1949年5月，關麟征接到通知，讓他做好將中央陸軍軍官學校（原黃埔軍校）遷往臺灣的準備。關麟征大驚失色，連忙給蔣介石發去電報，講了幾個不能遷移的原因，老蔣看后不置可否，搬遷一事暫時緩了下來。

關麟征不愿將軍校遷去臺灣的主要原因是，他和時任國民黨臺灣省主席的陳誠勢同水火，彼此看對方如仇寇。

本來，關麟征在蔣軍的黃埔一期將領中，是頭幾人的存在，他是繼胡宗南這個“天子門生”之后，第二個當軍團長、集團軍總司令的人。關麟征又比胡宗南會打仗，所以不少人都看好他，認為他會取代胡宗南，成為蔣軍中的“黃埔第一人”。

右二：關麟征

關麟征和國民黨元老何應欽走的比較近，而這也引起了老蔣對這個昔日愛將的猜忌。

1943年，54軍軍長黃維因為軍糧質量差，一氣之下寄了一袋發霉的軍糧到軍政部長何應欽的辦公室。何應欽見一個軍長敢對自己如此，勃然大怒，派人調查。54軍隸屬關麟征的第九集團軍，但調查人員來的時候，關麟征采取作壁上觀，并未替黃維說話。原來，54軍在陳誠的“土木系”集團中，是僅次于18軍的主力。和陳誠仇怨很大的關麟征，想借著“軍糧事件”擠走黃維，進而吞并54軍。

黃維是個直脾氣，不會討好調查人員，調查的“結果”自然不好。陳誠得知后，去找老蔣求情，老蔣礙于何應欽的面子，最終以和稀泥的手法，將黃維調任軍委會任中將高參。

在黃維調離后，關麟征派張耀明去54軍任軍長，試圖讓該軍脫離“土木系”。張耀明既是關麟征的黃埔一期同學，也是陜西老鄉，私交極好，是關麟征這個小集團中的二號人物。

杜聿明知道陳誠的手腕，曾勸關麟征適可而止，因為54軍是“土木系”的臺柱子部隊，想強行吞并不僅難辦，而且會徹底惹怒陳誠。關麟征把桌子一拍說：“我就是要吃掉陳誠的基本部隊。”

官司打到老蔣那里后，老蔣肯定是偏向“干女婿”陳誠（陳誠的妻子譚祥，是蔣介石、宋美齡的干女兒）。54軍被劃出關麟征的第九集團軍序列，暫由十一集團軍總司令宋希濂指揮，不久后又劃入霍揆彰的二十集團軍。黃維走后，空出來的軍長，由十八軍軍長方天接任（方天走后，十八軍軍長由副軍長羅廣文升任）。為了安撫方天，又給了他二十集團軍副總司令的頭銜。

這次爭斗，讓關麟征的如意算盤落空，造成的后果是嚴重的，除了和陳誠的關系再無和好的可能外，由于此事何應欽深度參與，對何應欽向來有戒心的老蔣，對關麟征也有了極深的成見。

1944年底，何應欽丟掉了把持十四年之久的軍政部長職務，由陳誠接任。這樣一來，關麟征的日子就不好過了。不久后，在昆明組建陸軍總司令部，下設四個方面軍（盧漢、張發奎、湯恩伯、王耀武分任總司令）及昆明防守司令部（總司令杜聿明）等機構。

這次人事調整，關麟征受到冷遇，僅掛名第一方面軍副總司令。對比王耀武、杜聿明差距明顯，這兩人當軍長時，關麟征就已經是集團軍總司令了，而風水輪流轉，關麟征原地踏步，這兩人的職務卻超過了他。這背后，自然和陳誠脫不了干系，只要陳誠在軍政部長位置上一天，關麟征就絕難出頭。

陳誠和妻子譚祥

抗戰勝利后，一度風傳要派關麟征去東北任保安司令。不料任命下來時，卻是杜聿明，這讓關麟征一肚子火。

1946年，關麟征調任中央陸軍軍官學校教育長（校長由老蔣兼任），第二年，老蔣不再兼任各學校的校長，關麟征接任校長，他成為黃埔軍校歷史上的第二任校長。

國民黨軍事機構改革，白崇禧任“國防部長”、陳誠任“參謀總長”，原軍委會取消。改革后的軍事體系中，“參謀總長”的權力大于“國防部長”，直接對老蔣負責，屬于國軍中“一人之下萬人之上”的角色。陳誠是個睚眥必究的人，他掌握大權后，關麟征再未實際指揮過部隊。

1948年，屢戰屢敗的陳誠成為眾矢之的，不得不辭去參謀總長、海軍總司令等要職，躲在上海養病避風頭。陳誠離開后，接任參謀總長的顧祝同和關麟征關系尚可，所以給了他一個陸軍副總司令的頭銜，但并不負責陸軍司令部的任何事務，管的還是軍校。

1949年1月，老蔣下野，代總統李宗仁想讓關麟征取代顧祝同擔任參謀總長，老蔣得知后大怒，將關麟征召到溪口訓斥了一番，罵完后，又以安撫的語氣承諾讓關麟征擔任陸軍總司令。

關麟征回到成都不久，陸軍總司令的任命發表了，但不是他，而是粵軍元老張發奎。關麟征清楚自己被耍了，氣憤不已。

渡江戰役后，國民黨兵敗如山倒，一直想把手插到黃埔軍校的陳誠，向老蔣建議把軍校遷到臺灣。老蔣同意了，但遭到關麟征的抵制，忙于指揮作戰的老蔣也沒有再多干涉，遷移的事不了了之。

到了8月，眼見解放軍就要挺進大西南了，老蔣急了，指令關麟征把軍校遷移到云南大理、姚安等處。同時，為了補充兵力不足，老蔣下令軍校組織成立6個教導團補充兵員。

早在1947年，關麟征就向老蔣提出，成立幾個教導團，但對關麟征有猜忌的老蔣，否決了這個提議。此時，缺兵少將的老蔣，才又想起成立教導團，關麟征氣憤的說：“老頭子生怕我擴充實力，現在要成立已經太晚了。”

關麟征也不愿意把軍校遷到云南，所以依舊采取拖延戰術。

關麟征

老蔣乘飛機往返于廣州、成都、臺灣等地，有一次，他到臺北后，陳誠來見，再次提出把黃埔軍校遷到臺灣。老蔣聽后，給關麟征發去電報，讓他速來臺灣一趟。

關麟征到臺灣后，卻不愿意去臺北，滯留高雄，因為陳誠就在臺北。老蔣清楚關麟征和陳誠的恩怨，也了解這個學生的牛脾氣，所以難得的低姿態，去高雄見了關麟征。

見面后，老蔣告訴關麟征，說軍校遷到臺灣已經定好了，不容更改。見關麟征對到臺灣和陳誠共事有抵觸，老蔣寬慰他，說會給他安排一個職務。

這次會面，使得關麟征大為寒心，對老蔣徹底失望，也絕了他去臺灣的心思。

回到成都不久，關麟征“陸軍總司令”的任命下來了，但他一點不高興，因為稍有軍事常識的人都知道，在這種局面下，這個職務毫無意義。

關麟征不愿繼續擔任軍校校長，他先后向老蔣、李宗仁推薦了張耀明。9月初，張耀明被任命為校長，成為黃埔軍校的第三任校長。

和張耀明交接完后，關麟征也不去陸軍總司令部上任，不久后又主動提出辭呈。在成都解放前夕，關麟征帶著家人飛去了香港。飛機本來是從香港轉機去臺灣的，在香港臨時停靠時，關麟征和家人悄然離開。