伊犁哈薩克自治州是我國(guó)唯一既轄地區(qū)、又轄縣市的自治州，轄塔城、阿勒泰兩個(gè)地區(qū)和11個(gè)直屬縣市，共轄25個(gè)縣市。

在行政管理上，伊犁哈薩克自治州管理州直區(qū)域，管理11個(gè)縣市，不包括塔城、阿勒泰地區(qū)；塔城地區(qū)、阿勒泰地區(qū)分別管理7個(gè)縣市。

伊犁哈薩克自治州（州直）、塔城地區(qū)、阿勒泰地區(qū)分別管理若干個(gè)縣市，這是伊犁哈薩克自治州在行政管理體制上的重要特點(diǎn)。

在干部人事方面，塔城、阿勒泰兩個(gè)地區(qū)的干部任免與其他地區(qū)比較有以下幾個(gè)特點(diǎn)：

(一)有關(guān)法律規(guī)定，自治區(qū)主席、自治州州長(zhǎng)、自治縣縣長(zhǎng)由實(shí)行區(qū)域自治的民族的公民擔(dān)任；根據(jù)此規(guī)定，伊犁哈薩克自治州的州長(zhǎng)由哈薩克族干部擔(dān)任。塔城地區(qū)、阿勒泰地區(qū)是伊犁哈薩克自治州的重要組成部分，塔城地區(qū)、阿勒泰地區(qū)的行署專員均由哈薩克族干部擔(dān)任。

(二)新疆維吾爾自治區(qū)的阿克蘇地區(qū)、喀什地區(qū)、和田地區(qū)的人大工委是新疆維吾爾自治區(qū)人大常委會(huì)派出的工作機(jī)構(gòu)，這三個(gè)地區(qū)人大工委的主任、副主任、委員等由新疆維吾爾自治區(qū)人大常委會(huì)任免；塔城地區(qū)、阿勒泰地區(qū)的人大工委是伊犁哈薩克自治州人大常委會(huì)派出的工作機(jī)構(gòu)，這兩個(gè)地區(qū)人大工委的主任、副主任、委員等由伊犁哈薩克自治州人大常委會(huì)任免。

(三)新疆維吾爾自治區(qū)的阿克蘇地區(qū)、喀什地區(qū)、和田地區(qū)的政協(xié)工委是新疆維吾爾自治區(qū)政協(xié)派出的工作機(jī)構(gòu)，這三個(gè)地區(qū)政協(xié)工委的主任、副主任等由新疆維吾爾自治區(qū)政協(xié)常務(wù)委員會(huì)任免；塔城地區(qū)、阿勒泰地區(qū)的政協(xié)工委是伊犁哈薩克自治州政協(xié)派出的工作機(jī)構(gòu)，這兩個(gè)地區(qū)政協(xié)工委的主任、副主任等由伊犁哈薩克自治州政協(xié)常務(wù)委員會(huì)任免。

(四)新疆維吾爾自治區(qū)人大常委會(huì)任免阿克蘇地區(qū)、喀什地區(qū)、和田地區(qū)的中級(jí)人民法院的院長(zhǎng)、副院長(zhǎng)、審判委員會(huì)委員、審判員等職務(wù)；伊犁哈薩克自治州人大常委會(huì)任免塔城地區(qū)、阿勒泰地區(qū)的中級(jí)人民法院的院長(zhǎng)、副院長(zhǎng)、審判委員會(huì)委員、審判員等職務(wù)。

(五)新疆維吾爾自治區(qū)人大常委會(huì)任免自治區(qū)人民檢察院阿克蘇、喀什、和田分院的檢察長(zhǎng)、副檢察長(zhǎng)、檢察委員會(huì)委員、檢察員等職務(wù)；伊犁哈薩克自治州人大常委會(huì)任免自治州人民檢察院塔城、阿勒泰分院的檢察長(zhǎng)、副檢察長(zhǎng)、檢察委員會(huì)委員、檢察員等職務(wù)。