由于太平天國的興起以及英法兩國的入侵，清廷不僅在第二次鴉片戰爭中陷入兩線作戰，財政負擔以及軍事壓力也更甚于第一次鴉片戰爭。那么困境中的清廷是如何抉擇和求生的呢？

以一系列天津條約的簽訂為標志，第二次鴉片戰爭可以分為“第一次全面作戰、換約作戰和第二次全面作戰”三個階段。

1856年10月到1858年6月為“第一次全面作戰階段”，雙方的交戰地主要在廣州。雖然此階段中清軍屢戰屢敗，但不僅朝廷未派出援軍，兩廣總督葉名琛也沒有調集自己轄區的軍事資源以加強廣州的防御。

現在有些人把這歸咎于葉名琛的懦弱懼戰，鴕鳥般的選擇“不戰”奢求英法主動放過，這其實很沒道理。1854年“紅兵大起義”期間，面對廣州外圍十幾城的淪陷和數萬叛軍圍城，葉名琛一點也不慫，不僅組織近十萬清軍平叛，他也在平叛期間獲取“廣州屠夫”的名號。

葉名琛選擇不戰的主要原因，是他對英法兩國的目的產生了誤判。

葉名琛認為英法挑起事端是為了以武力恫嚇，實現“入城”的目的。他覺得只要自己像前任總督徐廣縉那樣，以強硬態度和貿易威脅（關閉粵海關）就能消磨掉英法的意志從而“不戰而屈人之兵”。

注：《中英南京條約》賦予了英國派遣代表常駐通商城市的權利，但傳統的禮教觀、天下觀讓清朝官民普遍接受不了洋夷入城混居，條約簽訂后這一條款一直未得到執行。

戰爭初期，英法聯軍由于兵力不足，戰斗規模不大、持續時間也不長，又讓葉名琛進一步肯定了自己的判斷。所以他才會向朝廷奏報廣州“足敷防守”，所以他才不愿意求援或者集中兩廣地區的軍事資源，為因平叛（太平天國）而捉襟見肘的朝廷節約資源。

朝廷方面的態度和葉名琛差不多，也不覺得英法是來攻城掠地的。而且在朝廷看來即便最終廣州“不可守”，同意西夷入城就可以解決爭端。

1857年12月廣州淪陷，次年5月英法聯軍北上以及第一次大沽之戰失敗后，清廷才明白英法美俄等國的核心目的不是“入城”而是“修約”。現今會覺得各國的修約要求本身就是不平等和屈辱，但不見得當時的清廷也這么認為。

清廷的視角下，各國的修約要求和第一次鴉片戰爭后簽訂的南京、望廈、黃埔等條約沒有本質區別。而且相較于組織軍隊收復廣州，先不說能不能打贏，相關戰爭開銷清廷也覺得比修約帶來的直接損失要大。

所以“攘外必先安內”，還是先集中力量鎮壓太平天國和捻軍更重要。

1858年7月至1859年10月為“換約作戰階段”，此階段清廷對戰爭的態度可以說是“割裂”的。

原本隨著一系列天津條約的簽訂，清廷和列強完成換約后，就可專心彈壓內亂。但是咸豐還是難以接受“公使駐京”這一款，“夷人駐京，則中國為外夷所監守，自古無此體制，萬不可行”。

這期間朝堂官員（主要為清流、言官）大多態度強硬，“臣不知進京之后，我皇上以何禮見之”。地方督撫則更多顧慮太平天國的壓力以及震驚于咸豐開出的交換條件（豁免關稅），希望皇帝以大局為重“暫緩宣布”。

最終“重新修約”的意見還是占了上風，其后清廷和列強（主要是英法）因修約談判而關系持續惡化，并最終爆發第二次大沽口之戰（此役英法戰敗）。但這并不意味著清廷在兩線作戰中的重心發生了變化。

首先，面對將要重新集結并北上報復的英法聯軍，清廷并未抽調大軍參與防御，駐防大沽口至天津一線的清軍總數不到兩萬人。與之對比，幾年前為應對太平天國的北伐軍，清廷幾乎抽調了北方的全部機動力量，近二十萬兵力。

這其中的原因有清廷的盲目自信，認為洋夷只能逞強于海上；有判斷失誤，認為洋夷只是恫嚇施壓 … 但也有清廷認為列強的“危害”遠不如太平天國的原因。

其次，即便獲取第二次大沽口之戰的勝利，清廷也沒有乘勝收復廣州的計劃。而且為了不讓矛盾繼續升級，清廷還在繼續聯系英法并希望他們完成換約（前提是同意去除公使駐京、長江通商等四款）。

最后，清廷在“第二次全面作戰階段”（1859年11月至1860年10月）的表現也證明他們在主動約束戰爭規模以及更在意鎮壓內亂。

1860年4月，英法聯軍再次占領舟山、芝罘、大連灣等地，清軍基本沒有抵抗，只是靜待敵軍自退。福山、金州等地相持時，清軍也僅有千余。而同一時期為對付山東、河南的捻軍，朝廷調動兵馬動輒以萬計。

整個第二次鴉片戰爭最奇特的地方是，英法聯軍將前線基地和兵站設置在“敵國”自控的領土 – 上海。兩江總督何桂清并未否認自己的“見敵不戰”，他奏報給朝廷的理由主要有兩條。

一是，江浙地區的軍隊和軍事資源全投入到南京一帶太平天國戰場，無兵在上海戰守，開戰必敗。二是，一旦開戰必絕通商、貿易。若關稅全無，江南、江北大營的糧餉該從何處籌集？咸豐深以為然。

1860年英法聯軍欲北上大舉進犯京津時，因怕太平軍東進時無力抵擋，何桂清還聯系英法公使商談“借師助剿”。當年8月留在上海的英法軍隊（英軍1300人、法軍600人）也協助清軍擊退了太平軍向上海的進攻。

1860年9月22日，得知八里橋慘敗的咸豐出奔熱河，10月6日京師淪陷。但清廷并未號召天下勤王，咸豐也未直接從太平天國、捻軍戰場抽調兵力，他只是傳令部分督撫、將軍募集練勇后“克日赴京”。

一方面部分督撫反因冷淡。如漕運總督袁甲三只派出一千二百人，曾國藩因鎮壓太平軍吃緊直接無視了詔令。另一方面，咸豐對于“自告奮勇”的督撫也很冷淡，如咸豐就回絕了河南巡撫慶廉帶兵勤王的請求。

這不是朝廷已失去綱常，約束不了封疆，而是顧慮著內亂。從咸豐拒絕慶廉的理由就可以很清晰的看出這一點，“捻逆一聞此信，乘機北竄，尤為可慮”。

所以第二次鴉片戰爭中，清廷一直未將英法等列強視為首要敵人，也不愿意把軍事重心從太平天國、捻軍轉移到英法聯軍身上。

因為清廷清楚，太平軍、捻軍的目的是摧毀朝廷和奪取皇權，除了“你死我活”沒有其它選擇。而英法等列強的核心要求是更多的獲取商業利益，而不是覆滅大清奪取皇權。因此兩害取其輕時，清廷的選擇是不言而喻的。