Alphafold橫空出世,差點摧毀結構生物學
在蛋白質結構預測領域,有個非常著名的比賽叫做“結構預測關鍵評估競賽”(Critical Assessment of Structure Prediction,英文縮寫是CASP)。其實早在2018年的時候,AlphaFold第1代軟件就已經參加了比賽,當時他們拿到了第一名。但是因為和第二名戴維·貝克研究組的軟件RoseTTA Fold差距并不是太大,所以并沒有引來太多的關注。但是到了2020年第14屆關鍵評估比賽上,AlphaFold第2代軟件以不可阻擋的姿態橫掃所有其他對手,單個蛋白質的預測結果和實際實驗結果之間的吻合度高達92.4%。更關鍵的是,這個軟件在極短的時間內,先后完成了100萬個和2億個蛋白質結構的預測解析,讓人們第一次意識到計算真的有可能取代結構實驗。
更加橫掃的是在2024年,DeepMind小組發布了AlphaFold第3代軟件。這一次他們的結構預測范圍進一步涵蓋了蛋白質、核酸、還有小分子,更解決了以前所有預測軟件都無能為力的生物分子之間的相互識別問題。一時之間不只是科學界,整個產業界都開始為之瘋狂。
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