嚴厲譴責，大聲疾呼。可見胡適的立場是很鮮明的。

凡此種種，充分說明了陳獨秀與胡適二人矛盾沖突的性質和廣泛深刻到何等程度。奇怪的是，盡管二人在政治思想上如此對立，友誼卻始終維持著。1921年10月、1922年9月，陳獨秀兩次在上海法租界被捕時，胡適都積極奔走營救，請蔡元培和外長顧維鈞直接與法方交涉。1932年10月陳獨秀被國民黨逮捕后，胡適雖是親國民黨的，還是參加了營救，為陳聘辯護律師。陳坐牢后，胡經常去看望他，送物、送書，關心其生活，并為出版陳的文字學著作而奔走。1937年8月抗戰爆發后，為提前釋放陳獨秀，胡適也出了力。

陳獨秀也是如此，與陳望道不靠胡適辦《新青年》的情緒相反，陳仍向胡約稿。甚至1924年團中央機關報《中國青年》出“反對泰戈爾專號”時，也請胡適寫一篇短文，胡適一般允應，在《努力》創刊前，還不斷把文藝稿子投《新青年》。此外，陳還求胡為張申府尋找工作，為蔡和森、瞿秋白向商務印書館推薦出版書籍等。1932年被捕入獄后，又求胡適提供獄中研究用書和紙筆等；甚至要求胡幫助解決翻譯出版《資本論》，幫助出版他的《中國文字拼音草案》，并認為中國字“實是教育普及的大障礙”，“新制拼音文字，實為當務之急”；“甚望先生(胡適——引者)能夠拿出當年提倡白話文的勇氣，登高一呼”。還勸胡從著不從政，云云，真是殷殷切切，一往情深。

1933年11月，陳獨秀還在南京獄中時，胡適匆匆路過南京而未能去“奉看”。陳得知后十分生氣，致函汪原放表示要與胡絕交：“不錯，他很忙。我知道他在此間即和一班達官貴人拜會吃酒，已經夠忙了。”但又說：“君子絕交不出惡聲也。我和他僅僅友誼關系，其他一切不必談。他現在既不以友誼態度待我，不過舊朋友當中又失了一個，如此而已。”——這時的陳獨秀夠可憐的，頗有剃頭挑子一頭熱的味道。但不久，陳又忽發愿要作太平天國史的研究，得知羅爾綱有一部書稿交亞東圖書館，陳借來閱后頗贊賞。因當時羅正從學胡適，他便要汪轉告胡適，要請羅到南京來談一談。胡適得知后笑對汪說：“仲甫是有政治偏見的，他研究不得太平天國，還是讓爾綱研究吧！”

就這樣，二人這種奇特的友誼，一直維持到1942年陳獨秀逝世。

實際上，這種奇特的關系是20—40年代中國歷史時代的產物，是社會主義者與資產階級自由主義者在認識和改造世界問題上，世界觀方法論同中有異、異中有同的現象反映。在對待北洋和國民黨政府的反動###統治上，二者都有不滿而向往###，這是相同的，但陳主張社會革命，胡主張批評改良。在救亡圖存問題上，二人都是愛國主義者，但陳先強調克服國民落后性，后強調反抗帝國主義侵略，胡則停留在譴責國民落后性上。“七七”事變后，面對祖國淪亡的危機，愛國主義又把二人聯系起來。