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1、新生兒基因篩查：嬰兒出生24-48小時內(nèi)，從腳跟處采集血樣并送到實(shí)驗室分析，目的為新生兒進(jìn)行基因篩查，及早確定生命早期治療的遺傳性疾病；

2、無創(chuàng)產(chǎn)前檢測（NIPT）：國內(nèi)基因測序臨床轉(zhuǎn)化最成熟的項目，采取孕婦靜脈血，利用第二代測序技術(shù)對血漿中的游離DNA片段（包含胎兒游離DNA）進(jìn)行測序與生物信息分析，從中判斷胎兒是否患三大染色體疾病；

3、腫瘤分子診斷&疾病早篩：通過腫瘤基因檢測早期發(fā)現(xiàn)和診斷癌癥；

4、用藥指導(dǎo)&伴隨診斷：主要采用分子診斷技術(shù)進(jìn)行患者用藥指導(dǎo)，實(shí)現(xiàn)科學(xué)服藥與療效最大化，而伴隨診斷是一種體外診斷技術(shù)，針對患者提供特定治療藥物的治療反應(yīng)信息，幫助醫(yī)生作出最佳診斷。

5、心血管&遺傳疾病：通過分子生物學(xué)相關(guān)技術(shù)對血液、體液中的分子標(biāo)志物或生物大分子進(jìn)行檢測來進(jìn)行心血管與遺傳疾病相關(guān)的診斷；

6、母嬰健康&微生物：新生兒出生前多種因素，如剖腹產(chǎn)、抗生素治療、益生菌、營養(yǎng)補(bǔ)充劑、寵物等都會影響嬰幼兒體內(nèi)的菌群平衡，所以檢測微生物能及時發(fā)現(xiàn)菌群是否紊亂，是否引發(fā)嬰兒免疫系統(tǒng)異常造成疾病風(fēng)險；

7、病原微生物檢測：應(yīng)用分子生物學(xué)技術(shù)快速檢測病原微生物，對感染性疾病的診斷意義重大。近幾年全球出現(xiàn)的幾次重大疫情，都采用了NGS鑒定分析；

8、微生物控制慢病健康：微生物生態(tài)系統(tǒng)與人體健康狀況緊密聯(lián)系。失衡的微生態(tài)系統(tǒng)會導(dǎo)致多種慢性疾病，例如肥胖癥、II 型糖尿病、腸炎（IBD）以及抑郁癥等；

9、抗生素耐藥性與養(yǎng)殖：目前臨床用藥及畜牧養(yǎng)殖中，明令禁止濫用抗生素，以避免叢生刀槍不入的超級耐藥細(xì)菌，微生物檢測能輔助判斷抗生素用量及效果；

10、精準(zhǔn)營養(yǎng)食品專業(yè)：通過基因測序可提前預(yù)知自身是否具有患糖尿病、肥胖的高風(fēng)險。為此靶向設(shè)計、精準(zhǔn)制造營養(yǎng)、健康的個性化食品；

11、藥物基礎(chǔ)研究與藥物臨床測試：通過藥物相關(guān)的基因檢測結(jié)果，能為制定個體化給藥方案提供科學(xué)依據(jù)，目前不少創(chuàng)業(yè)公司聚焦研究藥物相關(guān)基因與藥物代謝動力學(xué)和產(chǎn)生藥物不良反應(yīng)個體的相關(guān)性，建立中國人臨床用藥數(shù)據(jù)庫；

12、消費(fèi)級基因檢測：能預(yù)測未來患病風(fēng)險，也是目前頗具爭議的熱點(diǎn)話題。該門類下有祖源分析、疾病易感基因篩查、寵物基因檢測、DNA應(yīng)用商店等細(xì)分領(lǐng)域。

1

1、基因檢測主要臨床應(yīng)用分類

臨床應(yīng)用

主要

應(yīng)用

領(lǐng)域

主要

分類

臨床應(yīng)用

主要技術(shù)

方法

遺傳性疾病篩查與診斷

單基因病檢測

針對婚孕前/早孕期夫婦、遺傳病疑難雜癥患者進(jìn)行常見單基因遺傳病的基因檢測，用于患兒家庭臨床檢測，為指導(dǎo)生育、臨床診斷與治療提供依據(jù)。

目標(biāo)(靶向)區(qū)域捕獲-高通量測序技術(shù)

新生兒遺傳代謝病檢測

對新生兒干血片樣本中氨基酸等物質(zhì)的濃度進(jìn)行分析，對新生兒進(jìn)行相關(guān)致病基因檢測，檢測其是否患有遺傳代謝病。

基因芯片、高通量測序、臨床質(zhì)譜檢測技術(shù)（簡稱LC-MS/MS）、同位素標(biāo)記技術(shù)等

其他復(fù)雜疾病基因檢測

主要面向遺傳性心率失常、糖尿病、高血壓、老年癡呆、肝病、宮頸癌及罕見病等多種疾病患者，輔助醫(yī)生對患者的病情進(jìn)行準(zhǔn)確診斷，合理用藥及預(yù)后指導(dǎo)。

基因測序，蛋白質(zhì)組、代謝組學(xué)等多組學(xué)分析，臨床質(zhì)譜檢測，樣本采集、生物醫(yī)療大數(shù)據(jù)存儲、分析能力

癌癥分子分型及分子病理診斷

癌癥致病基因檢測

針對疑似癌癥患者進(jìn)行基因檢測輔助臨床診斷，針對腫瘤確診患者的基因檢測可分析腫瘤病因及進(jìn)展。

腫瘤細(xì)胞基因捕獲、二代測序、基因芯片、癌癥生物信息分析等

傳染病診斷

傳染病病原體檢測

核酸分子檢測、基因組測序快速鑒定傳染病病原體及其變異類型。

微生物組測序、基因芯片、微流控芯片等技術(shù)

基因檢測指導(dǎo)個體化治療/用藥與治療預(yù)后及康復(fù)管理

藥物基因組學(xué)分析指導(dǎo)個體化用藥

檢測藥物相關(guān)生物標(biāo)記的個體差異，包括分析與藥物治療有關(guān)的基因多態(tài)性引起的不同反應(yīng)，指導(dǎo)選擇合適藥物及用藥時間、劑量。

RFLP、SSR等遺傳標(biāo)記分析SNP基因分型檢測技術(shù)、微陣列芯片、甲基化等表觀遺傳分析

指導(dǎo)個體化治療/用藥，評價腫瘤等疾病治療預(yù)后及復(fù)發(fā)監(jiān)控、康復(fù)管理

通過檢測腫瘤患者生物樣本致病基因突變、基因及其蛋白表達(dá)狀態(tài)來預(yù)測藥物療效和評價預(yù)后，監(jiān)控治療過程中反應(yīng)與復(fù)發(fā)情況，指導(dǎo)腫瘤個體治療，提高用藥療效。

樣本處理與基因捕獲，基因擴(kuò)增如PCR（如數(shù)字PCR）,基因表達(dá)檢測如基因芯片，基因測序（如二代測序NGS）、基因信息解讀等

基因檢測技術(shù)輔助精準(zhǔn)藥物研發(fā)

分子靶向藥物、基因治療等精準(zhǔn)藥物的研發(fā)如

檢測藥物相關(guān)生物標(biāo)志物，篩選靶向藥物作用靶點(diǎn)或驅(qū)動基因陽性患者，監(jiān)控與評價藥物治療反應(yīng)。

類同藥物基因組學(xué)、伴隨診斷相關(guān)支撐技術(shù)、疾病模型、生物信息分析

生育健康基礎(chǔ)研究和臨床應(yīng)用服務(wù)：通過婚前、孕前、產(chǎn)前的遺傳學(xué)篩查與診斷，篩查與預(yù)防新生兒出生缺陷，指導(dǎo)高風(fēng)險的夫婦健康生育下一代。

無創(chuàng)產(chǎn)前基因檢測/胎兒染色體非整倍體檢測)

染色體異常疾病篩查：檢測21-三體綜合征（唐氏綜合癥），18-三體綜合征和13-三體綜合征及其他染色體異常疾病

NIPT（無創(chuàng)產(chǎn)前篩查）：新一代高通量測序技術(shù)（二代測序，NGS）、生物信息學(xué)分析技術(shù)

胚胎植入前遺傳學(xué)篩查與診斷

PGS-染色體異常檢測用于挑選健康胚胎，PGD-單病檢測用于排查30多種基因病，根據(jù)致病突變及父母單體型信息分析胚胎是否遺傳親代致病突變。

單基因全基因組擴(kuò)散、全基因組低覆蓋度高通量測序、生物信息學(xué)分析

染色體異常檢查（孕前基因檢測、流產(chǎn)組織分析學(xué)）

通過檢測流產(chǎn)組織、缺陷兒、夫婦染色體情況，查找流產(chǎn)、B超異常、多發(fā)畸形的遺傳原因，輔助臨床指導(dǎo)再次妊娠，指導(dǎo)幫助夫婦生育健康的下一代。

高通量基因測序技術(shù)、生物信息學(xué)分析技術(shù)、醫(yī)學(xué)遺傳學(xué)解讀咨詢

遺傳疾病患病風(fēng)險評估與篩查：遺傳性疾病患病風(fēng)險評估、預(yù)測與致病基因篩查

遺傳性腫瘤基因檢測

幫助腫瘤患者及家屬和有腫瘤家族史的健康人群評估腫瘤的遺傳性風(fēng)險，為患者及家族健康人群提供腫瘤家族風(fēng)險管理。

二代測序、基因芯片等遺傳疾病致病基因檢測、生物信息學(xué)分析（基因-表型數(shù)據(jù)分析與解讀）

地中海貧血基因檢測

對常見和非常見地中海貧血基因型進(jìn)行檢測，服務(wù)臨床、大規(guī)模地中海貧血基因篩查項目。

基因測序、基因芯片與基因數(shù)據(jù)分析解讀

新生兒耳聾檢測

對遺傳性耳聾高發(fā)突變基因和位點(diǎn)進(jìn)行檢測，主要用于臨床檢測及大規(guī)模耳聾基因篩查項目。

基因芯片、基因測序、核酸質(zhì)譜

癌癥的早期篩查與患病風(fēng)險評估與預(yù)測

癌癥無創(chuàng)篩查：癌癥早篩型液體活檢試劑盒（血液生物標(biāo)志物檢測）

利用血液等非固態(tài)生物組織取樣和分析檢測其遺傳特性信息，實(shí)現(xiàn)多類型癌癥的早期篩查，包括對還沒有癥狀時對潛在癌癥發(fā)病高風(fēng)險進(jìn)行診斷。

循環(huán)腫瘤細(xì)胞/ctDNA/細(xì)胞外囊泡（基因）捕獲/擴(kuò)增技術(shù)：腫瘤基因組信息解讀、患病風(fēng)險預(yù)測）

癌癥無創(chuàng)篩查：（糞便DNA檢測）

面向健康人群或高風(fēng)險人群，利用糞便DNA樣本檢測進(jìn)行大腸癌或結(jié)直腸癌的早期篩查。

糞便DNA檢測技術(shù)：核酸捕獲/擴(kuò)增技術(shù)基因測序技術(shù)

腫瘤易感基因篩查與患病風(fēng)險評估

面向健康人群或高風(fēng)險人群的腫瘤易感基因檢測或篩查。

高通量測序、大規(guī)模癌癥組織樣本庫、癌癥基因組學(xué)大數(shù)據(jù)資源及生物信息分析與臨床解讀能力

慢性疾病的早期篩查及風(fēng)險評估、健康管理和預(yù)防。

疾病易感、營養(yǎng)/藥物代謝檢測，生活方式指導(dǎo)

面向健康人群或高風(fēng)險人群利用唾液、血液、腸道菌群等樣本的多組學(xué)分析篩查慢性疾病易感因素，為飲食、用藥、運(yùn)動等個體健康管理提供指導(dǎo)建議。

人體基因組測序，蛋白質(zhì)組、微生物組、代謝組學(xué)等多組學(xué)分析，臨床質(zhì)譜檢測，樣本采集、生物醫(yī)療大數(shù)據(jù)存儲、分析能力

2、基因檢測項目清單及意義。

序號

類別

項目名稱

臨床意義

1

核酸檢測（病毒學(xué)）

乙型肝炎病毒核酸HBV DNA

1.HBV-DNA是乙肝病毒存在直接的依據(jù)，HBV-DNA是乙肝病毒復(fù)制的標(biāo)志，評價乙肝病毒復(fù)制水平，傳染性強(qiáng)弱、藥物療效的指標(biāo)。
2.乙肝病毒感染的診斷，HBV-DNA陽性是患者具有傳染性的標(biāo)志，HBV-DNA對乙肝兩對半起補(bǔ)充作用。
3.HBV-DNA是目前判斷乙肝抗病毒藥物療效敏感的指標(biāo)，評價乙肝病毒復(fù)制水平、傳染性強(qiáng)弱的指標(biāo)。
4.HBV-DNA可檢測出隱匿性慢性乙型肝炎。

2

丙型肝炎病毒核酸HCV RNA

1.HCV是輸血后肝炎和散發(fā)性非甲非乙型肝炎的主要病原，HCV感染可導(dǎo)致慢性肝炎、肝硬化和肝細(xì)胞癌等多種肝臟疾病。

2.HCV-RNA檢測用于丙肝病毒感染的早期診斷，鑒別丙肝病毒的活動性和復(fù)制程度。
3.HCV-RNA定量可及時估計應(yīng)答情況、及時調(diào)整療程以及指導(dǎo)用藥，為療效觀察及預(yù)后判斷提供客觀指標(biāo)。
4.彌補(bǔ)ELISA方法的高漏檢率，HCV-RNA可作為HCV感染診斷的指標(biāo)。
5.抗-HCV陽性而血清中沒有HCV-RNA提示既往感染，在血清中檢測不到HCV-RNA并不意味著肝臟沒有病毒復(fù)制。
6.免疫功能低下，抗-HCV陰性仍可檢測到HCV-RNA，此類患者適宜采用HCV核心抗原或抗原-抗體聯(lián)合檢測試劑進(jìn)行檢測。

3

核酸檢測（非病毒)

結(jié)核桿菌

TB DNA

1.結(jié)核桿菌感染的快速診斷，結(jié)核桿菌因其培養(yǎng)周期長，臨床很難采用培養(yǎng)方法進(jìn)行結(jié)核桿菌感染的快速診斷，而采用PCR方法，則可以做到這一點(diǎn)，如通過對痰、血液、淋巴液、腦脊液、胸腔積液、腹水等標(biāo)本中結(jié)核桿菌的PCR檢測，可快速診斷肺結(jié)核、結(jié)核桿菌菌血癥、淋巴結(jié)合、結(jié)核性腦膜炎、結(jié)核性胸腹膜炎等。
2.抗結(jié)核治療的監(jiān)測，在抗結(jié)核治療中，采用PCR方法定期檢測，可評價抗結(jié)核藥物的療效。
3.要注意臨床“假陽性”問題，PCR檢測的是病原體核酸，不管結(jié)核桿菌是否為活細(xì)菌，PCR均能檢出，在經(jīng)抗生素治療一個療程后，建議兩周后再做PCR檢測，以避免臨床假陽性。

4

沙眼衣原體CT DNA

1.結(jié)果呈現(xiàn)陽性時表示存在CT相關(guān)病原體核酸,在排除以下幾種因素后可確診為CT感染:①在CT的諸多檢測手段中,PCR方法所檢測靶物質(zhì)為核酸,不受標(biāo)本生物活性的限制,對于已經(jīng)死亡的病原體仍可檢測出來,即感染后藥物治療有效的情況下,患處仍會有少量已死亡的病原體存在。應(yīng)在停藥2周后進(jìn)行檢測,若在用藥期間進(jìn)行病情的監(jiān)測,則應(yīng)與臨床癥狀相結(jié)合,必要時應(yīng)用培養(yǎng)方法進(jìn)行確診。②PCR反應(yīng)檢測的靶物質(zhì)為核酸,如果操作不慎造成樣本之間的污染,則可能出現(xiàn)假陽性的情況,需要樣本的運(yùn)送和操作都要嚴(yán)格按照規(guī)程進(jìn)行。
2.當(dāng)檢測結(jié)果呈現(xiàn)陰性時,表示無CT感染,但仍需要排除以下幾種因素:①排除PCR抑制物導(dǎo)致的假陰性現(xiàn)象,在結(jié)果的認(rèn)定上需要注意。②耐藥引起的基因突變也會導(dǎo)致擴(kuò)增的失敗,出現(xiàn)假陰性結(jié)果。在臨床體征和癥狀很明顯而多次PCR檢測均陰性的情況下,要考慮這種情況的發(fā)生。

5

淋球菌

NG DNA

NG DNA檢測對淋病的早期診斷、治療、防止慢性感染有重要價值。細(xì)菌培養(yǎng)盡管是“金標(biāo)準(zhǔn)”,但煩瑣費(fèi)時,臨床采用實(shí)時熒光PCR方法可很好的解決淋病奈瑟菌感染快速診斷的問題,尤其適用于泌尿生殖道感染的早期診斷及無癥狀的攜帶者的檢測。

6

人乳頭瘤病毒基因分型

人乳頭瘤病毒
-HPV-6、-11、-16、-18、-31、-33、-35、-39、-42、-
-44、-45、-51、-52、-53、-56、-58、-59、-66、-68和-81型

HPV廣泛存在,人類的HPV感染率很高。在臨床上,根據(jù)HPV亞型致病力大小或致癌危險性大小不同可將HPV分為低危型和高危型兩大類。低危型HPV主要引起肛門皮膚及男性外生殖器、女性大小陰唇、尿道口、陰道下段的外生性疣類病變和低度子宮頸上皮內(nèi)瘤,其病毒亞型主要有HPV6、11、30、39、42、43型及44型。高危型HPV除可引起外生殖器疣外,更重要的是引起外生殖器癌、宮頸癌及高度子宮頸上皮內(nèi)瘤,其病毒亞型主要有HPV16、18、31、33、35、45、51、52、56、58型和61型。80%的子宮頸癌是由16、18、31、45這4型HPV引起。盡管有近百種HPV亞型,但臨床上最重要的有HPV6、11、16、18、31、33、35、38型8個亞型,是引起肛門外生殖器尖銳濕疣和宮頸病變的主要HPV亞型。

7

巨細(xì)胞病毒核酸

巨細(xì)胞病毒核酸

1.巨細(xì)胞病毒常引起肺炎及器官移植病人的感染，為HCMV感染的早期診斷和鑒別診斷提供診斷依據(jù)。
2.定量測定CMV-DNA，有助于HCMV感染者抗病毒藥物治療的療效檢測監(jiān)測。
3.可用于器官移植、免疫缺陷患者、抗腫瘤治療中HCMV感染的監(jiān)測，器官移植后由于免疫抑制劑的使用，免疫缺陷和惡性腫瘤患者抗腫瘤治療造成免疫系統(tǒng)損傷，檢測這些患者CMV-DNA，有助于及時采取相應(yīng)的治療措施，避免嚴(yán)重后果。
4.可用于死胎、畸胎、流產(chǎn)、低體重兒、嬰兒肝炎綜合癥的病因?qū)W研究。
5.用于CMV與腫瘤的關(guān)系研究:現(xiàn)認(rèn)為CMV與宮頸癌、睪丸癌、前列腺癌、Kaposi肉癌、成纖維細(xì)胞癌、Wilms瘤與結(jié)腸癌等腫瘤的發(fā)生有關(guān)。

8

EB病毒核酸檢測

1.EB病毒是傳染性單核細(xì)胞增多癥的主要致病原,鼻咽癌、伯基特淋巴瘤、免疫低下或缺陷者B淋巴細(xì)胞惡性腫瘤、霍奇金病和移植后惡性淋巴瘤等均有陽性 。
2.EB病毒DNA檢測是EB病毒感染的輔助診斷，和其他腫瘤標(biāo)志物聯(lián)合檢測，可有效提高鼻咽癌檢出率，做到鼻咽癌的早發(fā)現(xiàn)，早診斷，早治療。

9

EGFR突變

1.預(yù)測藥物療效：EGFR是HER/ErbB家族信號通路的首要分子，吉非替尼、厄洛替尼等小分子TKI進(jìn)入細(xì)胞內(nèi)，直接作用于EGFR胞內(nèi)的激酶區(qū)，干擾ATP合成，抑制酪氨酸激酶的活性，阻斷激酶的自身磷酸化及底物的磷酸化，徹底阻斷異常的酪氨酸激酶信號傳導(dǎo)，從而阻止配體介導(dǎo)的受體及下游信號通路的激活，阻滯細(xì)胞在G1期，促進(jìn)凋亡，抑制新生血管形成、侵襲和轉(zhuǎn)移，達(dá)到治療的作用。小分子TKI的療效與EGFR基因突變密切相關(guān)，是TKI療效預(yù)測因子。
2.預(yù)后評價：根據(jù)是否使用EGFR-TKI對肺癌切除后患者進(jìn)行預(yù)后分析，EGFR敏感性突變并服用TKI的患者至少在單因素分析中有預(yù)后良好的趨勢。但是，EGFR基因突變與女性、非吸煙者等這些傳統(tǒng)的預(yù)后良好因子有交叉，只分析基因突變進(jìn)行預(yù)后評價幾乎是不可能的。

10

KRAS突變

西妥昔單抗和帕尼單抗均通過直接抑制EGFR從而發(fā)揮抗腫瘤的作用，在結(jié)直腸癌和頭頸部癌的靶向治療中都有肯定的效果。西妥昔單抗治療的有效性受其下游基因KRAS狀態(tài)的影響，突變型的KRAS無需接受上游EGFR信號即能夠自動活化該通路并啟動下游信號的轉(zhuǎn)導(dǎo)。只有KRAS基因野生型的患者才能從抗EGFR的治療中獲益，而突變型的患者則不能。

11

BRAF突變

1.BRAF是位于KRAS下游級聯(lián)信號通路上的一個重要蛋白，當(dāng)BRAF基因發(fā)生突變后，其編碼生成的蛋白產(chǎn)物無需接受上游信號蛋白的活化便始終處于激活狀態(tài)，啟動下游細(xì)胞信號轉(zhuǎn)導(dǎo)途徑，引起細(xì)胞增殖，從而使EGFR抑制劑西妥昔單克隆抗體和帕尼單克隆抗體等療效減弱或無效。
2.BRAF基因可作為患者預(yù)后評價的獨(dú)立性指標(biāo)，BRAF V600E突變患者呈現(xiàn)預(yù)后更差的趨勢。
3.BREF V600E基因突變的黑色素瘤患者對維羅非尼治療有效。

12

PIK3CA

突變

1.PIK3CA突變的腫瘤細(xì)胞對EGFR或ERBB2通路的靶向藥物拉帕替尼（Lapatinib)會產(chǎn)生耐藥性。
2.研究表明HER2靶向治療藥物赫賽汀對PIK3CA基因突變的人群療效欠佳。
3.單抗類EGFR抑制劑（西妥昔單抗、帕尼單抗）和拉帕替尼藥效預(yù)測。

13

C-KIT基因突變檢測

1.輔助診斷和預(yù)測療效：伊馬替尼是一種酪氨酸蛋白酶抑制劑，能阻斷酪氨酸蛋白激酶KIT受體功能，從而抑制腫瘤的形成。已有研究證實(shí)，C-KIT基因突變的位置能影響腫瘤患者對伊馬替尼、舒尼替尼等酪氨酸激酶抑制劑的反應(yīng)。通過檢測C-KIT基因的突變狀態(tài)，協(xié)助GIST診斷，也可以進(jìn)一步的明確診斷CD117陰性的患者，診斷家族性GIST，評價小兒GIST，指導(dǎo)化療，預(yù)測化療效果。
2.預(yù)后評價：當(dāng)C-KIT基因第11外顯子發(fā)生突變后，患者預(yù)后較發(fā)生于C-KIT基因其他外顯子或PDGFRA基因突變的患者或者未檢測到C-KIT基因或PDGFRA基因突變的患者預(yù)后更差。來源于小腸或結(jié)腸的GIST如發(fā)生C-KIT基因第9外顯子突變，較發(fā)生C-KIT基因第11外顯子突變者更具有侵襲性。

14

PDGFRA基因

1.輔助診斷和預(yù)測療效：伊馬替尼是一種酪氨酸蛋白酶抑制劑，能阻斷酪氨酸蛋白激酶KIT受體功能，從而抑制腫瘤的形成。已有研究證實(shí)，PDGFRA基因突變的位置能影響腫瘤患者對伊馬替尼、舒尼替尼等酪氨酸激酶抑制劑的反應(yīng)。研究表明，PDGFRA基因外顯子12和外顯子18大部分基因位點(diǎn)突變后使用伊馬替尼、舒尼替尼等酪氨酸激酶抑制劑治療時GIST患者可從中獲益。但如外顯子18基因位點(diǎn)發(fā)生D842V、RD841-842KI或D1842-843IM突變使用伊馬替尼、舒尼替尼等酪氨酸激酶抑制劑治療時GIST患者不能從中獲益。
2.預(yù)后評價：當(dāng)PDGFRA基因發(fā)生突變后，腫瘤侵襲性較發(fā)生于KIT基因突變的患者侵襲性低。

15

EML4-ALK融合基因檢測

1.ALK抑制劑克里唑替尼能夠作用于該基因的下游信號傳導(dǎo)通路并拮抗其促腫瘤生成活性，其II期臨床試驗中客觀緩解率為64%，疾病控制率為90%，療效顯著。
2.預(yù)測藥物療效：EML4-ALK融合基因陽性的NSCLC患者接受以鉑類為基礎(chǔ)的化療，其有效率、疾病進(jìn)展時間和總生存期與EGFR突變或同時包含EML4-ALK融合基因EGFR野生型的NSCLC患者相似，相反，EML4-ALK融合基因者不能從TKI的基礎(chǔ)治療中受益，表現(xiàn)為耐藥，結(jié)果與無EGFR基因突變的患者相似。
3.預(yù)后評價：攜帶EGFR基因野生型肺腺癌患者，EML4-ALK融合基因預(yù)示患者的總生存期更長。

16

HER2基因

HER2基因擴(kuò)增狀態(tài)是乳腺癌患者預(yù)后判斷及制訂有效治療方案的先決條件，對乳腺癌的診療具有重要的指導(dǎo)作用。
（1）預(yù)后評價：研究顯示，HER2基因的過表達(dá)除了與腫瘤的發(fā)生發(fā)展相關(guān)外，還是一個重要的臨床預(yù)后指標(biāo)，主要表現(xiàn)為HER2基因擴(kuò)增的乳腺癌浸潤性強(qiáng)、無進(jìn)展生存期(progress free survival、PFS)短、預(yù)后差。而且這部分患者就診時的腫瘤負(fù)荷更大，淋巴結(jié)轉(zhuǎn)移的幾率更高，激素受體陰性的比例更高、組織學(xué)分級更差、腫瘤的增殖指數(shù)更高、復(fù)發(fā)風(fēng)險更高。但沒有證據(jù)顯示HER2基因擴(kuò)增與導(dǎo)管原位癌( ductal carcinoma in situ，DCIS)的預(yù)后相關(guān)。
（2）內(nèi)分泌藥物療效預(yù)測：研究顯示，相對于無HER2基因擴(kuò)增的乳腺癌患者而言，HER2基因擴(kuò)增的患者應(yīng)用他莫昔芬治療后的死亡風(fēng)險明顯增高，因此這類乳腺癌患者可能不適合選擇他莫昔芬作為內(nèi)分泌治療，而且HER2基因擴(kuò)增的乳腺癌患者對CMF化療方案的反應(yīng)性降低，宜采用高劑量的蒽環(huán)類藥物方案。
（3）靶向藥物療效預(yù)測：大量臨床研究數(shù)據(jù)提示，使用曲妥珠單克隆抗體等治療乳腺癌時，無論是與常規(guī)化療聯(lián)合用于乳腺癌患者的輔助治療，還是用于輔助治療后的維持治療，及用于晚期乳癌患者的單藥或聯(lián)合治療，都能肯定改善HER2基因擴(kuò)增或蛋白過表達(dá)患者的生存，使乳腺癌患者獲益。
即使在使用曲妥珠單抗治療過程中出現(xiàn)疾病進(jìn)展而需要進(jìn)一步治療的乳腺癌患者，繼續(xù)使用曲妥珠單抗治療仍然有效。而對于HER2基因低度擴(kuò)增或不擴(kuò)增的乳腺癌患者，使用曲妥珠單抗療效不佳。

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MGMT基因甲基化檢測

1.療效預(yù)測：MGMT啟動子發(fā)生甲基化的患者明顯比未發(fā)生甲基化的患者使用烷化劑的療效好，其總體生存率和無進(jìn)展生存率更高。MGMT啟動子區(qū)甲基化對膠質(zhì)瘤一線化療藥物TMZ治療膠質(zhì)瘤的化療療效具有預(yù)測價值，且是獨(dú)立的預(yù)后較好的指示指標(biāo)。MGMT啟動子未甲基化者從TMZ常規(guī)治療方案中獲益較小，應(yīng)對這類患者采用更有效的有助于克服耐藥的其他化療方案。
2.預(yù)后評價：40%腦膠質(zhì)瘤患者有MGMT啟動子甲基化，甲基化程度越高，預(yù)后越差，其對腫瘤的預(yù)后和生存期的預(yù)示作用較腫瘤的分級、臨床、年齡等其他特征更有效。

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NIFIY/NIPT

外周血胎兒染色體非整倍體（T21、T18和T13）高通量測序檢測

1.無創(chuàng)DNA產(chǎn)前檢測技術(shù)僅需采取孕婦靜脈血，利用新一代DNA測序技術(shù)對母體外周血漿中的游離DNA片段（包含胎兒游離DNA）進(jìn)行基因測序，并將測序結(jié)果進(jìn)行生物信息分析，可以從中得到胎兒的遺傳信息，從而發(fā)現(xiàn)胎兒21號、18號、13號染色體是否存在非整倍體異常。
2.適用人群：
①血清學(xué)篩查顯示胎兒常見染色體非整倍體風(fēng)險值介于高風(fēng)險切割值與1/1000之間的孕婦；
②有介入性產(chǎn)前診斷禁忌證者（如先兆流產(chǎn)、發(fā)熱、出血傾向、慢性病原體感染活動期、孕婦Rh陰性血型等）；
③孕20+6周以上，錯過血清學(xué)篩查最佳時間，但要求評估21-三體綜合征、18-三體綜合征、13-三體綜合征風(fēng)險者。
3.慎用人群：
有下列情形的孕婦進(jìn)行檢測時，檢測準(zhǔn)確性有一定程度下降，檢出效果尚不明確；或按有關(guān)規(guī)定應(yīng)建議其進(jìn)行產(chǎn)前診斷的情形。包括：
①早、中孕期產(chǎn)前篩查高風(fēng)險；
②預(yù)產(chǎn)期年齡≥35歲；
③重度肥胖（體重指數(shù)>40或體重>100千克）；
④通過體外受精——胚胎移植方式受孕；
⑤有染色體異常胎兒分娩史，但除外夫婦染色體異常的情形；
⑥雙胎及多胎妊娠；
⑦醫(yī)師認(rèn)為可能影響結(jié)果準(zhǔn)確性的其他情形。
4.不適用人群：
有下列情形的孕婦進(jìn)行檢測時，可能嚴(yán)重影響結(jié)果準(zhǔn)確性。包括：
①孕周<12+0周；
②夫婦一方有明確染色體異常；
③1年內(nèi)接受過異體輸血、移植手術(shù)、異體細(xì)胞治療等；
④胎兒超聲檢查提示有結(jié)構(gòu)異常須進(jìn)行產(chǎn)前診斷；
⑤有基因遺傳病家族史，或提示胎兒罹患基因病高風(fēng)險；
⑥孕期合并惡性腫瘤；
⑦醫(yī)師認(rèn)為有明顯影響結(jié)果準(zhǔn)確性的其他情形。

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人獲得性免疫缺陷病毒感染的個體化分子檢測

HIV-1

RNA檢測

1.輔助診斷：HIV抗體檢測結(jié)果不能進(jìn)行明確診斷時，RNA的測定結(jié)果可幫助提供HIV感染早期或終末期的證據(jù)。如HIV感染母親所生小于18個月齡的嬰兒，不同時間的兩次HIV核酸檢測均為陽性即可作出診斷。
2.指導(dǎo)抗病毒治療及療效判定：如果有條件，在治療前作基線病毒載量檢測是有必要的，便于觀察抗病毒治療后病毒抑制效果。開始治療16周時，所有初次抗病毒治療患者的病毒載量應(yīng)低于檢測下限，如治療6個月后，病毒載量仍沒有低于檢測下限，應(yīng)結(jié)合臨床仔細(xì)需找原因（依從性、藥物相互作用等），以考慮是否治療失敗及調(diào)整治療方案。治療開始后應(yīng)每半年檢測一次病毒載量，評估治療效果，如載量出現(xiàn)變化，應(yīng)結(jié)合臨床尋找原因及時調(diào)整治療方案。

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HIV耐藥基因檢測

1.新診斷的患者：不管患者是否會很快進(jìn)行抗病毒治療都主張在確診后先進(jìn)性耐藥檢測。已經(jīng)證實(shí)耐藥HIV毒株能夠傳播給從接收過治療的患者，使這些患者從一開始就獲得原發(fā)性耐藥，被稱為傳播耐藥。傳播耐藥和患者的治療失敗有關(guān)，對這類患者進(jìn)行耐藥檢測有助于選擇能夠取得最大病毒抑制效果的治療方案。
2.接受抗病毒治療患者：對于接受抗病毒治療的患者在改變抗病毒治療方案時，病毒學(xué)應(yīng)答失敗(HIV RNA>1000 copies／mL)或病毒抑制不理想時,都應(yīng)進(jìn)行耐藥檢測，以判斷是否發(fā)生耐藥以及對哪種藥物耐藥，從而指導(dǎo)選擇有活性的抗HIV藥物進(jìn)行后續(xù)治療。對于HIV RNA為500-1000copies／mL的患者，耐藥檢測的難度比較大，但仍應(yīng)盡量進(jìn)行；對＜500copies／mL的患者則不建議進(jìn)行耐藥檢測。
3.孕婦：所有孕婦在開始抗病毒治療前都應(yīng)進(jìn)行基因型耐藥檢測，抗病毒治療的目的是最大程度降低血漿病毒載量并預(yù)防HIV母嬰傳播，首要目的是取得最大程度的病毒抑制。所以孕婦開始抗病毒治療前應(yīng)進(jìn)行基因型耐藥檢測，對已接受治療而HIV RNA仍能檢出的孕婦也應(yīng)進(jìn)行耐藥檢測。
4.耐藥只是治療失敗的可能原因之一，并且與其他導(dǎo)致治療失敗的因素，包括藥物的抗病毒活性不足、服藥依從性差及個體藥物代謝動力學(xué)差異等密切相關(guān)。因此不能孤立地看待耐藥檢測結(jié)果，而應(yīng)將其放在病毒載量和CD4+T淋巴細(xì)胞計數(shù)的變化、臨床表現(xiàn)及其他檢驗項目改變的背景下分析。耐藥檢測結(jié)果的解釋必須結(jié)合既往治療史、血漿病毒載量的長期變化及依從性的程度。

21

華法林藥物代謝基因CYP2C9和 VKORC1多態(tài)性

細(xì)胞色素P450 2C9（CYP2C9）基因分型*1/*1、*1/*2、*1/*3*2/*2、*2/*3、*3/*3

1.預(yù)測療效
2.個體化用藥：CYP2C9+VKORC1多態(tài)性檢測可以在使用華法林之前，根據(jù)國際公認(rèn)的華法林劑量計算公式針對每個不同個體測算華法林的初始用量，為指導(dǎo)臨床制定個體化用藥方案提供重要參考。

22

維生素 K 環(huán)氧化物還原酶復(fù)合體1（VKORC1） –1639G>A基因分型：GG、GA、AA

23

氯吡格雷藥物代謝基因（CYP2C19）多態(tài)性

細(xì)胞色素P450 2C19（CYP2C19）基因分型*1/*1、*1/*2、*1/*3、*2/*2、*2/*3、*3/*3、*1/*17、*2/*17、*17/*17

依據(jù)CYP2C19多態(tài)性的結(jié)果可以測定S-美芬妥英羥化酶在人體內(nèi)活性的高低，從而判斷氯吡格雷等心血管抗凝藥物，苯妥英、丙戊酸等抗癲癇藥物，奧美拉唑等質(zhì)子泵抑制劑類藥物以及伏立康唑等抗真菌類藥物在體內(nèi)代謝活性的高低，為指導(dǎo)臨床制定個體化用藥方案提供重要參考。

24

伊立替康藥物代謝基因（UGT1A1）多態(tài)性

尿苷二磷酸葡萄糖醛酸轉(zhuǎn)移酶1A1（UGT1A1）基因分型*1/*1、*1/*28、*28/*28

1.預(yù)測療效。
2.UGT1A1基因型的檢測可用于臨床預(yù)測與伊立替康（CPT-11）相關(guān)的嚴(yán)重毒副作用的發(fā)生。

25

他莫昔芬藥物代謝基因（CYP2D6）多態(tài)性

細(xì)胞色素P450 2D6
（CYP2D6）基因分型*1/*1、*1/*10、*10/*10

1.預(yù)測療效。
2.不同患者間CYP2D6活性有很大差異，最大可達(dá)1000倍，這種差異是導(dǎo)致個體對藥物療效迥異的遺傳學(xué)基礎(chǔ)。CYP2D6多態(tài)性為指導(dǎo)臨床制定個體化用藥方案提供重要參考。

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BCR-ABL1融合基因檢測

BCR-ABL1p210

1.慢性粒細(xì)胞白血病（Chronic Myelogenous Leukemia,CML）是一種發(fā)生于造血干細(xì)胞的血液系統(tǒng)惡性克隆增生性疾病。90%以上的CML患者的血細(xì)胞中出現(xiàn)Ph1染色體，t(9；22)(q34；q11），9號染色體長臂上C-abl原癌基因易位至22號染色體長臂的斷裂點(diǎn)集中區(qū)（bcr），形成bcr/abl融合基因。此基因產(chǎn)生一種新的mRNA，編碼的蛋白為P210，P210具有增強(qiáng)酪氨酸激酶的活性，改變了細(xì)胞多種蛋白質(zhì)酪氨酸磷酸化水平和細(xì)胞微絲機(jī)動蛋白的功能，從而擾亂了細(xì)胞內(nèi)正常的信號傳導(dǎo)途徑，使細(xì)胞失去了對周圍環(huán)境的反應(yīng)性，并抑制了凋亡的發(fā)生。BCR-ABL 融合基因檢測對于前期 CML 疾病輔助診斷及后續(xù)靶向用藥指導(dǎo)及殘留病監(jiān)測方面亦具有臨床意義。
2.資料顯示，p190刺激細(xì)胞增殖的能力比p210要強(qiáng)，病情發(fā)展快，惡性程度更高。

27

BCR-ABL1p190

28

實(shí)體腫瘤體細(xì)胞突變高通量測序檢測

用于檢測體細(xì)胞突變的 NGS 正在廣泛用于腫瘤診療相關(guān)的分子檢測，體外檢測人體組織中腫瘤細(xì)胞中腫瘤相關(guān)基因變異，包括對特定基因的 DNA/RNA 進(jìn)行測序，以尋找與腫瘤臨床診療相關(guān)的突變基因的改變。腫瘤基因突變類型包括點(diǎn)突變、 插入、 缺失、 基因重排、 拷貝數(shù)異常等廣義的基因突變。實(shí)體腫瘤體細(xì)胞突變檢測用于腫瘤的監(jiān)測、預(yù)后。

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腫瘤游離DNA
基因突變檢測

腫瘤游離DNA（ctDNA）基因突變檢測對腫瘤靶向治療、早期治療應(yīng)答評估和耐藥監(jiān)測的實(shí)時評估等都具有一定的臨床應(yīng)用價值。由于組織樣本的局限性，臨床上逐漸開始使用患者血漿中的游離DNA進(jìn)行腫瘤基因突變的檢測。

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腫瘤游離 DNA EGFR 基因突變檢測

對表皮生長因子受體 (EGFR)突變型的進(jìn)展期肺癌來說 ，分子靶向藥物療效優(yōu)于含鉑類二聯(lián)化療方案，EGFR基因突變的檢測能為肺癌患者靶向藥物治療提供依據(jù)，而大部分肺癌患者確診時已處于腫瘤晚期，已失去手術(shù)切除機(jī)會 ，無法獲得足夠腫瘤標(biāo)本進(jìn)行EGFR 基因突變的檢測。尋找替代腫瘤組織的EGFR基因突變檢測標(biāo)本，對于晚期患者來說具有重大的意義。通過外周血游離DNA檢測EGFR突變指導(dǎo)靶向藥 物治療提供依據(jù) 。

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DMD 基因檢測（DMD基因分型）

辛伐他汀藥物轉(zhuǎn)運(yùn)體基因（SLCO1B1）分型（有機(jī)陰離子轉(zhuǎn)運(yùn)多肽 1B1（SLCO1B1）基因分型：521TT、521TC、521CC

1.預(yù)測療效。
2.他汀類藥物是目前最有效的降低LDL-C水平從而降低心腦血管疾病風(fēng)險的藥物。但是不同個體對不同他汀類藥物的反應(yīng)不同，導(dǎo)致差異的關(guān)鍵因素是他汀類藥物在肝臟代謝和轉(zhuǎn)運(yùn)的遺傳特性不同。檢測他汀類藥物(SLCO1B1多態(tài)性)可以指導(dǎo)臨床用藥。

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他克莫司藥物代謝基因（CYP3A5）分型（細(xì)胞色素P450 3A5（CYP3A5）基因分型：*1/*1、*1/*3、*3/*3

1.預(yù)測療效。
2.CYP3A5是他克莫司的代謝酶，CYP3A5基因多態(tài)性影響CYP3A5酶的表達(dá)繼而影響他克莫司的代謝。對于含有CYP3A5*3等位基因的患者應(yīng)用他克莫司應(yīng)較常規(guī)降低用量，以減少不良反應(yīng)；含CYP3A5*1等位基因的患者應(yīng)適當(dāng)增加服藥次數(shù)，以減少劑量不足導(dǎo)致的排斥反應(yīng)，檢測CYP3A5多態(tài)性有助于提高他克莫司的療效。

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新生兒耳聾基因檢測

先天性耳聾基因測序

先天性耳聾導(dǎo)致的原因有：遺傳、藥物、感染、疾病、環(huán)境噪聲污染及意外事故等，其中遺傳因素導(dǎo)致的聽力喪失占了50%以上。
遺傳性聽力喪失根據(jù)是否伴有耳外組織的異常或病變可將其分為綜合征性聽力喪失（syndromic hearing loss，SHL）和非綜合征性聽力喪失（nonsyndromic hearing loss，NSHL），其中NSHL占70%以上。NSHL根據(jù)遺傳方式可分為：常染色體隱性遺傳性耳聾、常染色體顯性遺傳性耳聾、X連鎖遺傳性耳聾、Y連鎖遺傳性耳聾和線粒體遺傳性耳聾，其中75－80%為常染色體隱性遺傳，10－20%為常染色體顯性遺傳，X連鎖和線粒體遺傳不到2%。迄今為止，158個非綜合癥性耳聾位點(diǎn)已定位，包括57個常染色體顯性位點(diǎn)、77個常染色體陰性位點(diǎn)、7個X-染色體連鎖位點(diǎn)、2個修飾位點(diǎn)、1個Y-染色體位點(diǎn)和14個線粒體位點(diǎn)。通過位置克隆的方法已確定53個致病基因，包括27個常染色體隱性基因、21個常染色體顯性基因、1個X-染色體連鎖基因和4個線粒體基因。在這些基因中，GJB2，SLC26A4和線粒體12S rRNA基因的研究比較深入，不同種族和不同的人群存在不同的突變形式和突變頻率，是我國最主要的致聾基因。新生兒耳聾基因檢測輔助診斷先天性耳聾和遺傳性耳聾。

34

遺傳性耳聾基因測序

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人類白細(xì)胞抗原HLA基因分型

人類白細(xì)胞抗原（HLA）-A、-B、-DRB1低分辨基因分型（LowResolution Genotyping）

目前公認(rèn)的與骨髓移植（造血干細(xì)胞移植)效果最密切的三個功能基因，它們具有高度多態(tài)性，在不同地域及種族之間存在分布差異，因而在人類遺傳學(xué)、法醫(yī)學(xué)和疾病相關(guān)性研究等多個領(lǐng)域中均具有重要的研究意義和應(yīng)用價值。

36

人類白細(xì)胞抗原（HLA）-A、-B、-C、-DRB1、-DQB1低分辨基因分型

人類細(xì)胞抗原基因系統(tǒng)根據(jù)編碼分子的分布與功能不同，分為I、II、III3大類，HLA-A、B、C屬于I類基因，HLA-A、B、DRB1基因是早期研究的與造血干細(xì)胞移植密切相關(guān)的3個功能基因隨著非血緣造血干細(xì)胞移植的增加，HLA-C、DQB1基因在造血干細(xì)胞移植中的重要性日益受到重視。國外的造血干細(xì)胞移植均對供患者進(jìn)行HLA-A、B、C、DRB1和DQB1高分辨基因配型。

37

人類白細(xì)胞抗原（HLA）-A、-B、-C、-DRB1、-DQB1高分辨基因分型

38

人類白細(xì)胞抗原（HLA）B*27 基因檢測

96%以上強(qiáng)直性脊柱炎HLA-B27基因抗原陽性，且有遺傳傾向。

39

人類白細(xì)胞抗原（HLA）B*57:01 基因檢測

HLA-B*57:01等位基因與阿巴卡韋(Abacavir，ABC)所致的超敏反應(yīng)(HSR)有密切關(guān)聯(lián)，在服用ABC的HSR患者中，HLA-B*57:01等位基因的攜帶率為94.4％。

40

人類白細(xì)胞抗原（HLA）B*58:01 基因檢測

人類白細(xì)胞抗原(HLA)基因與多種藥物不良反應(yīng)有密切的相關(guān)性。其中,針對HLA-B*58:01和HLA-B*15:02等位基因,在服用別嘌呤醇藥物后出現(xiàn)的嚴(yán)重不良反應(yīng)患者中,100%東南亞地區(qū)的患者中存在HLA-B*58:01等位基因；而在服用卡馬西平藥物后出現(xiàn)嚴(yán)重不良反應(yīng)的患者中,至少75%的東南亞地區(qū)的患者中存在HLA-B*15:02等位基因；在未出現(xiàn)不良反應(yīng)的患者中(耐受人群)和正常對照組中,其攜帶率大約為15%和20%：在使用這兩種藥物后,攜帶HLA-B*58:01和HLA-B*15:02的個體較未攜帶這兩種等位基因的個體出現(xiàn)嚴(yán)重毒副作用的機(jī)率顯著增加。在服用別嘌呤醇和卡馬西平藥物之前,國際權(quán)威的一些相關(guān)治療指南大都推薦進(jìn)行HLA-B*58:01和HLA-B*15:02等位基因的檢測,以判斷是否屬于高危人群,以有效降低由該藥物引起的嚴(yán)重不良反應(yīng)。

41

人類白細(xì)胞抗原（HLA）B*15:02 基因檢測

42

地中海貧血基因分型

α-地中海貧血基因分型

地中海貧血(THAC)主要分部在我國海南及兩廣沿海地區(qū)。重癥α地中海貧血可導(dǎo)致死產(chǎn)、死胎,影響孕婦健康。重癥β地中海貧血表現(xiàn)為嚴(yán)重溶血性貧血,肝脾腫大,患者未到成年已夭折。地中海貧血雜合子臨床癥狀輕且可無癥狀,夫婦雙方攜帶,將有1/4生育重癥地中海貧血兒的可能。α-地貧基因分型用于α-地貧的診斷，β-地貧基因分型用于β-地貧的診斷。

43

β-地中海貧血基因分型

44

細(xì)胞色素P450 2C9 基因分型檢測39種細(xì)胞色素P450 2C9（CYP2C9）等位基因（allele）

CYP2C9*1、*2、*3、*8、*11、*13、*14、*16、*19、*23、*27、*29、*31、*33、*34、*36、*37、*38、*39、*40、*41、*42、*43、*44、*45、*46、*47、*48、*49、*50、*51、*52、*53、*54、*55、*56、*58、*59、*60

P450 2C9 是人體中重要的藥物代謝酶，P450 2C9 基因編碼區(qū)的多態(tài)性造成氨基酸序列的變化 , P450 2C9 的底物包括甲苯磺丁脲、 苯妥英、 S2法華令 、 氟西汀、 洛沙坦等。P450 2C9 可被利福平誘導(dǎo) , 被胺碘酮和氟康唑等多種藥物抑制。

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