吳元年九月初一，朱元璋依周制在應天府設立吳太廟，采用“都宮別殿制”為四親（高祖、曾祖、祖父、父親）各建一殿以奉安神主并享受祭祀。洪武元年朱元璋登基稱帝后，追封四親為皇帝并改吳太廟為明太廟。

洪武八年朱元璋以地址不適為由，重建了明太廟并將規制改為“同堂異室九廟制”。奉安入太廟的神主不再分居各殿，合祀于太廟正殿。諸神主以德祖為始祖居首（正中）、左昭右穆的形式分居正殿九室之中。

注：周禮規定天子七廟，除始祖外，二世、四世、六世為“昭”，三世、五世、七世為穆。按照朱元璋的擴展，八世和九世也被納入昭穆之列。

此時明朝太廟正殿內的神主布局如下圖所示。

洪武三十一年閏五月，皇太孫朱允炆登基。建文帝先是為祖父上廟號“太祖”，然后又追封自己的父親朱標為明興宗，與太祖一起升祔太廟。建文四年，燕王朱棣篡奪皇位后，不僅革除朱允炆的皇帝名號，還將自己大哥朱標的神主移出了太廟。

永樂四年，朱棣下詔遷都北京。在營建北京城的過程中，以南京太廟為藍本在北京興建新太廟。永樂十九年正月初一，朱棣親奉南京太廟神主入祀北京太廟，明朝也開啟了雙廟模式（雖未關停但南京太廟實際處于閑置狀態）。

此時北京太廟正殿的神主位置如下圖所示。

此后新皇登基均會依制奉安先帝神主入祀太廟，直至弘治朝出現了新情況 – 太廟正殿滿了，明憲宗（朱見深）該怎么入廟呢？

經朝堂激烈討論，確定了以下原則。一，仍以德祖（朱百六）為始祖；二，新神主升祔太廟時，依“親盡則祧”的原則將親緣最遠的神主祧出；三，因太祖、太宗功業甚偉，比照周文王例定為“百世不祧”。

隨后弘治帝下旨在太廟正殿以北另建祧殿，落成后將懿祖（朱四九）遷祧到祧廟，德祖以下神主依次前移一室，然后將憲宗神主升祔入太廟正殿。此后孝宗、武宗也依此規則分別入祔太廟。

嘉靖帝登基時又出了新狀況，外藩入嗣的朱厚璁想讓自己的生父（興王朱祐杬）成為皇帝并升祔太廟。

首先，嘉靖帝通過“大禮議”的勝利，認回了自己生父并為其加尊號“皇考恭穆獻皇帝”。然后以方便祭祀父皇為由，在太廟邊上為獻皇帝單獨修建了“世廟”。

接著，嘉靖帝又盯上了弘治朝大討論時留下的一個爭議 – 德祖應不應該以始祖的身份在太廟正殿居首。

依照“祖有功宗有德”的原則，一朝太祖才更有資格成為始祖，所以明太祖朱元璋才更應該作為大明的始祖在太廟居首。

丙戌敕諭禮部曰：“朕惟郊廟之祀未有不同，所以尊事天地祖宗者也，惟太廟享祀制宜未稱孝敬之情。仰惟朕太祖高皇帝重辟宇宙，肇運開基。圣德豐隆，神功偉盛。顧不得南面居尊，甚非所宜。當朕圣祖在御，固宜尊德祖居尊。其在今日，以朕圣祖居始祖之位，每歲孟春行持享之禮。自太宗而下并各居一幄而仍同日行禮 ……”
《明世宗實錄·卷一百二十一》

嘉靖帝就逮著這個漏洞做文章，在嘉靖十年將德祖祧出太廟并尊太祖為始祖。至此朱元璋追尊的四親全部祧盡，太廟正殿里也空出了一個位置。

嘉靖十三年南京太廟因火災被焚毀，嘉靖帝以需應天意變革廟制為由，下令將北京太廟的“同堂異室合祀”改回為“都宮別殿群廟分祀”。以太祖神主居首，太宗神主居左（稱文祖世室），其右空缺。

最后以仁宗神主居左昭第一位，在文祖世室之下；以宣宗神主居右穆第一位，以下四廟依序排列。這樣每個皇帝單獨一廟，世宗后面將自己父親升祔入廟也就不會顯得那么突兀了。

嘉靖十七年六月，致仕揚州府同知豐坊上疏朝廷，“孝莫大于嚴父，嚴父莫大于配天。請復古禮、建明堂。加尊皇考獻皇帝廟號，稱宗以配上帝”。

“明堂”是一種祭天的禮制，皇帝在祭祀時需挑選一位先皇（始祖除外）與他同祭。只是到明朝這種制度早已荒廢，這位先皇怎么選有點說不清楚了。豐坊的意思是嘉靖帝應該依親疏選自己的父親，這也是一種孝的表現。

嘉靖帝立即傳旨禮部盡快拿出具體方案，但朝堂上下基本沒人支持。大怒的世宗以廷杖和直接的言語威脅（主要是威脅嚴嵩和徐階），“文皇帝誰之祖，獻皇帝誰之父”，最終迫使朝廷屈服妥協。

注：對于豐坊提出的明堂，以戶部左侍郎唐胄為代表的部分官員，覺得應當依功績選著太宗朱棣，“只以有功之祖配 ... 明堂之配不專于父明矣”。嘉靖帝無法否認這一點，只得升級朱棣的廟號提高祭祀規格以為補償。

吏部尚書徐階奏請改太宗廟號為“成祖”，并為獻皇帝加廟號“睿宗”。獻皇帝朱祐杬的神主得以升祔太廟，與其兄孝宗（朱祐樘）同廟異室，位在孝宗神主之下。

嘉靖二十年京師太廟毀于大火（九廟燒毀了八廟），世宗以上天示警以及重建群廟耗資甚繁為由，再次變革廟制。他將“都宮別殿制”重新改回為“同堂異室制”，同時世宗又提出各室不論昭穆（這是孝宗和睿宗共居一廟的原因），只序倫理。

這樣太廟神主以太祖居中，左序成祖、宣宗、憲宗、睿宗，右序仁宗、英宗、孝宗、武宗。世宗終于實現了讓生父成為皇帝，并升祔太廟獨占一室的目標。

弄完這些之后，世宗并不放心。他怕自己駕崩后，朝臣直接越過次序將其父給祧出太廟。嘉靖二十六年方皇后的病逝，給了世宗一個上保險的機會。

在明朝元后享有三項特殊待遇，“系帝謚、合葬、祔太廟”，世宗要借“祔太廟”來做文章。他先是傳旨禮部，“以元后之禮喪之”。待禫祭（除喪服之祭）后直接詢問徐階，方氏的祔廟之禮準備如何安排布置。

徐階最初以待皇帝身后再行定奪來推脫，世宗怒斥“后位即朕之位序也”，并給徐階扣了頂滅族的帽子。說他不想辦皇后袱廟之事，實際是“視朕猶閏位 … 爾等懷二之心牢至于今耶”。

徐階不得不跪服，上奏要求祧仁宗神主，并升祔孝烈皇后入太廟，“今仁宗為皇上五世祖，以圣躬論，仁宗于禮當祧，孝烈皇后于禮當祔。請祧仁宗，祔孝烈皇后于太廟第九室”。

這樣就讓方皇后提前在太廟里給自己占好位置，待自己駕崩時，嗣皇帝和朝廷也不需考慮祧廟之事，睿宗的神主也基本不會被提前祧出了（隔代之后朝廷也不會再折騰此事）。后續的歷史也確實如此，沒人再折騰太廟了。直至明朝覆滅，睿宗的神主也安然呆在太廟正殿。