審計署是國務院組成部門之一、規格級別是正部級，根據工作需要，中央審計委員會辦公室目前就設在審計署。審計署的核心職責是貫徹落實黨中央關于審計工作的方針政策和決策部署，在履行職責過程中堅持和加強黨對審計工作的集中統一領導，負責主管全國審計工作（其中包括依法領導和監督地方審計機關的業務），切實發揮審計監督作用，維護國家和人民的利益。

和其他單位部門不同的是，審計署的主要負責人稱作“審計長”，同時還設有若干名副審計長協助其開展工作，此外中央經濟責任審計工作部際聯席會議辦公室主任也是審計署領導班子成員、入選審計署黨組成員。中央紀委國家監委向審計署派駐有紀檢監察組，駐審計署紀檢監察組組長同樣是審計署黨組成員。值得一提的是，由于審計工作和紀檢工作也是密切相關的，所以現任審計署審計長同時兼任中央紀委常委一職。

而為了加強依法檢查審計決定執行情況、督促整改審計查出的問題，依法領導和監督地方審計機關的業務，組織地方審計機關實施特定項目的專項審計或審計調查，糾正或責成糾正地方審計機關違反國家規定作出的審計決定，審計署面向全國共設置了18個駐地方特派員辦事處（級別均為正廳級，特派辦數量在各部委/總局中也最多），具體分別是：

審計署京津冀特派員辦事處、審計署駐太原特派員辦事處、審計署駐沈陽特派員辦事處、審計署駐哈爾濱特派員辦事處、審計署駐上海特派員辦事處、審計署駐南京特派員辦事處、審計署駐武漢特派員辦事處、審計署駐廣州特派員辦事處、審計署駐鄭州特派員辦事處、審計署駐濟南特派員辦事處、審計署駐西安特派員辦事處、審計署駐蘭州特派員辦事處、審計署駐昆明特派員辦事處、審計署駐成都特派員辦事處、審計署駐長沙特派員辦事處、審計署駐深圳特派員辦事處、審計署駐長春特派員辦事處和審計署駐重慶特派員辦事處。

當然了，不同特派辦有不同的管轄區域，例如審計署駐沈陽特派員辦事處的審計范圍是遼寧和大連（大連是計劃單列市、所以單獨列出），審計署駐南京特派員辦事處的審計范圍是江蘇和安徽，審計署駐昆明特派員辦事處的審計范圍則是云南、貴州兩省。

在內設機構設置方面，各審計署特派辦均設有相應的辦公室、法規審理處、財政審計處、稅收征管審計處、行政事業審計處、農業審計處、資源環保審計處、固定資產投資審計處、金融審計處、企業審計處、社會保障審計處、計算機審計處、人事教育處和機關黨委。

在工作任務方面，審計署各特派辦主要根據審計署的授權，依據法律法規和審計署的規定履行以下職責，比如審計省級人民政府的預算執行情況、決算和其他財政收支，中央財政轉移支付資金；審計海關總署、國家稅務總局等中央單位駐地方分支機構或派出機構的預算執行情況和其他財政收支情況；審計中國人民銀行、國家外匯管理局駐地方分支機構的財務收支；審計中央投資和以中央投資為主的建設項目的預算執行情況和決算；審計中央國有企業、中央國有資本占控股地位或主導地位的企業的資產、負債和損益；審計中央金融機構、中央國有資本占控股地位或主導地位的金融機構駐地方分支機構的資產、負債和損益；以及其他相關審計工作。