公元1644年，闖王李自成率軍隊攻破了北京城的大門，北京城內的硝煙四起也宣告了那個存在了276年的大明王朝的覆滅。國破家亡之際，明思宗崇禎帝留下了一句“天子守國門，君王死社稷”的遺言，隨后在煤山上吊自縊，大明朝最后一位正統皇帝就此隕落。

據《明史.諸王傳》記載，崇禎帝一生共有七子，其中除了皇太子朱慈烺、定王朱慈炯、永王朱慈炤（朱慈煥）三人外，其余四個兒子全部早夭。

闖王軍隊破城之日，絕望的崇禎帝親手殺了自己的兩個女兒，但是他為了能給朱氏宗族留下一絲香火，便沒有對自己的兒子們痛下殺手。他將三個兒子叫到自己跟前，囑咐他們換上平民百姓的衣服，由貼身太監小毛子護送至北京城外。就在三子臨行之際，崇禎望著他們說道：“一旦來日有了機會，你們定要承擔復國大業。”

可惜崇禎帝美好的愿望終究化作了泡沫，他三個逃出生天的兒子并沒有承擔復國雪恥的重任，而是在甲申之變后從此銷聲匿跡，人間蒸發了。崇禎十七年四月，清軍入關。強烈的民族歸屬感與民族自豪感讓不少中原漢人生出了“反清復明”的野心。

此時人們想起了當年在甲申之變后便銷聲匿跡的三個前朝皇子，這三個皇子雖然多年來不知蹤跡，但是可以肯定的是，崇禎帝的這三個兒子的確都還活著。于是在康熙年間，全國各地發生了數十起以“朱三太子”為旗號的反清叛亂。

康熙十二年，平西王吳三桂舉兵反清，并聲稱要“扶持朱三太子上位”，此言一出全國各地的“朱三太子”們再也壓抑不住內心的狂熱，紛紛起事響應號召。其中以北京城內的大混混楊起隆最為狂熱。

康熙十二年十二月，楊起隆自稱“朱三太子”，以“反清復明”的名義勾結了北京城內的游民與八旗叛奴，組成了近千人的隊伍，這些“烏合之眾”計劃在京城內放火舉事，可最終這次“恐怖襲擊”因消息泄露而宣告破產，有數千人因此事而慘遭株連。

雖然這次恐怖襲擊被扼殺在了搖籃之中，但其主犯楊起隆卻逃出生天不知去向，于是大清朝廷將楊起隆定義為“首逆”，在全國范圍內搜捕此人。

康熙十五年，雖搜捕了楊起隆三年之久，但是清朝政府卻連楊起隆一丁點的蛛絲馬跡也沒有得到，就在眾人一籌莫展之際，在帝國陜西漢中，又一個“朱三太子”橫空出世了。

清朝迅速派兵將這股勢力圍剿，最終經過查證這個“朱三太子”是假冒的，此人是之前楊起隆的舊部，得知真相后康熙命令將其處死。

康熙十七年，在福建地區又有人以“朱三太子”的名號起兵造反了。這一次這個“朱三太子”還頗有實力，手下坐擁軍隊一萬余人，并且與身在臺灣的鄭經有所勾結。康熙十七年三月十九日，清軍以重兵將這股勢力擊敗于天寶山一代，但假冒“朱三太子”的叛軍首領蔡寅卻逃回臺灣，在此后的數年里，蔡寅配合臺灣鄭經的部隊多次襲擾清朝軍隊，給大清王朝帶來了不小的麻煩。

康熙四十八年，在浙江大嵐山等地有多股力量宣稱要擁立朱三太子起事。清廷迅速派兵將這股勢力平叛，并且捉住了首犯張念一。根據張念一的供詞，清政府在是年四月成功捉到了“真正的朱三太子”王士元。根據王士元本人供述，他是崇禎帝四子，本名朱慈煥，在甲申之亂后就四處流亡，后的王姓家主收留遂改姓王，被捕時王士元以75歲，與浙江謀反的勢力并無關系。但是最終大清朝廷仍然以“偽冒明裔”的罪名將其凌遲處死。

在此后以“朱三太子”名義四處作亂的事情時有發生，一直延續到雍正時期才漸漸平息。（如果此時朱三太子還活著，應該已經超過百歲，不符合人類壽命的常識，所以才漸漸平息）

為什么一個普普通通的前朝皇子能夠成為大清王朝八十年來揮之不去的夢魘呢？

其主要原因還是因為大清王朝一直沒有公開地承認過“朱三太子”的身份，根據史料記載，康熙四十八年被捕的王士元極有可能是真正的“朱三太子”，但是滿清朝廷為了斬草除根將其以假冒前朝皇子的罪名處死了，這也導致了廣大的人民群眾仍然認為“朱三太子”依舊存活于世，所以假冒朱三太子造反的人才會“絡繹不絕”、“前赴后繼”，一直持續到雍正時期。