從以伊戰爭停火到現在，以色列的實際戰爭損失一直是個謎團。以色列13頻道透露: 伊朗對以色列境內軍事設施和基地的導彈打擊造成的大部分傷亡數字和損失，至今仍然被政府要求“禁止任何報道”。以色列國防軍內部人士透露，以色列嚴重低估了伊朗的導彈威力，以至于遭受的戰爭損失超出了預期承受限度。英國媒體的報道也暗指，以色列軍方從頭至尾都在故意隱瞞戰爭損失情況。

據英國《每日電訊報》援引俄勒岡州立大學進行的衛星圖分析報道稱，在與伊朗的12天沖突中，以色列隱瞞了其五個軍事設施（包括一個主要空軍基地）被伊朗襲擊的事實。這些衛星圖片顯示，六枚伊朗導彈擊中了以色列北部、南部和中部的目標。其中包括一個以色列軍事情報中心和一個后勤基地。在短暫的沖突中，伊朗導彈襲擊了40多個以色列基礎設施。

被黑客破解的以色列“HES”網站上發現的上千名死亡人員分類列表中，包括6名以色列軍方高級將領和11名科學家。其中11名科學家被認為是以色列核研究中心（魏茨曼科學研究所）。但是外界很難想象，以色列軍方如何損失了6名高級將領。雖然有多座以色列軍事基地遭伊朗導彈襲擊，但以色列軍方堅稱他們攔截了大多數的伊朗導彈，只有28枚伊朗導彈突防成功后擊中目標。

根據以媒和遭打擊目標當地人提供的信息，以色列內瓦蒂姆空軍基地被伊朗導彈炸了，地面損失嚴重。但即便損失嚴重，也不可能一下子被炸死6名高級將領。7月7日破案了！以色列媒體當天關于以軍“影子總參謀部”的報道，打破了所有疑問。以色列《新消息報》報道稱，以色列軍方為了應對伊以沖突而組建了“影子總參謀部”，將一套平行軍事指揮班底藏在另一處地點，以確保在原有總參謀部人員遭到襲擊的情況下繼續維持指揮體系。

也就是說，以色列軍方秘密組建了一個參謀班子，并將其安置在特拉維夫市區某處地下堅固設施內。伊朗媒體此前也揭露稱，以色列通常把軍事指揮所建在公共建筑（醫院、學校等民用建筑）的地下室。以伊戰爭最后一天，伊朗彈道導彈轟炸了特拉維夫一座證券大樓，導彈貫穿證券大樓后摧毀了下面的地下室。伊朗方面事后稱摧毀以色列軍方指揮所。現在看來，特拉維夫證券大樓地下室應該就是以軍的“影子總參謀部”。