企業在申請AEO高級認證過程中，在內部流程與制度建設方面常遇到以下難點：

1、內部控制流程方面

單證復核與保管難題：企業可能存在單證復核走過場、不認真或不到位的情況，導致單證出問題被稽查或緝私。同時，對于認證所需的書面或電子資料，不能按照規定妥善保存，影響認證審核。例如，部分企業未明確單證復核的責任人和具體流程，使得復核工作流于形式；在單證保管上，缺乏完善的存儲和管理機制，容易造成單證丟失或損壞。

禁止類產品合規審查困難：除兩用物項企業外，大部分企業禁止類產品較少，但不清楚如何處理以及在什么時間節點進行審核。這使得企業在面對相關產品時，無法準確判斷其合規性，增加了認證風險。

2、信息化系統建設方面

系統認知與功能理解偏差：很多企業對信息化系統存在誤解，不清楚到底需要哪些信息化系統以及其具體功能。比如，有的企業認為有加工貿易系統或單一窗口就可以滿足關務系統要求，但實際上這些系統可能無法完全滿足AEO高級認證對關務系統的功能需求，導致企業在申請過程中因系統不符合要求而受阻。不妨了解一下立刻云國際物流管理系統，該系統支持海關AEO高級認證：1）可記錄、可追溯、可查詢（（1）通關狀態自動回傳（2）操作時間節點記錄（3）云端存儲隨附單據（4）異常狀態實時展示（5）申報歷史數據記錄 2）可分析、可預警（（1）列表統計導出分析（2）料件庫HS編碼管理（3）審單校驗規則提醒（4）AB證的涉證預警（5）結關時效顏色預警）

系統集成與數據對接問題：企業可能擁有多個不同的信息系統，但這些系統之間缺乏有效的集成和數據對接，無法實現信息的共享和流通。例如，關務系統與財務系統、倉儲系統等的數據無法實時同步，影響了企業對進出口活動的整體管理和監控，也給海關審核帶來了困難。

3、內部審計制度建設方面

審計制度不完善：企業沒有建立完善的內部審計制度，包括制度、計劃、審計小組的建立、審計程序、審計內容分配、報告結束會議、規范改進、驗證效果等環節。這使得企業無法按照認證標準進行全面、有效的內部審計，難以發現自身存在的問題并及時改進。

審計執行不到位：即使企業開展了內部審計或委托第三方進行審計，也往往只是表面應付，無法真正查出問題。審計人員可能缺乏專業的關務知識和審計技能，或者審計過程中受到各種因素的干擾，導致審計結果不準確，無法為企業提供有效的改進依據，也為企業埋下了潛在的風險隱患。

4、人員管理與培訓制度建設方面

人員職責分工不明確：在申請AEO高級認證過程中，涉及多個部門的協同工作，但企業可能存在人員職責分工不明確的問題。各部門之間缺乏有效的溝通和協作，導致工作銜接不暢，影響了認證工作的順利進行。例如，在單證處理、進出口業務操作等環節，可能出現職責不清、互相推諉的情況。

培訓體系不健全：企業缺乏系統的培訓體系，對員工的培訓內容缺乏針對性和實用性。員工對AEO高級認證的標準和要求了解不足，無法在實際工作中按照認證要求執行。例如，海關業務培訓、貿易安全培訓等沒有覆蓋到所有相關人員，或者培訓方式單一，效果不佳。

5、商業伙伴安全管理流程方面

評估標準不明確：對于商業伙伴的安全評估，企業可能沒有明確的評估標準和流程。在對供應商、客戶等商業伙伴進行評估時，無法準確判斷其是否符合認證要求，從而可能引入潛在的風險。例如，對商業伙伴的背景調查不夠深入，對其貿易安全措施的了解不夠全面。

監控與管理機制缺失：企業缺乏對商業伙伴的定期監控和管理機制，不能及時發現商業伙伴在貿易安全方面出現的問題。一旦商業伙伴出現問題，可能會對企業的認證資格產生負面影響。例如，沒有建立對商業伙伴的定期回訪制度，對其進出口活動的合規性缺乏有效的監督。