1945年12月，方強被任命為合江軍區司令，奔赴后方剿匪，擴編武裝力量。

當時的合江地區，匪患猖獗，而軍區部隊只有一支800人的新部隊，戰斗經驗不足。對方強來說是一個不小挑戰，因為他是政工出身，抗戰時期長期干機關，干軍事工作不多。

盡管在后方，可形勢非常嚴峻。轄區有四大土匪，大小匪徒2萬多人。要想完成剿匪任務，需要擴編部隊，省委通過他提交的作戰報告，用6個月從被動轉為主動。如何剿匪，如何擴軍，采取招兵買馬和整編、改造一些所謂投誠武裝為主，目的是快速拉起隊伍與土匪較量。

在實際戰斗中，部隊成分復雜，出現過叛變現象，導致出現過嚴重問題。但也做出過成績，8個月殲滅土匪7600余人，擴編9000余人，

從形勢上并沒有完全轉變敵我態勢。東北全局來看，前線的局勢不樂觀，因為四平保衛戰失利，敵人占領四平，部隊撤出戰斗休整補充。后方不穩定，不能給前線強有力的保障，因此上級調一些將領到后方剿匪，方強從合江軍區司令改為政委，葉長庚從黑龍江軍區司令改為副司令。

在方強擔任政委時，可不是簡單改動職務，而是受到過批判，有人說他右傾路線，主要認為他在擴軍方式有問題，使得有人中途叛變導致剿匪受到影響。實際上，在當時的擴軍方式在其他軍區也用，也出現過他們所出現過的情況，并不能說他有問題。

但是在新司令的率領下，調整剿匪戰術和剿匪政策以及擴軍方式，從1945年8月到1947年2月，半年時間將四大土匪徹底消滅。

1947年2月，上級將他與賀晉年調離，準備讓方強擔任1縱副司令，先在野戰部隊歷練一下，然后獨當一面。可他更愿意到一支新一些到部隊，擔任軍事主官。側面來看，希望在軍事上有所見長。總部首長得知他的想法，安排擔任東滿獨立師師長。

獨立師屬于地方武裝，一般情況下都是區域作戰，作戰任務不大，有時候會配合野戰主力作戰，也都是打援或者打助攻。這非常適合方強，讓他與部隊相互成長，而且戰斗從小規模開始。

1947年6月夏季攻勢中，為奪取中小城市，打通南北滿的聯系，7個主力師打四平，其他部隊重兵包圍長春時，東滿獨立師參加德惠攻堅戰，牽制敵人。2月份4個師打過德惠，因為各種原因沒有取得預定目標。這次繼續打，方強提出作戰方案，上級同意。

經過兩小時的激戰，殲滅敵人一個團1800余人，獲得大量武器裝備。總部首長發電嘉獎：指揮靈活，英勇善戰。

他這一次的戰斗勝利，證明了自己的軍事水平得到認可。

當夏季攻勢結束后，部隊進入休整。8月準備發起秋季攻勢時，組建10縱，將東滿獨立師改為10縱30師，并擔任師長。

從資歷和過去職務來說，當獨立師師長，30師師長都是降職使用，過去人家是合江軍區司令、政委，相當于野戰軍縱隊司令、政委級別。如今當到師長的位置上歷練，在夏季攻勢和秋季攻勢中積累經驗，為1948年遼沈戰役大規模兵團作戰準備。

遼沈戰役后，他也得到提拔，擔任副軍長、軍長，南下中南時擔任44軍軍長獨當一面。