袁世凱大軍壓境時，國民黨內部還在吵打不打的問題。迫于無奈中山先生以個人名義致電廣東都督胡漢民要求宣布獨立。胡漢民卻回電稱時機尚未成熟，孫中山于是決定親自前往廣州主持軍事行動，因遭眾人阻攔才未去成。隨后，中山先生又命陳其美在上海宣布獨立，陳其美卻以上海沒有海軍支持為由，拒絕獨立。

這時不僅國民黨總部意見不一，下屬省份更是亂作一團。廣東陳炯明不聽胡漢民指揮，龍濟光、張我權等人還偷偷向袁世凱示好。江蘇都督程德全、湖南都督譚延闿、福建都督孫道仁，均持觀望態度，意圖很明顯，就是等局勢明朗后再出手，哪方勝支持哪方。

在二次革命爆發前，袁世凱慣用分化對手的策略。1913年6月9日，他下令免去江西都督李烈鈞的職務；6月14日，又將廣東都督胡漢民調任西藏，任命陳炯明為廣東都督，企圖借此瓦解國民政府內部的團結。出人意料的是，李烈鈞竟接受了免職命令，并將江西部隊撤回；胡漢民也同意前往西藏任職。袁世凱面對如此順利的局面，反倒心生疑慮，懷疑這是國民黨的緩兵之計。但在確定國民黨并無反擊決心后，袁世凱立即兵分兩路：第一軍軍長段芝貴進攻湖北、江西；第二軍軍長馮國璋南下攻打南京。

此時國民黨才意識到，無論如何妥協，都無法保留自身的合法地位，遲早會被北洋軍吞并。于是，李烈鈞就任江西討袁軍總司令，痛斥袁世凱 “乘時竊柄，帝制自為，滅絕人道，暗殺元勛，擅借外債，殘民以逞”。7月12日，江西宣布獨立；15日，江蘇宣布獨立；18日，安徽、廣東宣布獨立；20日，福建宣布獨立；22日，上海國民黨方面組織討袁軍向北洋軍發起進攻。

別看各省都在宣布獨立，這里面有一個很大的問題，那就是各省份宣布獨立的時間不一，這就表明各省內部意見存在很大分歧。這些省份中，既有國民黨勢力，也有非國民黨勢力，即便在國民黨內部，意見也未能統一，行動上難以協調一致。江蘇、福建和湖南三省都督，內心并不支持獨立。江蘇之所以宣布獨立，是黃興親自推動的結果；福建都督孫道仁則是在第十四師師長許崇智的武力逼迫下才宣布獨立；湖南都督譚延闿因國民黨在湖南占據優勢，不得已宣布獨立。

在實際戰斗中，最先宣布獨立的江西和江蘇，也是最早失敗的省份。7月25日，湖口失守；8月18日，南昌被放棄，江西軍隊全面瓦解。黃興抵達江蘇時，江蘇都督程德全棄職逃離，軍隊士氣低落，不聽指揮，軍餉也長期拖欠。7月29日，江蘇戰場全面失利。

安徽的局勢更為混亂。江西、江蘇宣布獨立時，安徽都督柏文蔚正在南京出差，安徽第一師師長胡萬泰趁機宣布獨立，并自任安徽都督。但不久后，胡萬泰就被憲兵營營長祁耿寰趕走，祁耿寰隨即自稱都督。眼見江西、江蘇獨立失敗，祁耿寰擔心成為替罪羊，便將都督之位讓給了劉國棟。然而，柏文蔚出差歸來后，劉國棟自知不敵，匆匆逃走，柏文蔚重新擔任安徽都督。但柏文蔚尚未站穩腳跟，胡萬泰又卷土重來，擊敗柏文蔚，再度成為安徽都督，并宣布取消獨立，向袁世凱投降。8月28日，安徽被北洋軍占領。

在短時間內，國民黨的軍事力量被北洋軍徹底擊敗，孫中山、黃興等主要領導人被迫逃亡日本，再次過上了流亡生活。