解放上海后，聶鳳智就被調到南京，擔任新成立的華東軍區軍政大學教育長。后來上任華東軍區空軍司令，參與華東軍區空軍的組建工作，這完全是趕鴨子上架。

當初中央定好一人到華東軍區擔任空軍司令，但事到臨頭羅榮桓又從北京打電話通知陳毅，那人不愿來華東，請陳毅在華東軍區自行物色人選，報予軍委批準。

陳毅聽后是一個頭、兩個大，細點了一遍華東軍區的高級將領，最后心思集中到聶鳳智身上。聶鳳智有個大大的優點：好學，好勝，做事都認真。

聽到老首長陳毅說要自己去搞空軍的話，聶鳳智一下愣住了：自己見過很多次飛機，主要是敵機，但“搞空軍”還是太遙遠、太陌生了。

聶鳳智直白地說出內心想法：“老總啊，你叫我干什么工作都可以，但這個空軍司令我真干不了。我跟空軍唯一的關系，恐怕就是挨過敵人飛機的炮彈轟炸，其他一點都不懂啊。”

而陳毅的一句話，讓聶鳳智啞口無言，乖乖學習空軍知識并走馬上任。“不懂？陸軍你就懂？你以為我不知道你是放牛娃出身？你天生就會指揮打仗、就會辦軍校？”

華東軍區空軍司令，這可是遠超后來南京軍區的超大軍區的空軍指揮官。聶鳳智不敢給陳毅打包票，只能說竭盡全力學和干。

聶鳳智在蘇聯空軍將軍那苦學了31天，并且順利通過空戰指揮的考核。負責教導聶鳳智的蘇聯將軍，給出“合格證”時，還使勁夸獎了一番：“我可以作出保證，你們中國空軍將來一定會打勝仗。”

陳毅聽后十分高興。聶鳳智心里卻是苦笑不已，自己這速成班出來的空軍司令，能有幾斤幾兩自己最清楚了。多年后聶鳳智回憶這段往事評價道：“什么‘合格’，什么保證，都是‘老大哥’急著回莫斯科‘搞’出來的。我撐死就理論合格，離實戰合格差得遠呢。”

那么聶鳳智后來是怎么到援朝戰爭，指揮空軍在敵人面前“逞威風”的？1951年3月，聶鳳智北上組建強擊機轟炸指揮部。在這的四個月前，華東軍區的空軍第四混成旅奉命北上，開赴東北，參加抗美援朝戰爭。而空混四旅的旅長，還是聶鳳智兼任的。

在此期間聶鳳智非常忙碌，先后組建多個空軍部隊，如驅逐機師、轟炸機師、殲擊機師、供應大隊、雷達營等。與此同時，他還得做好隨時抽身赴朝指揮作戰的準備。不過只是準備，并沒有打成。

聶鳳智的空戰初秀，是1952年7月的第二次北上，擔任起中朝聯合空軍代司令，后轉正。他剛到安東上任（現丹東，空聯司指揮部所在地），志愿軍總司令彭德懷就告訴他：“你來之前，聯合空軍是邊打邊建邊訓的。你來之后，就是完全的實戰階段了。”

聶鳳智的壓力不止于此，彭德懷還對空軍下達了一項明確的任務：必須積極參戰，必須堅決有效地反擊，將敵人的空中陣地往南推數百公里。這是個艱巨且嚴峻的任務。而且戰場上的多項數據表明，這是絕對劣勢跟絕對優勢之間的戰斗。

聶鳳智的首戰，借助了負責保護我方運輸線任務的蘇聯空軍：100多架敵機襲來，蘇聯空軍某部升空接戰，我軍16架飛機也升空接敵。此戰的結果是：敵機掉了5架，我機掉了6架。這個“平手戰”，也可以說是個大勝仗——畢竟雙方實力差距太大了，可是卻引起了部分同志的強烈不滿。

一開始聶鳳智難以接受，直到站在他們的立場思考：我們的飛機和飛行員太寶貴了，空軍的底子薄啊，出去16架飛機折損6架，“傷筋動骨”了啊。

聶鳳智理解并明白后，便跟空軍戰士們——其實就是飛行員開始了開誠布公的談話。他跟一位名叫王海的飛行員聊得最多，王海后來成為中國空軍的第一位英雄，也是第一代功臣。他們的交流并不像外人以為的那么流暢：王海時常提出尖銳、直接的批評和指責，聶鳳智不惱，但也不是十分干脆地全盤接受，而是你來我往地溝通，從中學習和進步。

在聶鳳智的不斷進步和飛行員們的高超飛行技藝、勇敢不怕死下，成功完成了彭德懷下達的、本不可能完成的推進任務。在其中聶鳳智領悟到的一個最重要的道理，就是將空戰的“空”，稍微變通一下成“陸”，指揮思路一下清晰起來。

不知道是哪位大人物說的，國內國外、軍內軍外都傳起來：“中國空軍最能打的就是聶鳳智。”而禍根，恐怕也是這時候埋下的。

一天，朝鮮的金日成派人到安東找聶鳳智，希望他能派空軍轟炸一次漢城，給給壓力。由于種種原因，這需要毛主席和中央的批準。可是這事在軍委空軍司令部卡住了，需要他們向中央和毛主席轉達：連續打了一天半的電話才接通。

接通電話后，控制不住怒火的聶鳳智，冷嘲熱諷講了一大堆難聽的話。這是他的一大缺點：得理不讓人，事后覺得自己講過火了又后悔。

最后，聶鳳智派出一架由女飛行員駕駛的小飛機，遠距離飛臨漢城上空，機緣巧合下又轟炸到李承晚政府的國防部長辦公大樓。漢城因此大亂，全城一個星期不敢點明火，敵機一個禮拜不敢起飛。

聶鳳智高興了，但有些人因為他說的一些話還耿耿于懷，他成了“驕傲自大、專橫跋扈、膽大妄為，在空聯司誰都不放眼里，橫掃一切”的代名詞。抗美援朝戰爭結束，這一切迎來了清算，空軍黨委開了一個星期的會，研究聶鳳智的問題。

聶鳳智作了誠懇的檢討，但他的問題被批得越來越嚴重，不是簡單的驕傲自滿問題。聶鳳智在援朝戰場的表現，沒有得到全面客觀的評價分析，其缺點錯誤被無限放大，最后被處分撤銷華東軍區空軍黨委副書記職務，并降為華東軍區空軍副司令。

這一處分決定，向整個空軍，乃至全軍通報。對此，有不少人為聶鳳智鳴不平，如南京軍區參謀長張愛萍、副參謀長王德、空聯司參謀長吳肅等等。陳毅聽說后，沉默良久說了句“這聶鳳智”。他不好插手，也不好插嘴。

這事本來還沒完結，直到彭德懷出面說公道話：“聶鳳智仗打得很好，這樣的同志說兩句話，有錯誤、有毛病可以批評嘛。功勞還是主要的，為什么還要逮捕人家嘛。”

后來聶鳳智從他人口中聽到時，不禁驚出一身冷汗：竟危急到這般。