孫科是國民黨高層中最早力主對日抵抗的代表人物之一。孫科自認為是一個和平主義者，但當時中國的局面，是非抗戰而不足以排除和平建國的障礙，非建國不足以充實抗戰的力量。

在這非常時刻，孫科一方面積極參與抗戰，另一方面亦為國家建設和發展出謀劃策。

抗戰時期，由于戰爭的破壞及戰爭帶來的巨額財政開支，使得基礎本就十分薄弱的中國經濟極度困難，國民政府同時面臨抗戰救國與建設國家、恢復發展經濟的緊迫任務。時任立法院院長兼全國經濟委員會常委的孫科，對解決國內經濟問題予以極大關注。

其時，農村社會矛盾十分突出，直接引發了社會政治危機和經濟危機，一時“救濟農村，復興農村”的呼聲日盛。為此，孫科積極籌劃救濟農村、發展農村經濟的辦法。

他從立國基礎和國家復興這一角度對農民與農村問題的重要性進行了充分的論述，強調“我國農民占全國人口百分之七十五以上，所以我國立國的基礎，可以說在農民身上。

然而，近幾年來，我國農民受內力外力的壓迫，已陷于破產之境，立國的基礎既已動搖，所以整個的國家，竟入于震蕩的狀態中”。他認為要復興整個國家，就不能不從改進農民生活開始。

這首先要使全國人民能夠自治。然而，自治必須自立。但當時中國農民的現狀是，苛捐雜稅的勒索，兵匪災患的擾亂，水旱災荒的損失，土豪劣紳的剝奪，以上種種，致使農民終年勞而無獲，掙扎在生死線上。

這顯然缺乏自治的能力。農民不能實現自給，所以不能自立，也就更談不上自治了。所以，如要實現自給，條件一是須有土地，以資耕種；二是有良好的工具和技術，以資應用；三是須有相當的資金，以資周轉。他認為，要解決農村危機，必須先謀解決農民的窮困。只有減輕農民身上的負擔，并予以救濟，使農民不受高利貸的盤剝，才能恢復最低限度的自治生活。

1940年后，中國的抗戰進入到異常艱難的時期，國民政府在財政上遭遇到空前的困難，出現了嚴重虧空。發行公債，收效甚微，而交通的阻斷則使得爭取外援的希望落空，當局只好靠增發紙幣以填補巨額的財政赤字。

對此，孫科既不回避，也不諱言，主張推行孫中山的民生主義經濟政策，而糧食國營就是其中重要的一個方面。它的作用在于糧食專賣，這可以平抑物價，迅速收回資金，防止流通過程中的通貨日益膨脹。

在事關民族危亡、國家成敗的抗戰期間，孫科的表現可圈可點。他不失時機地利用自己的身份和特殊地位，或提案，或講演，或發表文章，積極為抗日力盡能事。

1936年夏天，潘漢年由共產國際經香港轉赴上海，后回延安向中共中央匯報情況。9月，他受中共中央和毛澤東的委托，攜帶著《中國共產黨致中國國民黨書》、毛澤東致宋慶齡等人的信返回上海，并利用宋慶齡的特殊身份，做國民黨上層吳稚暉、孔祥熙、宋子文、孫科等人的工作，促使其聯共抗日。

孫科既無兵權可恃，亦無政治資本可依，但他是孫中山哲嗣，曾任國民政府行政院院長以及現任立法院院長等要職，有一定的政治影響。

是年12月5日，毛澤東致信孫科，“今日天下之人莫不屬望國民抗日，然國民黨中如不戰勝其降日派與妥協派則抗日不可能，因此天下之人莫不屬望于國民黨中之抗日派能有計劃地有步驟地向著降日妥協之輩進行堅決之斗爭。

也許是因為受到中共的影響，西安事變和平解決后，宋慶齡、孫科等人在國民黨五屆三中全會上要求聯共抗日，表現不俗。1937年2月，在國民黨召開的五屆三中全會上，由宋慶齡和何香凝領銜，聯絡馮玉祥、孫科等14名中央執、監委，聯名向大會提交了《恢復孫中山先生手訂聯俄、聯共、扶助農工三大政策案》，力促國民黨立即改變立場，和共產黨攜手合作，以團結抗日，挽救民族危亡。

對此，1939年10月，毛澤東在延安高級干部會議上作“反投降提綱”的報告，明確將孫科列為“九一八”后不甘屈服、反對投降的一類人，表明中共對孫科的贊譽。

次年9月10日，中共中央在《關于時局趨向的指示》中再次指出，“中國民族資產階級以孫科、馮玉祥、李濟深、于右任、陳嘉庚、陳光甫、黃炎培等代表，這個階層至今基本上還沒有政權，還是我黨較好的同盟者”，是“要求親蘇和共與政治改良”的一派。

在親蘇友好合作方面，孫科也積極主張“以徹底抗日為目前外交上主要方針……積極進行中蘇邦交之恢復”。

中蘇邦交自1927年國民黨“清黨”以后就已斷絕。20世紀30年代初，權衡國際局勢，孫科認識到對蘇外交的重要性，從聯合蘇聯鉗制日本的角度出發，希望蔣介石能早日促成中蘇復交。1932年12月12日，國民政府與蘇聯恢復大使級外交關系。

復交后的中蘇關系，主要是圍繞中蘇條約的簽訂而展開。締結《中蘇互不侵犯條約》最早由中方提出，但其后卻蓄意拖延談判，既想同蘇聯結盟以抗衡日本,又不想立即正式締約。主要是因為日本與蘇聯兩國關系交惡，締約將刺激日本，反倒加深了中日矛盾。于是搞起平衡外交，以圖夾縫求存。

孫科的看法則頗有見地。他在回顧“九一八”這段不幸歷史時，深感“假使當時中蘇關系不惡化，1927年沒有反共絕共的事件，兩國維持友好的革命外交關系，以蘇聯為與國，也許敵人對我不敢發動侵略。因為敵人知道已與其革命過程中的唯一與國斷絕關系，乃膽敢施其侵略野心”。應該說，孫科的分析很有些道理，在中日關系問題上，蘇聯是一個很重要的砝碼。

“七七事變”的爆發，打破了國民黨的這種平衡策略，也給蔣介石敲響了警鐘。英美推行綏靖政策，在中日關系問題上態度曖昧。無奈之下，國民政府當局只有轉向與蘇聯交好。孫科抓住這個機會，力勸蔣介石盡快與蘇聯締約，而他本人也多次代表國民政府與蘇聯駐華大使商談相關事宜，表明中國政府的態度。

蔣介石最終放棄對日幻想，與蘇聯簽訂了《中蘇互不侵犯條約》。從中蘇復交到簽約，孫科做了大量工作，為中蘇關系的徹底改善付出了艱辛的努力。

盡管中蘇復交，但由于蘇聯最高統帥斯大林近乎武斷的行事風格，使各國大使和特使既不易見到他，也很難與之交談。

但斯大林對孫中山先生卻極有好感，故國民政府和蘇聯政府在1936年成立“中蘇文化協會”時，共同推舉孫科為會長，從事中蘇間外交事務。孫科先后三次被任命為特使出訪莫斯科，在爭取蘇聯對華軍援的談判中，發揮了重要作用。

締約后，為了爭取更多的蘇聯援助，蔣介石決定派孫科率團訪蘇。這是蔣介石展開高層外交活動的一個組成部分，旨在通過中蘇間的高級會晤，增進和加強兩國關系，得到援助，甚至還希望孫科能夠說服蘇聯參加對日作戰。

1937年12月27日，孫科第一次訪蘇，他于次年1月17日抵達莫斯科。21日，在與蘇聯副外交人民委員斯托莫尼亞科夫的會談中，孫科表示，中蘇兩國應保持非常密切的關系，這不僅可以保證遠東和平，也可以使日本不敢進攻中國。

為了鞏固中蘇關系，蘇聯方面主張先簽訂一個互不侵犯條約。孫科及時將蘇聯的意思轉呈國民政府，在得到指示后不久即行簽訂條約。

2月初，蘇聯黨政軍首腦斯大林、莫洛托夫、伏羅希洛夫等人會見了孫科。斯大林表示,“如果中國竭盡全力抗戰，就不會因臨時的受挫和國土被敵占領而沮喪，這樣最后的勝利必定是中國的”。

孫科于2月下旬離開莫斯科赴巴黎，在法國展開抗戰外交活動。不意，因為蘇聯給中國的第一筆貸款已用完，接政府之命，孫科于5月16日再次返回莫斯科，與蘇方商談第二筆貸款事宜。

斯大林表示，中國借款已超過中國法幣1億元，可將第一筆貸款改作5000萬美元，相當于2億元法幣，同時再給予第二筆借款5000萬美元。他的慷慨解囊，及時幫助中國解決了用貸款購買軍火的問題。

1939年4月10日，孫科第三次訪蘇，主要目的還是商談蘇聯援華貸款。他于4月7日抵達莫斯科。當時歐洲局勢日趨緊張，蘇聯政府的主要精力全都聚焦于此，對遠東和中國事務的關注開始減弱，因而出訪不甚順利，一直未能與蘇聯最高領導人會晤。孫科有些焦急，他電告蔣介石，蔣回電勸他“忍耐進行，繼續交涉，以期有成”。

孫科與斯大林的會晤，終于在他抵達莫斯科數周后得以實現。盡管蘇聯此時外交政策的重心移向歐洲，但是，援華政策并未改變。斯大林與孫科只會晤了一個小時，在詢問了中國抗戰情形后，便欣然同意向中國提供第三筆1.5億美元的貸款，并當即囑咐蘇聯對外貿易委員米高揚與孫科簽訂合同。

會晤中，孫科還提出了簽訂中蘇商約。在中蘇復交后，蘇方就首先提出，鑒于蔣介石在發展中蘇關系上過于“謹慎”，而親日派汪精衛等人又從中作梗，所以遲遲未能締結。全面抗戰爆發后，蘇聯大力援華，中國需償還貸款，雙方經貿往來頻繁，迫切需要有一個商業性條約為其提供保障。斯大林立即指示米高揚同孫科洽談此事，希望中蘇商約能早日成功。

抗戰爆發后，鑒于中國軍隊的實力恐難對付日軍，蔣介石曾迫切希望蘇聯能直接出兵參加對日作戰，并把蘇軍參戰與否看作是中國抗戰成敗的一個關鍵因素。對此，孫科一方面積極努力，另一方面又理智而客觀地分析了國際形勢，認為取勝的關鍵，還得依靠自己。

當時，身處歐戰漩渦中的蘇聯壓力非常大，已是自顧不暇，若是再與日本發生沖突，勢必會分散它的兵力。況且，遠東危機尚未直接威脅到蘇聯利益。

孫科最初也是極力主張蘇聯參戰。他曾在與蘇聯駐中國大使會談時含蓄地提出，如果目前的危機持續增長，中國政府是否可以期待蘇聯政府會將軍隊自滿洲邊境進行某種調動。弦外之音，就是希望蘇聯出兵南下。

但是到了1937年末首度訪蘇時，在與蘇方領導人會談后，他開始改變這種看法。站在中國的角度，當然很希望蘇軍能參戰，共同抗擊日軍。

而從蘇聯的立場講，也愿始終相助，促使中國勝利。問題是眼下時機尚不成熟，若單獨出兵參戰，反倒促成日本上下一致，致使德意法西斯加緊與日本勾結，分裂國際社會對中國的同情，對中國的抗戰反倒不利。

孫科三度訪蘇，均不辱使命，圓滿完成任務。他先后爭取到蘇聯2.5億美元的貸款和軍事上的大量援助，締結了中蘇商約，促進了中蘇經貿往來。此舉增強了中國抗日戰爭的力量和信心，而孫科在對蘇外交中的貢獻，得到充分的展現，成為國民黨中的著名“親蘇派”。

在與中共的關系上，孫科于1932年4月在上海發表的《抗日救國綱領草案》中，就含有只要共產黨遵守法律，可允許其存在之意。

1935年中共提出建立抗日民族統一戰線的主張后，孫科很快就積極響應。根據“一·二八”之后孫科的表現，在西安事變爆發的次日，周恩來在政治局會議上的發言中，分析了南京政府各種力量之間的矛盾，提出要努力爭取馮玉祥及孫科等，孤立何應欽等“親日派”。

1940年7月，孫科在報刊上公開贊揚中共對團結抗戰的貢獻。抗戰后期，針對國民黨內存在的“反共”“防共”心理，孫科提出對中共問題不能反潮流，今后，“首先要掃除反共的心理。我認為今天要解決中國共產黨問題，絕不可也絕不能用武力”,而只能“以政治方法求解決”，要允許中共合法存在。

1944年，中國共產黨提出“聯合政府”的主張，并在重慶秘密征求部分人士意見。孫科等人建議，不妨提議擴大國防最高委員會，并通過聯合的國防委員會來改造政府，籌備選舉，制訂憲法。

同年7月15日，毛澤東給黨內《關于時局近況的通知》中就提到，“孫科、宋子文、于右任及許多國民黨黨員均不滿蔣及其集團的死硬政策”。1945年8月，周恩來赴重慶與國民黨談判期間，與各方人士廣泛接觸，其中就包括孫科，以闡明中共方面的立場。

9月1日，孫科任會長的中蘇文化協會舉行雞尾酒會，宴請在重慶的毛澤東、周恩來，孫科出席并主持。

在國難當頭、民族矛盾高于階級矛盾的歷史時期，孫科基本上維持了與中共接近的立場，是較為堅決的抗戰派、親蘇派、和共派。他以其特殊的身份和地位，在推動團結抗日方面，發揮了一定作用。作為一個國民黨的高層人物，他將國家民族的根本利益擺在更重要的位置上，其歷史作用不容抹殺。

抗戰后期，日本法西斯敗局已現，關于戰后安排的問題日漸重要，特別是戰后對日處置問題，與中國關系尤為密切。孫科這一時期的主要精力是密切關注著戰局演變和國際戰略問題。

對富于侵略擴張性質的日本，孫科保持高度的戒備之心，一再強調指出，必須徹底地將日本軍國主義消滅，否則，后患無窮。他對日本軍國主義復活的擔憂，很有前瞻性。這是非常必要的。

在整個全民抗戰時期，孫科的表現有目共睹，從促成國共合作，到堅持持久抗戰，再到戰后要求嚴懲日本戰犯，極力維護了國家和民族的主權與利益。