說起馮玉祥，很多人都將其歸于直系，認為他是曹錕的部下，不過實際上兩個人關系非常微妙。

馮玉祥出身北洋軍陸建章系。護國戰爭前，馮玉祥奉命率軍入川，而時任陜西督軍的陸建章不久兵敗孤身逃回北京，馮玉祥脫離了他的指揮，這才逐步形成了一個獨立的軍事團體。

在此后很長一段時間內，馮玉祥雖然和皖系軍閥首領段祺瑞關系不好，但是和舊直系首領馮國璋、后來的新直系首領曹錕都沒有什么關系。

所以段祺瑞推行“武力統一”，意圖借此擴大自己勢力范圍，馮國璋意欲借助馮玉祥的力量進行反對時，還得通過陸建章牽線搭橋，才能說動馮玉祥通電主和。而這個時候曹錕因為段祺瑞的收買是支持武力統一的。因此在引奉系入關迫使馮國璋退讓以后，段祺瑞就是命曹錕率部包圍馮玉祥的第十六混成旅，可見當時雙方并沒有什么關系。

也正是這次事件中，曹錕知道馮玉祥雖然只有一個旅，但是部隊戰斗力比較強，有意收為己用，于是一面致電段祺瑞提出將馮革職留任，戴罪立功，并歸其節制，一面派出和馮玉祥一起參加過灤州起義的孫岳去勸他服軟，和平解決了此事，才和馮玉祥有了上下級關系。

不過這個也就是名義上的統屬關系，實際上曹錕對于馮玉祥部沒有任何節制能力。馮國璋死后，曹錕和段祺瑞的矛盾激化，曹錕指揮大軍從湖南北上。此時擔任湘西鎮守使的馮玉祥依然采取了中立的態度，撤離湖南以后到武昌就滯留不前，坐看直皖戰爭爆發，沒有直接參戰。

而從曹錕獲勝和張作霖一起把持北洋政權以后，1920年12月馮玉祥奉北洋政府之命移駐河南信陽，卻拿不到軍餉，最后馮玉祥扣押給交通部運款的火車，逼得北洋政府才不得不撥款10萬元來看，這一時期曹錕和馮玉祥還是沒什么聯系。

馮玉祥真正加入曹錕陣營，是在第一次直奉大戰之時。戰前曹錕和張作霖都派人去西安拉攏已經是陜西督軍的馮玉祥。經過反復權衡，考慮到此前“武穴通電”、“信陽劫款”都是曹錕從中斡旋，馮玉祥決定支持直系，于是率部前往河南代理吳佩孚直魯豫巡閱副使之職，為直系坐鎮后方，擊敗了暗中和奉系勾結的河南督軍趙倜，并派李鳴鐘、張錫元兩旅星夜北上支援曹錕和張作霖作戰。

事后按功論賞，馮玉祥被任命為河南督軍，此后他大體可以視為曹錕集團的一部分。不過曹錕對于馮玉祥部的人員任免和財務開支，曹錕沒有權力干涉，馮玉祥依然保持了很大的獨立性。

而且之后不久一直將河南視為自己地盤的吳佩孚就借故免去了馮玉祥河南督軍的職務，轉而任命他為陸軍巡閱使的閑差，之后又故意在軍餉上進行刁難，幾番克扣。因此馮玉祥和曹錕、吳佩孚為首的直系關系一直是貌合神離，互相提防。這也為后來第二次直奉大戰時，馮玉祥在段祺瑞的游說下最終決定起兵埋下了伏筆。