關于上海戰役指揮問題，有人認為陳毅參加了具體指揮。主要依據是：此時陳毅已被任命為第三野戰軍司令員兼政委，粟裕不再任代司令員兼政委，而是第三野戰軍第一副司令員兼第二副政委，加之有些戰役命令陳毅也署名，并在戰役期間作出了一些重要指示。故而認為陳毅是事實上的指揮。帥克認為，這種說法是值得商榷的。

首先，對一場戰役的指揮，通常包括戰前的戰役籌劃、戰時的實時指揮控制等。而根據中央軍委和總前委的指示，上海戰役主要由三野前指負責組織籌劃和指揮（粟裕一直任三野前委書記）。當時，陳毅和鄧小平、饒漱石等則一直坐陣于丹陽，以總前委的名義實施戰略層面上的統籌指揮。

粟裕和參謀長張震是于1949年5月7日將圍攻上海的作戰部署呈報給中央軍委和總前委的。中央軍委于8日復電同意。同日，粟裕即率三野指揮機關進駐蘇州。10日，發出《第三野戰軍淞滬戰役作戰命令》。12日，上海戰役正式打響。

針對上海戰役外圍戰斗打得激烈殘酷，傷亡較大的實際，粟裕和張震于16日給部隊發了一道關于攻擊永久設防陣地的戰術指示，指出敵守備特點及我應采取的對策，各攻擊部隊據此調整部署改變打法，加快了攻堅步伐。

5月21日，以三野司令員兼政委陳毅、副司令員兼第二副政委粟裕、第一副政委譚震林、參謀長張震的名義，下達了對上海的總攻擊令。此時陳毅和譚震林兩人分別在丹陽和杭州。實際上是由粟裕、張震起草下達的命令。中央軍委于22日復電同意粟裕的攻擊命令。

在戰役期間，陳毅和饒漱石等一直在丹陽，主要是籌劃上海市接管等有關事宜。據《陳毅傳》和《陳毅年譜》記載，陳毅和饒漱石是于5月25日從丹陽乘火車先到的蘇州，26日晚抵達上海的。此時，上海戰役已基本結束，主要是和守將劉昌義的談判問題（此時湯恩伯已逃）。在戰役的后期，陳毅曾于23日給有的軍長打過電話，要求他們“注意軍政全勝，盡量減少上海人民的損失”。陳毅的這些指示，嚴格來講，只能算是戰場上的指示要求，算不上具體的指揮。

再看《粟裕軍事文集》，上海戰役期間關于對上對下的作戰往來電報，主要是他和張震與中央軍委及各部隊之間的往來電報，每封電報同時報總前委。據《第三野戰軍京滬杭戰役陣中日記》記載：僅5月25日一天之內，粟裕就對9、10兩兵團的作戰發出3次具體指示。

綜上，上海戰役的具體組織指揮是清楚明確的，那就是在中央軍委和總前委的統一領導下，由三野前委書記、副司令員粟裕和參謀長張震具體負責指揮的。

上海戰役結束的第二天，即28日下午2時，陳毅以上海市首任市長的身份，率領軍管會所屬軍事、政治、財經、文教等各接管委員會的主要干部，走向了市府大廈，正式接管市政府。上海從此開啟了新的一頁。