光緒十一年（1885年）六月廿三日，中法戰爭剛結束，清政府就宣布對臺灣滬尾通商委員李彤恩“著即驅逐回籍，不準逗留臺灣”的處分決定。

這是錯把功臣當罪人的歷史冤案，是完全錯誤的處分決定。從歷史文獻中得知，李彤恩在中法戰爭期間，獻策出力，保衛了滬尾和臺灣，建立了不朽的戰功。

1884年，法國殖民軍企圖以越南北部為跳板，進而向中國本土推進的戰事，因受黑旗軍和部分清軍的頑強抗擊而受阻。于是，改變策略，利用他們“船堅炮利”的海上優勢，轉而向中國本土臺灣發起進攻。

8月5日，法艦隊副司令利土比率部分軍艦，以猛烈的炮火摧毀了基隆炮臺和守軍陣地，并令海軍陸戰隊登陸，妄圖一舉攻占基隆，但遭到督辦臺灣軍務劉銘傳所率守軍的英勇反擊而潰敗，不得已暫時撤離了臺灣。

素有謀略的劉銘傳，料定法軍不甘失敗，必然會以更大的兵力進攻基隆和滬尾。劉銘傳經詳細勘察和對比分析后認為；基隆炮臺已被法艦摧毀，一時難以修復，防守困難，但有獅球嶺等險阻可扼法軍深入內地；滬尾離首府臺北僅有30里平坦的道路，且有淡水河相通，具有關系全臺安危的重要戰略地位。基于守臺兵力單薄無援的實際情況，遂擬定采取集中兵力，誘敵陸戰取勝，確保滬尾和全臺的防御方略。

原浙江候補知府、滬尾通商委員李彤恩在滬尾工作多年，對滬尾地形、海域等情較熟悉，因業務工作關系，“與西人最稔”，通過外籍海關人員、海員和外商，也了解了法艦隊的火力、兵力和作戰能力等情況。出于民族自尊和愛國熱憂，為了保衛滬尾和臺灣，主動積極地向劉銘傳獻策云：法軍艦眾炮銳，有相當的殺傷力和對海防設施的破壞力，但法軍遠道而來，乃疲憊之師，地形又不熟悉，陸戰不利。臺灣守軍既無善戰的水師，又無強大的艦隊，“滬尾港道寬闊，無險可據”，海防炮威力又不強，不宜海戰，但守軍地形熟悉，以逸待勞，且有民眾助戰，故陸戰有利。因而建議：“公欲誘敵陸戰，非填石塞海口不可。”劉銘傳認為此計使法艦炮火發揮不了作用，是“誘敵陸戰”的好辦法，確系我軍揚長避短克敵制勝之良策，欣然納之。劉銘傳發現李彤恩善謀略，有才智，辦事干練負責，于是委李彤恩“兼辦滬尾營務，監修炮臺，辦理沉船塞口各事”。

李彤恩即組織守軍和民眾，搶修和加固滬尾炮臺，裝置新炮，增強防御力量；同時向當地民眾和商賈曉以大義，講明堵塞海口與保衛滬尾及全臺安全的利害關系，取得廣大民眾的理解與支持。于是，李彤恩廣集民間的廢舊船只，滿載石頭，密集排列于海口備用。

正在緊張堵塞海口時，受到外國領事和外商的反對與阻撓，據有關文獻記載：“英領事以秋茶上市，有礙商務，不可。”“李彤恩始議填塞海口，各洋商以秋茶上，恫喝阻撓。”李彤恩不畏強權，不懼恫嚇，多次與英領事據理力爭，“往復辯論”，終于說服英領事不再堅持反對填塞海口。并數次向洋商表明，若滬尾不保，還談何秋茶貿易？為長久通商之計必須填塞海口。李彤恩還設法通過海關稅務司法來出面去做外商工作，于是“法來格諭以利害，開導多方”，外商們最后也同意暫塞海口。李形恩還要求法來格“羈縻引港洋人，不為法用”。故后來法國“魯汀號”戰艦“把征求領港人的旗幟掛在它的前檣上，沒有一個領港人來應征”。

法艦將犯滬尾時，李彤恩“趕將滬尾前備堵口石船接連沉塞”，在入海口還裝上了柵欄，柵欄前又安放了電發水雷，迅速堵塞了海口，筑成了一條強有力的海上防線。據當時參戰的法國人羅亞爾說：“只有帆船從一條狹小而水淺的航路可以通過。”吃水較深的船艦，均無法通航，法艦“船堅炮利”的優勢發揮不出來，法艦隊既無法摧毀滬尾炮臺和守軍陣地，也不能支援法軍登陸作戰和撤退。當時的情況是：“10月1日，孤拔率艦隊到淡水港外，次日炮轟炮臺，但距臺過遠，造成的損失甚微。”“法艦開巨炮，聲震屋瓦，然莫能中。”當孤拔率艦隊進攻滬尾時，李彤恩速向劉銘傳告急報警，劉銘傳則按原擬防御方略而行，除以少數兵力扼守基隆獅球嶺等險要外，斷然集中優勢兵力戰滬尾。法艦“欲入海口，為石所阻，則登陸攻我海岸軍”，遂中了李彤恩填石塞口誘敵陸戰之計。

法軍登陸后，很快就陷入滬尾軍民的包圍圈，在劉銘傳親自指揮下，“士卒皆以一當百，短兵相接，呼聲動天地”，“血肉相搏”。法侵略軍很快就全線潰敗，丟盔棄甲抱頭鼠竄，爭先恐后登艇逃命，滬尾軍民大獲全勝。

滬尾大捷既是臺灣軍民以武力抗法的勝利，也是李彤恩沉船填石塞口誘敵陸戰取勝謀略的成功。李彤恩的沉船填石塞口之計，在臺灣保衛戰中起了重要作用，李彤恩是臺灣保衛戰的有功之臣，這是歷史事實，無可置疑。

中法戰爭結束，李彤恩不但未因功受賞，反而受到“驅逐回籍，不準逗留臺灣”的錯誤處分，其緣由主要是被嫉妒遭誣陷而蒙冤受辱的。

劉銘傳發現“李彤恩素有才干，勇于任事”，不僅足智多謀，而且辦事精當有魄力，“稍為優視”，委以重任。可是，當時的臺灣道員朱守謨等對李彤恩受上司信任重用，“憤甚，嫉之如仇，遇事齟齬。”處處刁難掣肘，心懷叵測，伺機陷害。“適值八月十三日，法炮環攻，基隆退守”，朱守謨等趁機竭力抹殺、否定李彤恩填石塞口、保衛滬尾和臺灣的戰功；并無中生有地“造言傾陷，遍告紳民，謂基隆未敗忽退，皆李彤恩得數十萬賣于法人”，混淆視聽，捏詞誣陷李彤恩。不僅如此，朱守謨還“特繞臺南招搖播弄，復至福州省城”，“沿途招搖”，“肆口讒謗”，將李彤恩誣陷成了為金錢出賣臺灣、叛交祖國、十惡不赦的“賣國賊”。

原臺灣兵備道劉璈和督辦福建軍務左宗棠等，則以朱守漠的捏詞為依據，數次奏參李彤恩故意謊報危急軍情，“三次飛書告急，劉銘傳為其動，遂失基隆”，認定李彤恩是基隆失陷的罪魁禍首，請旨“將知府李彤恩即行革職，遞解回籍，不準逗留臺灣”。

又以暫失基隆為口實，進一步彈劾“劉銘傳為其所動，遽拔大隊往援，而基隆遂不可復問。”

然而，劉銘傳因兵力單薄，依原擬計謀集中兵力取得滬尾大捷，而暫失基隆事，曾奏報過朝廷，請求“從重治罪，以示嚴怨”。清廷認為，在兵力不支的情況下，“劉銘傳勢難兼顧”凹，集中了兵力戰滬尾保臺北而暫失基隆，是謀略和戰術的需要，是可以諒解的，曾下旨；“劉銘傳八月十五日奏報接仗情形已悉。所請治罪之處，著加恩寬免。”尤其后來法軍被迫撤離臺灣，基隆光復，此事已不復再議。

但是，左宗棠等因湘淮畛域之見，直至光緒十一年六月，仍要追究劉銘傳暫失基隆之誤，再次奏參“劉銘傳失地辱國，其罪遠過于徐延旭、唐炯”，希望清廷懲辦劉銘傳。但清政府和曾國荃等則認為：“劉銘傳運籌決勝，謀勇兼優，深勘嘉尚”，在臺灣保衛戰中起了重大作用，是有功績的。而對隨意羅織罪名、肆意誣謗功臣的行為，不能容忍。光緒十一年六月廿日，軍機處奉旨批駁了左宗棠六月初四日的奏章，并嚴加申飭：“劉銘傳倉猝赴臺，兵單餉絀，雖失基隆，尚能勉支危局，功罪自不相掩。該大臣輒謂其罪遠過于徐延旭、唐炯，實屬意存周內，擬不于倫。左宗棠著傳旨申飭。”左宗棠等人彈劾劉銘傳不成，反受嚴責，則更遷怒于李彤恩。

清政府派幫辦福建軍務楊岳斌赴臺查處，其調查結果是：“未聞有基隆系李彤恩得銀數十萬賣與洋人”之事，當時李彤恩因法軍攻滬尾向劉銘傳告急報警，也“與捏造虛詞意圖搖惑者有別”。至此，所謂李彤恩為出賣基隆給法國，故意告急，搖惑劉銘傳以致丟失基隆等捏詞澄清，事實真相已昭然若揭。

可是，楊岳斌仍以“三次飛書告急，實由平日未聞軍旅，臨時即倉惶失措”為由，堅持左宗棠的原意見，奏報“請準照原擬，將知府李彤恩革職回籍，不準逗留臺灣”。昏聵的清政府則據此下達了處分決定。李彤恩就是這樣以近乎“莫須有”之罪名，受到極不公正的處分而蒙冤受辱的。