修昔底德之所以如此在意雅典和斯巴達(dá)之間的大戰(zhàn)，是因?yàn)樗o希臘帶來(lái)了巨大災(zāi)難。首先。它規(guī)模宏大，交戰(zhàn)雙方勢(shì)力都如日中天，全面?zhèn)鋺?zhàn)，其他的希臘人也紛紛加入這一方或那一方。所以，它是一場(chǎng)把整個(gè)希臘都拖入戰(zhàn)爭(zhēng)泥潭的大混戰(zhàn)。其次，戰(zhàn)爭(zhēng)引起了許多城邦內(nèi)部的嚴(yán)重沖突：有人支持雅典，有人支持斯巴達(dá)，兩派都各盡所能，導(dǎo)致每個(gè)城邦都分成不同派別，相互混戰(zhàn)，從此讓城邦再無(wú)寧日，造成了無(wú)數(shù)的生命和財(cái)產(chǎn)損失。第三，這場(chǎng)戰(zhàn)爭(zhēng)曠日持久。過去的戰(zhàn)爭(zhēng)一般都是一次或幾次戰(zhàn)斗就結(jié)束，而這場(chǎng)戰(zhàn)爭(zhēng)，用修昔底德自己的話說(shuō)，帶來(lái)的苦難也前所未有：

從來(lái)沒有如此多的城市被攻占、被廢棄，有的是蠻族干的，有的是相互交戰(zhàn)的希臘人干的。有些被攻占之后，當(dāng)?shù)卦瓉?lái)的居民甚至換成了外來(lái)人。從來(lái)沒有如此多的人逃離家園，從來(lái)沒有如此多的人遭殺戮，有的就在戰(zhàn)爭(zhēng)當(dāng)中，有的則是由于內(nèi)亂之故。希臘人的內(nèi)亂，還引來(lái)了蠻族的介入。雖然修昔底德沒有明確提及，但這里的蠻族顯然包括諸如馬其頓人和色雷斯人的雇傭兵，還有后來(lái)的波斯。各種天災(zāi)人禍，也都因?yàn)閼?zhàn)爭(zhēng)的緣故變得更加頻繁。

從修昔底德的敘述看，他把沖突分成兩個(gè)層次。一是不同城邦之間的沖突，一是同一城邦內(nèi)部不同集團(tuán)的公民之間的沖突。伯羅奔尼撒戰(zhàn)爭(zhēng)期間，斯巴達(dá)和雅典雙方都采取行動(dòng)，攻擊對(duì)方的盟友，不少國(guó)家被滅國(guó)。例如斯巴達(dá)人攻占普拉提亞后，把普拉提亞城夷為平地。公元前405年，斯巴達(dá)統(tǒng)帥呂桑德?lián)魯⊙诺渑炾?duì)，處死了大部分雅典人，并將在愛琴海各個(gè)地區(qū)居住的海外雅典人全部驅(qū)逐回雅典。雅典人做得也并不更好。他們?cè)诒破炔ㄌ岬襾喨送督岛螅?guī)定投降者只能穿一件衣服離開，隨后將當(dāng)?shù)赝恋負(fù)?jù)為己有。在鎮(zhèn)壓米提萊奈暴動(dòng)后，雅典一度打算將米提萊奈所有成年男性處死，后來(lái)雖然修改了決議，但還是打算處死3000人。公元前416年左右，雅典人攻占米洛斯島，將島上的成年男性屠殺殆盡，其余幸存者被賣為奴隸。隨著戰(zhàn)爭(zhēng)的深入，更多城邦被攻陷，更多的公民淪為流亡者。

修昔底德所說(shuō)的第二種內(nèi)戰(zhàn)，即城邦內(nèi)部的沖突更加可怕，甚至超過城邦與城邦之間的滅國(guó)行動(dòng)。修昔底德說(shuō)，戰(zhàn)爭(zhēng)爆發(fā)以后，很多城邦內(nèi)部都出現(xiàn)了支持雅典和斯巴達(dá)的派別。雙方為了爭(zhēng)奪權(quán)力，或者為了自己的安全，往往對(duì)對(duì)手毫不留情地屠殺：整個(gè)希臘世界都被攪得天翻地覆。民眾派的領(lǐng)袖將雅典人引入國(guó)內(nèi)，寡頭派則引入斯巴達(dá)人，到處都是這樣。和平時(shí)期，既沒有借口，也沒有愿望邀請(qǐng)外人進(jìn)來(lái)。但是在戰(zhàn)爭(zhēng)中，當(dāng)國(guó)內(nèi)的某一派可以引入盟友以禍害對(duì)手、為自己贏得優(yōu)勢(shì)之時(shí)，對(duì)于想要采取激烈行動(dòng)的派別而言，引入雅典人或者斯巴達(dá)人就順理成章了。修昔底德特別記錄了科西拉的內(nèi)亂。科西拉地處希臘西北部，處在從希臘前往意大利的航路上，人口眾多，經(jīng)濟(jì)繁榮。然而，這個(gè)城邦內(nèi)部的不同集團(tuán)，因?yàn)榉謩e支持雅典和斯巴達(dá)的緣故，在戰(zhàn)爭(zhēng)初年就陷入了嚴(yán)重對(duì)立，雙方都對(duì)對(duì)方大開殺戒，而且根本不講法治，手段也極其殘忍。內(nèi)戰(zhàn)過程中，甚至出現(xiàn)了父子相殘的情況；人們即使躲進(jìn)了有庇護(hù)權(quán)的神廟，也會(huì)被拖出來(lái)，在神廟旁邊殺害，甚至就在神廟里遭到屠殺。還有些人眼看無(wú)望，被迫自殺以免受到折磨。更糟糕的是，爆發(fā)內(nèi)戰(zhàn)的不止科西拉一個(gè)城市，且殘酷程度可能猶有過之。修昔底德雖然沒有具體描寫這些內(nèi)戰(zhàn)，但給了我們一個(gè)概括性的結(jié)論：一個(gè)接一個(gè)的城邦爆發(fā)了內(nèi)亂，較晚爆發(fā)內(nèi)亂的城邦的人們探聽到之前人們的做法時(shí)，越發(fā)挖空心思、花樣翻新地謀害、報(bào)復(fù)他人。

根據(jù)修昔底德的描寫，內(nèi)戰(zhàn)造成的不僅有大量生命和財(cái)產(chǎn)的損失，還有人性的改變。和平時(shí)代被認(rèn)為良好的品行，在內(nèi)戰(zhàn)中被鄙視，而那些被認(rèn)為惡劣的品行，在內(nèi)戰(zhàn)中大行其道。用他自己的話說(shuō)，過去不瞻前顧后的侵略行為，現(xiàn)在成了勇敢的象征；考慮將來(lái)而等待時(shí)機(jī)的人，則成了懦夫；不愿走極端的人被認(rèn)為軟弱無(wú)能，狂熱的激情成了大丈夫的標(biāo)志。主張激烈行動(dòng)的人總是被信任，陰謀成功是智慧的標(biāo)志。所有人都希望先發(fā)制人，以應(yīng)對(duì)那些正在作惡或根本無(wú)意作惡的人。家族關(guān)系不如派別關(guān)系牢固，因?yàn)榕蓜e的成員更愿意為任何理由趨于極端。他們之間相互信任不是因?yàn)樗麄兪羌彝コ蓡T或?qū)儆谕粋€(gè)宗教團(tuán)體，而是因?yàn)樗麄兪欠缸锏幕锇椤＜词闺p方訂立了和約，也根本靠不住，因?yàn)樗麄冇X得，乘人不備發(fā)起攻擊，比公開報(bào)復(fù)敵人更加讓人快樂。利用詭計(jì)取得勝利被稱為精明，魯莽行動(dòng)因?yàn)楦矣趧?dòng)手受到青睞。總之，在修昔底德筆下，戰(zhàn)爭(zhēng)完全顛覆了希臘人所有的認(rèn)知和信仰，把希臘城邦變成了罪犯的大本營(yíng)。過去那個(gè)靠公民自律和習(xí)慣保持團(tuán)結(jié)的城邦，如今一去不復(fù)返了。