近日,浙江農林大學園藝學院范臻教授團隊在《PNAS》發表了題為“HomoploidHybridization Adds Clarity to the Origins of Octoploid Strawberries”(《同倍體雜交為八倍體草莓起源提供新線索》)的研究成果。該研究提出的整合分析框架通過同步解決祖先物種鑒定、基因滲入檢測及多倍化年代估算,推動了多倍體基因組分析的發展,并為研究其他因雜交和不完全譜系分選而難以厘清進化關系的多倍體體系提供了方法論參考。
解析多倍體物種如栽培草莓(八倍體)的復雜進化史具有挑戰性,這既源于潛在祖先物種的數量繁多,也因不同或相同倍性水平間可能存在雜交事件。本研究結合網狀系統發育學與群體混合分析,闡明了八倍體草莓的起源,并發現其多倍化前,A亞基因組的祖先存在來自于其它二倍體物種的基因滲入。這為近年來圍繞八倍體草莓的二倍體祖先物種鑒定所展開爭論提供了新的解釋。
此外,作者基于長末端重復序列轉座子的插入時間,估算八倍體草莓及其中間六倍體和四倍體祖先分別形成于約80萬年前、200萬年前和300萬年前。這些結果不僅調和了先前關于亞基因組起源的爭議,還揭示了同倍體雜交在草莓屬(Fragaria)進化中被低估的作用。
浙江農林大學為該論文第一單位和通訊作者單位,浙江農林大學園藝學院范臻教授為論文的第一作者兼共同通訊作者,美國俄勒岡州立大學的Aaron Liston教授和佛羅里達大學的Vance Whitaker教授為共同通訊作者。佛羅里達大學的Douglas Soltis教授和Pamela Soltis教授,匹茲堡大學的Tia-Lynn Ashman教授,以及已退休的Kim Hummer教授參與了本研究。本研究得到了農林大學人才啟動項目等資助。
論文鏈接:
https://www.pnas.org/doi/10.1073/pnas.2502814122
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