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腸道微生態制劑，也稱為益生菌制劑，是一種含有有益微生物的補充劑，旨在幫助維持或改善腸道微生態平衡。這些微生物是腸道菌群的一部分，有助于維護腸道健康和整體身體功能。
微生態制劑分為益生菌、益生元、合生元和后生元。
益生菌是指給予一定數量的、能夠對宿主健康產生有益作用的活的微生物；
益生元是指能夠選擇性地刺激宿主腸道內一種或幾種有益菌的活性或生長繁殖，又不能被宿主消化和吸收的物質；
合生元是指益生菌與益生元制成的復合制劑；
后生元是益生菌經過人為處理后的代謝產物。
臨床上常用的腸道微生態制劑主要應用于急、慢性腸炎、腹瀉及消化道菌群失調等，如：
1. 拮抗致病菌生長，促進生理活菌生長，如地衣芽孢桿菌、蠟樣芽孢桿菌活菌等；
2. 直接補充正常生理活菌，抑制致病菌，如屎腸球菌、枯草桿菌、糞鏈球菌等；
3. 形成腸道粘膜生物屏障，如雙歧桿菌、乳酸菌素等；
4. 降低腸道 PH 值，抑制致病菌，如乳酸乳桿菌、嗜酸乳桿菌和乳酸鏈球菌等。
國內新資源食品脆弱擬桿菌BF839制劑是一種二代益生菌制劑，近年來在國內外備受關注。二代益生菌被定位為：可以干預人類疾病的腸道微生物群。二代益生菌不同于傳統的、被認可的功能有限一代益生菌。脆弱擬桿菌具有脆弱擬桿菌多糖A（PSA），調節免疫系統平衡，抑制自身免疫反應，預防和治療多發性硬化、自身免疫性腦脊髓炎等 。
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