1949年2月24日，吳稚暉乘專機(jī)到臺(tái)灣，這時(shí)他已85歲了，身體每況愈下，1950年夏游阿里山鬧了一場(chǎng)大病，蔣介石將他從臺(tái)北接到陽明山，養(yǎng)病避暑。

吳稚暉是蔣介石眼中的“黨國(guó)瑰寶”。1926年7月9日，北伐軍誓師北伐，吳稚暉代表國(guó)民黨中央將黨旗、國(guó)旗授于蔣介石，這時(shí)吳在國(guó)民黨內(nèi)身兼幾個(gè)委員會(huì)的委員，從此他開始公開地投靠蔣介石，為他當(dāng)軍師，搖旗吶喊。當(dāng)時(shí)就有人罵他:“如家狗，誰投以肉骨，即為誰而吠”。尤其是在蔣介石發(fā)動(dòng)的“四·一二”反革命政變中，吳稚暉更是秉蔣的旨意，一馬當(dāng)先充當(dāng)反共急先鋒。

1927年4月2日，吳稚暉在《呈國(guó)民黨中央監(jiān)察委員會(huì)文》中，首先公開出面提出“清黨”。這在國(guó)民黨右派看來，是干了一件轟轟烈烈的大事，因?yàn)檫@正是蔣介石叛變革命所不可缺少的輿論準(zhǔn)備。

4月9日，吳稚暉又與中央監(jiān)察委員會(huì)鄧擇如等聯(lián)名發(fā)出《護(hù)黨救國(guó)通電》，叫嚷：“望我全體同志，念黨國(guó)之危機(jī)，凜危之之無日，被發(fā)纓冠，共圖匡濟(jì)，扶危定傾，在此一舉了。”蔣、吳一唱一和，叛變革命的政治準(zhǔn)備完成了最后一道手續(xù)，第三天——4月12日，大屠殺開始了。

上述的“呈文”和通電，都是由吳稚暉親筆起草的。這些文件，為蔣介石發(fā)動(dòng)“四·一二”政變作了充分的輿論準(zhǔn)備。這個(gè)過去鼓吹無政府主義最起勁的吳稚暉，已經(jīng)成為蔣介石“清黨”“分共”最積極的走卒。

“四·一二”政變后，蔣介石委任吳稚暉為總司令部政治都主任，吳受寵若驚，欣然上任。1929年冬，馮玉祥發(fā)給他一個(gè)電報(bào)，說：“如有人罵先生：蒼髯老賊，皓首匹夫，不惜以黨國(guó)元老為獨(dú)夫作奴才，死后有何面目見先總理于地下，先生將何以自解?”

此后，吳稚暉更是死心塌地地追隨蔣介石，為其獨(dú)裁統(tǒng)治效勞，歷任國(guó)民政府教育部國(guó)語統(tǒng)一籌備委員會(huì)主席，國(guó)話推行委員會(huì)主任委員，建設(shè)委員會(huì)常務(wù)委員，史學(xué)研究會(huì)常務(wù)委員，國(guó)民黨中央政治委員會(huì)委員，國(guó)民黨中央國(guó)防最高會(huì)議常務(wù)委員，國(guó)防最高委員會(huì)常務(wù)委員，國(guó)民黨中央監(jiān)察委員會(huì)常務(wù)委員，偽國(guó)大主席等職，是蔣介石的主要支持者之一。

除了在政治上堅(jiān)定追隨蔣介石之外，吳稚暉在大陸還曾為統(tǒng)一中國(guó)語音，達(dá)到“書同文”“字同音”作過努力。早在1912年他就出任國(guó)語統(tǒng)一會(huì)會(huì)長(zhǎng)，1913年在廣州召集各地文化教育部門的官員開會(huì)以統(tǒng)一語音，會(huì)上爭(zhēng)論相當(dāng)激烈，南腔北調(diào)，人人都想以自己的發(fā)音為標(biāo)準(zhǔn)音，人人都想成為造字之“倉頡”。最后經(jīng)過協(xié)調(diào)統(tǒng)一制訂了一個(gè)語音規(guī)則，于1918年編訂了一本《注音字典》。這便是國(guó)民黨所謂官話的發(fā)音標(biāo)準(zhǔn)。但當(dāng)時(shí)軍閥割據(jù)，政令不一，各地軍閥對(duì)此注音并不重視，再加政局動(dòng)蕩，戰(zhàn)火不斷，推廣語言的工作根本無法進(jìn)行，盡管吳稚暉為此花了不少精力，但實(shí)際上收效甚微。

1951年夏，吳稚暉再度上陽明山避暑，住在一棟日式平房里，房子居于濃林深處，傍溪構(gòu)造，風(fēng)景十分優(yōu)美。吳稚暉每天一般在林中溪邊或坐或遛，與來訪者談?wù)勗挘蛘咦约嚎袋c(diǎn)書。每天吃飯以饅頭、青菜、豆腐、雞蛋、牛奶類為主，生硬油膩的食物早已多年不敢沾口了。

1952年4月，吳稚暉因腺腫大，小便時(shí)有不通，到6月25日晚，小便猝然不通，尿毒微侵兩腎，第二天轉(zhuǎn)到臺(tái)北大學(xué)附屬醫(yī)院治療。1953年春留住醫(yī)院，病勢(shì)漸輕，5月吳稚暉妻子去世。9月吳稚暉尿毒侵兩腎，心臟轉(zhuǎn)趨衰弱，飲食銳減。10月30日下午故去，終年89歲。

11月3日，以蔣經(jīng)國(guó)為首的治喪委員會(huì)按吳稚暉遺囑，將其遺體火化，12月1日在金門島海葬，以盡量靠近大陸。

吳稚暉身為國(guó)民黨元老，一生以擁蔣反共而著稱。凡是與蔣介石作對(duì)者，吳稚暉總要跳出來罵一番，特別是與蔣介石爭(zhēng)奪領(lǐng)袖的主要對(duì)手胡漢民、汪精衛(wèi)一派更是常常被他罵得狗血噴頭，故吳稚暉在國(guó)民黨內(nèi)落下了“瘋狗”的綽號(hào)。同時(shí)吳稚暉還是個(gè)狂熱的反共分子，一生發(fā)表無數(shù)惡毒攻擊共產(chǎn)黨、共產(chǎn)主義的反動(dòng)言論。他還揚(yáng)言，如果共產(chǎn)黨勝利了，他就要為國(guó)民黨殉葬。然而，言猶在耳，在人民解放軍進(jìn)軍江南時(shí)，他卻食言而肥，逃之夭夭。

袁云慶為吳稚暉夫人，雖不識(shí)字，卻賢淑擅理家事。她有潔癖，難適吳之性格。六十歲定居上海，吳赴臺(tái)未隨。一女未嫁，一子娶李筱梅，無嗣。