2002年，劉源被任命為解放軍總后勤部副政委。上任不久后，劉源便碰上了大裁軍，他的任務是裁減總后勤部所屬的4所院校。

這4所院校是解放軍第一軍醫大學、軍需大學、第四軍醫大學吉林軍醫學院和第三軍醫大學成都醫學院。

那時候，這些院校的許多人不愿離開部隊。對此，劉源的心里也不好受。然而，此時的總后勤部資金有限，很難支撐部隊的開支。

這是因為，國家為了發展，只好把有限的財力用在經濟建設投資上，國防開支便不得不進行壓縮。因此，總后勤部的資金就少了許多。

在這種情況下，為優化軍費配置，為軍隊購置更多尖端裝備，加快軍隊向信息化的轉型發展，把這4所院校整體移交給當地政府，就是一個很好的選擇。

2003年，經過一段時間的努力后，劉源終于做通了這些院校人員的思想工作，同意劃歸到地方上。

直到此時，解放軍總后勤部才最終決定，將所屬的解放軍第一軍醫大學整體移交給廣東省。

8月4日，在解放軍第一軍醫大學移交廣東省管理的交接儀式上，劉源將第一軍醫大學比作“女兒”。

在移交時，劉源握著廣東省省長黃華華的手，懷著激動和擔憂的復雜情緒，對他說：“我‘女兒’嫁到你家了，你要好好對她！”

看得出來，劉源對第一軍醫大學是有感情的，也是當做自己的女兒一樣看待的。

聽了劉源的話，黃華華懷著復雜的心情，點了點頭。那一刻，黃華華也仿佛成為第一軍醫大學的“公公”。

2004年8月24日，解放軍第一軍醫大學開始轉隸移交廣東地方辦學，整體退出了軍隊序列，并更名為“南方醫科大學”。

當天，中共中央政治局委員、廣東省委書記張德江，中央軍委委員、總后勤部部長廖錫龍上將、總后勤部政委張文臺上將、廣東省省長黃華華等軍地雙方的領導，出席了解放軍第一軍醫大學移交暨南方醫科大學的揭牌儀式。

期間，總后勤部副部長王謙宣讀了中央軍委關于撤銷第一軍醫大學番號的命令，并與廣東省委常委、常務副省長鐘陽勝共同簽署了《第一軍醫大學移交廣東省交接紀錄》。

至此，解放軍第一軍醫大學完成了轉身。此后，廣東給南方醫科大學投入了不小的資金和政策支持。

2006年2月，廣東省委、省人民政府作出了《關于建設中醫藥強省的決定》。在《決定》中，明確提出：

支持南方醫科大學發揮中西醫結合學科群優勢，建設一所投資主體多元、醫教研一體、國內一流水平的南方中西醫結合醫院。

在廣東地方的資金和政策支持下，南方醫科大學發展得越來越好，履行了廣東省委對劉源的承諾。

后來，南方醫科大學不僅新建了占地244.5畝的中西醫結合醫院（三級甲等），還得到了整體劃規過來的廣州郵電醫院，更是入選了第一批卓越醫生教育培養計劃項目試點高校。