2025 年 6 月 25 日,谷歌DeepMind推出了AI模型AlphaGenome。這是一款能幫助人們快速預(yù)測(cè)基因變化影響的模型,如同“觀察人類DNA的AI顯微鏡”。
一、
那么,它究竟能做什么?
想象一下,DNA就像一本寫滿生命密碼的書,而AlphaGenome就是能快速讀懂這本書的"智能翻譯官"。它能:
1.精準(zhǔn)掃描長(zhǎng)段DNA:一次能處理長(zhǎng)達(dá)100萬個(gè)堿基對(duì)的DNA序列(相當(dāng)于一口氣讀完一本厚書),還能像顯微鏡一樣,精確到單個(gè)堿基的位置。
2.預(yù)測(cè)基因的"小動(dòng)作":比如預(yù)測(cè)基因在不同細(xì)胞里什么時(shí)候"開工"(啟動(dòng)轉(zhuǎn)錄)、什么時(shí)候"收工",甚至能算出會(huì)生成多少RNA。
3.揪出突變的影響:對(duì)比正常DNA和突變后的DNA,瞬間判斷基因突變會(huì)帶來什么后果——比如是不是會(huì)導(dǎo)致RNA剪接出錯(cuò)(很多罕見病就是這么來的)。
二、
它有什么特別?
AlphaGenome的工作邏輯像搭積木:
第一步:掃描短片段
用"探測(cè)器"(卷積層)先找出DNA里的短模式,比如某些特定的堿基組合。
第二步:全局傳遞信息
用"快遞員"(轉(zhuǎn)換器)把這些短模式的信息傳遍整個(gè)DNA序列,讓AI知道不同位置的堿基怎么互相影響。
第三步:生成預(yù)測(cè)結(jié)果
最后通過多層"處理器",把這些信息轉(zhuǎn)化成具體的預(yù)測(cè),比如哪里是基因的開關(guān),哪里會(huì)發(fā)生剪接。
三、
它有什么優(yōu)勢(shì)?
相比較其他類似大模型,要么看的DNA太短,要么清晰度不夠,而AlphaGenome能一次看100萬個(gè)堿基,還能精準(zhǔn)到每個(gè)"字母",而且訓(xùn)練速度超快——只花4小時(shí),耗電還不到老模型的一半!
一口氣預(yù)測(cè)多種功能:別的模型可能只能預(yù)測(cè)某一種基因活動(dòng),它能同時(shí)預(yù)測(cè)轉(zhuǎn)錄、剪接、RNA數(shù)量等多種"模態(tài)",相當(dāng)于給基因做了個(gè)"全身檢查"。
變異評(píng)估快到飛起:一秒鐘就能分析基因突變對(duì)所有預(yù)測(cè)功能的影響,比如對(duì)比突變前后的DNA,馬上告訴你這個(gè)突變會(huì)不會(huì)搞亂基因調(diào)控。
首次破解RNA剪接密碼:能直接預(yù)測(cè)RNA剪接的位置和水平,而很多罕見病(比如脊髓性肌萎縮癥)都是因?yàn)榧艚映鲥e(cuò),這相當(dāng)于找到了病根的"偵探"。
四、
它有什么用?
AlphaGenome的出現(xiàn),可以幫助解決很多實(shí)際問題。
1.看病救人:揪出疾病背后的基因"兇手"
罕見病研究:比如囊性纖維化,它能精準(zhǔn)找到RNA剪接出錯(cuò)的位置,幫科學(xué)家找到致病突變。在白血病研究里,它還成功預(yù)測(cè)了特定突變會(huì)激活致癌基因。
復(fù)雜疾病分析:阿爾茨海默病等多基因疾病,它能分析非編碼區(qū)的變異怎么影響基因調(diào)控,解釋為什么某些人更容易生病。
找藥物靶點(diǎn):和另一款A(yù)I(AlphaMissense)聯(lián)手,能全面評(píng)估基因突變對(duì)藥物效果的影響,比如找到腫瘤里的關(guān)鍵突變,開發(fā)靶向藥。
2.合成生物學(xué):當(dāng)基因的"設(shè)計(jì)師"
定制基因開關(guān):設(shè)計(jì)只在神經(jīng)細(xì)胞里啟動(dòng)的DNA片段,用來治療神經(jīng)退行性疾病,就像給基因裝了個(gè)"細(xì)胞專屬遙控器"。
改造微生物:比如改造酵母,讓它們生產(chǎn)更多生物燃料;優(yōu)化CRISPR編輯,減少脫靶風(fēng)險(xiǎn),讓基因編輯更精準(zhǔn)。
3.基礎(chǔ)研究:解密生命的"底層代碼"
畫基因組地圖:標(biāo)記出增強(qiáng)子、啟動(dòng)子等"功能元件",比如發(fā)現(xiàn)胚胎發(fā)育時(shí)哪些基因區(qū)域在特定時(shí)間活躍。
看DNA的三維折疊:DNA不是直線,而是會(huì)折疊成復(fù)雜結(jié)構(gòu),它能預(yù)測(cè)這種折疊怎么影響基因表達(dá),就像看清楚繩子怎么打結(jié)影響功能。
4.農(nóng)業(yè):讓作物和動(dòng)物更"優(yōu)秀"
種出抗逆作物:預(yù)測(cè)啟動(dòng)子變異能不能讓水稻更耐寒、小麥更抗蟲,加速育種。
優(yōu)化畜牧品種:找到奶牛產(chǎn)奶量高、豬瘦肉多的基因調(diào)控變異,幫養(yǎng)殖場(chǎng)選種。
5.跨界應(yīng)用:從破案到環(huán)保都能用
法醫(yī)鑒定:通過DNA預(yù)測(cè)外貌特征(比如眼睛顏色),幫警察縮小嫌疑人范圍。
保護(hù)野生動(dòng)物:研究北極熊等動(dòng)物的基因變異怎么讓它們適應(yīng)環(huán)境,比如調(diào)控脂肪代謝的基因怎么讓北極熊在北極生存。
AlphaGenome就像給基因組研究裝了個(gè)"超級(jí)大腦",既能看長(zhǎng)序列、又能精準(zhǔn)到單個(gè)堿基,還能同時(shí)分析多種基因功能。從治病到種地,從實(shí)驗(yàn)室到大自然,它正在用AI的力量破解生命密碼!
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