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Nature:NINJ1——細胞膜上的“致命開關”,決定細胞在暴力拉扯下何時“粉身碎骨”

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這項研究告訴我們,細胞的死亡并非一個簡單的過程,而是一場由內在生物化學信號和外在物理力量共同導演的復雜戲劇。

我們的身體由數萬億個細胞構成,每個細胞都像一座微型城市,而將這座城市與外界隔開的,就是一層薄如蟬翼卻至關重要的“城墻”——細胞膜 (plasma membrane)。它不僅維持著細胞內部環境的穩定,更是無數生命活動發生的舞臺。然而,這道屏障并非堅不可摧。從我們跑步時肌肉的收縮,到血管中血液的沖刷,再到意外的物理創傷,細胞無時無刻不在承受著各種機械力的“考驗”。當這些力量大到一定程度,細胞膜就會像被戳破的氣球一樣破裂,導致細胞死亡。但一個根本性的問題長久以來困擾著研究人員:細胞膜究竟是如何感知并響應這些機械力的?是否存在特定的分子,像“保安”一樣調控著這道“城墻”的堅固程度?

最近,一篇發表在《自然》(Nature)上的研究“NINJ1 regulates plasma membrane fragility under mechanical strain”,為我們揭開了一個驚人的秘密。研究人員發現了一個名為NINJ1的蛋白,它就像一個預埋在細胞膜上的“易碎開關”,精確地調控著細胞在機械應力下的脆弱程度,決定了細胞何時會走向“粉身碎骨”的最終命運。

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打造“細胞健身房”:如何在高通量下給細胞“上壓力”?

要研究機械力如何導致細胞膜破裂,首先需要一個能對細胞施加精確、可控的機械拉伸的工具。想象一下,如果我們要測試成千上萬種不同基因對細胞膜強度的影響,就需要一個能同時對大量細胞進行“體能測試”的平臺。然而,市面上并沒有現成的設備能滿足這種高通量的需求。

面對這一挑戰,研究團隊展現了其巧妙的工程設計能力。他們自主研發了一套高通量細胞拉伸系統。這個系統的核心是一個特殊的384孔板,其底部不再是堅硬的塑料,而是一層超薄、透明且富有彈性的硅膠膜,學名為聚二甲基硅氧烷 (polydimethylsiloxane, PDMS)。培養的細胞會像貼紙一樣牢牢地附著在這層彈性膜上。

測試時,一個真空裝置會從孔板上方施加負壓。在真空吸力的作用下,底部的彈性PDMS膜會向上凸起、拉伸,附著在上面的細胞也隨之被“扯開”。真空的強度越大,膜的拉伸程度就越高,細胞承受的機械應力也就越強。通過有限元分析 (Finite element analysis, FEA)和顆粒圖像分析,研究人員證實該系統可以產生非常大的應變,例如,在-40千帕 (kPa)的中等真空度下,就能讓細胞膜產生超過50%的拉伸,這足以模擬劇烈的生理或病理過程。這個系統不僅可以配合顯微鏡對單個孔進行細致觀察,還能與讀板機聯用,實現對整板384個樣本的同步快速檢測,堪稱一個高效的“細胞健身房”。

大海撈針:在2726個基因中鎖定“頭號嫌疑人”NINJ1

有了強大的工具,下一步就是找出調控細胞膜機械敏感性的關鍵基因。研究人員推斷,那些深深嵌入細胞膜的跨膜蛋白 (multi-pass transmembrane proteins)最有可能扮演這一角色。

為了驗證這一猜想,他們設計了一個篩選實驗。他們構建了一種特殊的HeLa細胞,這種細胞能持續表達一種對陰離子(如氯離子)高度敏感的黃色熒光蛋白 (yellow fluorescent protein, YFP)。正常情況下,細胞內的氯離子濃度很低,YFP發出明亮的黃光。一旦細胞膜受損,胞外高濃度的氯離子就會涌入,與YFP結合,導致其熒光迅速淬滅變暗。因此,YFP熒光的減弱程度,就成了衡量細胞膜損傷的“指示器”。

實驗發現,當施加40%或更低的拉伸時,YFP熒光雖然會變暗,但這種變化可以被一種名為DCPIB的廣譜性氯離子通道抑制劑所阻斷。這表明,在溫和的拉伸下,氯離子是通過特定的離子通道進入細胞的。然而,當拉伸強度達到50%時,情況發生了質變。YFP熒光發生了劇烈且不可逆的淬滅,并且DCPIB也無力回天。同時,被拉伸的細胞能被臺盼藍 (Trypan Blue)和DRAQ7這兩種染料染色——這兩種染料都無法穿透完整的細胞膜。所有證據都指向一個結論:在50%的劇烈拉伸下,細胞膜上出現了物理性的破口或撕裂,這正是研究人員想要尋找的現象。

于是,一場規模宏大的“基因海選”開始了。研究人員準備了一個包含10,843種不同siRNA(小干擾RNA,可以特異性地“沉默”某個基因)的文庫,這些siRNA靶向了2,726個編碼多重跨膜蛋白的基因。他們將這些siRNA分別點入384孔拉伸板中,然后鋪上能夠表達敏感YFP的HeLa細胞。經過72小時的培養,待特定基因被沉默后,他們對整板細胞施加了50%的致命拉伸,并監測YFP熒光的淬滅情況。

邏輯很簡單:如果沉默某個基因后,細胞在同樣的拉伸下YFP熒光淬滅程度顯著減弱,就說明這個基因很可能是促進細胞膜破裂的“元兇”。經過多輪篩選和嚴格的復核驗證,一個基因從數千個候選中脫穎而出,成為了唯一的“頭號嫌疑人”——NINJ1。值得一提的是,研究人員也測試了著名的機械力感應離子通道PIEZO1和PIEZO2,但發現沉默它們對這種劇烈拉伸下的細胞膜破裂沒有任何影響,這更凸顯了NINJ1在這一過程中的獨特性和關鍵性。

NINJ1:細胞膜上的“易碎貼”,越多越脆弱

鎖定了NINJ1后,研究人員開始深入探究它與細胞膜脆弱性之間的關系。他們首先通過多種方法驗證了篩選結果的可靠性。在HeLa細胞中,使用siRNA敲低NINJ1的表達后,再施加50%的拉伸,細胞的乳酸脫氫酶 (lactate dehydrogenase, LDH)釋放量(細胞破裂的經典指標)和DRAQ7陽性細胞(細胞膜破損的標志)的比例都顯著下降。這表明,沒有了NINJ1,細胞膜確實變得更“抗揍”了。

這個現象是否具有普遍性?研究人員將目光投向了原代細胞。他們從小鼠骨髓中分離出單核細胞 (bone marrow-derived monocytes, BMDMs),并使用了NINJ1基因敲除(Ninj1-/-)的小鼠。結果發現,在45%的拉伸下,來自基因敲除小鼠的單核細胞,其LDH釋放和DRAQ7陽性率遠低于野生型小鼠的細胞。這證明NINJ1的作用并非局限于某種癌細胞系,而是在生理相關的免疫細胞中同樣存在。

那么反過來,如果增加NINJ1的表達,細胞膜會變得更脆弱嗎?答案是肯定的,而且效果驚人。研究人員在HEK-293T細胞中強制過表達NINJ1,發現即便沒有施加任何額外的機械力,僅僅是常規的細胞培養操作(如吹打、換液)所帶來的微小擾動,就足以導致大量細胞死亡,其培養上清中的LDH水平急劇升高。通過qPCR檢測,他們發現NINJ1的mRNA水平暴增了250倍。熒光顯微鏡下,可以看到過表達的NINJ1-mCherry在細胞膜上形成了明顯的聚集斑點,一些細胞甚至出現了“起泡”或“鼓包”的形態,仿佛隨時都要破裂。

為了更精確地控制NINJ1的表達量,研究人員構建了一個可以被藥物多西環素 (Doxycycline)誘導表達NINJ1的細胞系。通過給予不同濃度的多西環素,他們可以像調節音量一樣,精確地控制NINJ1蛋白的產量。結果清晰地呈現出一種“劑量-效應”關系:NINJ1的表達水平越高,細胞在越低的拉伸強度下就越容易破裂。例如,在45%的拉伸強度下,未經誘導的細胞安然無恙,而經過300 ng/mL多西環素誘導、高表達NINJ1的細胞則出現了大規模的死亡。

為了進一步排除細胞類型差異帶來的干擾,研究團隊進行了一項極為巧妙的實驗。他們選取了骨肉瘤細胞系143B,通過單細胞克隆技術,分離出18個內源性NINJ1表達水平各不相同的亞克隆。這些細胞擁有完全相同的遺傳背景,唯一的顯著差異就是NINJ1的“出廠設置”不同。隨后,他們對這18個亞克隆施加了55%的拉伸。結果發現,細胞的破裂率(以LDH釋放量和DRAQ7陽性率為指標)與其內源NINJ1的mRNA水平呈現出驚人的一致性。NINJ1表達水平越高的克隆,就越不耐受拉伸。

這些環環相扣的證據,共同指向了一個堅實的結論:NINJ1是細胞膜機械脆弱性的一個關鍵決定因素,它的表達量與細胞膜的“抗擊打能力”成反比。NINJ1就像一張貼在細胞膜上的“易碎貼”,貼得越多,這塊區域就越脆弱。

撕開偽裝:在“裸奔”的細胞膜上驗證NINJ1的純物理破壞力

NINJ1是如何讓細胞膜變得脆弱的?一種可能是它影響了細胞內部的支撐結構,比如肌動蛋白或微管等細胞骨架 (cytoskeleton)。另一種更直接的可能是,NINJ1本身就像一個“楔子”,直接破壞了細胞膜脂雙層的物理完整性。

為了區分這兩種可能,研究人員使用了一種名為巨型質膜囊泡 (giant plasma membrane vesicles, GPMVs)的研究工具。GPMVs是通過化學方法誘導細胞膜“出泡”形成的微小囊泡,它保留了細胞膜上的蛋白和脂質,但其內部幾乎沒有細胞骨架等復雜結構,可以看作是“裸奔”的、純粹的細胞膜。

他們從高表達或低表達NINJ1-mCherry的HeLa細胞中制備了GPMVs,然后用一根極細的玻璃微吸管吸住囊泡。接著,他們逐漸增加吸管內的負壓,對囊泡施加吸力,直到囊泡最終破裂。這個過程中,囊泡破裂前所能承受的最大膜張力被稱為“裂解張力 (lysis tension)”,它可以精確地量化膜的物理強度。

那些來自低表達NINJ1細胞的囊泡非常堅韌,需要很高的負壓才能將其吸破;而那些來自高表達NINJ1細胞的囊泡則異常脆弱,稍加吸力就“應聲而破”。通過對大量囊泡的數據進行統計分析,研究人員發現,囊泡膜上的NINJ1-mCherry熒光強度(代表NINJ1的含量)與裂解張力呈現出顯著的負相關。NINJ1越多,膜的物理強度就越低。

為了進一步確認這個效應是NINJ1特有的,他們還測試了NINJ1的一個關鍵位點突變體(K45Q),這個突變體已知會喪失其生物學活性。結果,表達該突變體的囊泡和低表達NINJ1的囊泡一樣堅韌。他們還測試了過表達PIEZO1蛋白的囊泡,發現其裂解張力與PIEZO1的表達量毫無關系。

這個GPMV實驗的證據是決定性的。它證明了NINJ1是通過一種直接的、純物理的方式來削弱細胞膜的強度,而無需細胞骨架等其他組件的參與。NINJ1本身,就是那個讓細胞膜變得不堪一擊的“內鬼”。

壓死駱駝的最后一根稻草:焦亡中的細胞,等待機械力的“致命一擊”

NINJ1最初被發現與一種名為“細胞焦亡” (pyroptosis)的程序性細胞死亡有關。在焦亡過程中,細胞膜上會形成由GSDMD蛋白構成的大孔道,導致細胞腫脹、內容物泄漏,并最終由NINJ1介導發生徹底的膜破裂。那么,在焦亡這個復雜的生物學場景中,機械力又扮演了什么角色呢?

研究人員用尼日利亞菌素 (Nigericin)誘導THP-1單核細胞發生焦亡。他們觀察到一個非常有趣的現象:這些細胞在被誘導后,迅速膨脹成一個“氣球”,細胞膜也變得千瘡百孔,能夠讓LDH和DRAQ7進入,但它們卻遲遲沒有發生完全的破裂。即使在48小時后,大多數細胞依然維持著這種“腫而不破”的“僵尸”狀態。這說明,在焦亡過程中,即使NINJ1被激活,單靠它自身的力量似乎并不足以讓細胞膜徹底瓦解。

研究人員猜測,還需要一個“外力”來完成這“致命一擊”。于是,他們將這些處于焦亡狀態的細胞置于一個模擬體內血流的層流體系中,對它們施加不同強度的流體剪切力 (shear stress)。剪切力是懸浮細胞(如血液中的免疫細胞)在血管中流動時感受到的主要機械力。

結果戲劇性地發生了。在低剪切力(相當于大靜脈中的流速,約414 s?1)下,大部分焦亡細胞依然能保持其氣球狀形態。然而,當剪切力增加到相當于微動脈中的高流速(約2073 s?1)時,驚人的一幕出現了:約90%的野生型焦亡細胞瞬間“灰飛煙滅”,細胞膜完全消失,只剩下裸露的細胞核。

NINJ1是否是這一過程的關鍵?研究人員利用NINJ1基因敲除的THP-1細胞重復了該實驗。結果發現,在同樣的高剪切力下,超過60%的NINJ1敲除細胞竟然“幸存”了下來,依然保持著完整的“氣球”形態。這清晰地表明,NINJ1是細胞在機械力作用下發生最終破裂的決定性因素。

這一發現的生物學意義是深遠的。細胞破裂不僅僅是細胞自身的終結,更重要的是它會向周圍環境釋放大量的損傷相關分子模式 (damage-associated molecular patterns, DAMPs),如DNA-組蛋白復合物。這些大分子DAMPs是強效的炎癥信號,會招募更多的免疫細胞,引發劇烈的炎癥反應。研究人員進一步檢測了細胞破裂后釋放到培養基中的雙鏈DNA (dsDNA)含量。果不其然,在高剪切力的作用下,野生型焦亡細胞釋放了大量的dsDNA,而NINJ1敲除細胞的釋放量則微乎其微。

這揭示了一個“兩步走”的細胞破裂模型:首先,焦亡等死亡程序激活了NINJ1,使細胞膜變得像一張預先打好孔的紙張,處于一種“易碎”狀態;然后,體內的機械力,如血流的沖刷,提供了撕開這張紙的“最后一根稻草”,導致細胞膜徹底瓦解,釋放出大分子DAMPs,從而將細胞死亡信號轉化為強烈的組織炎癥信號。

從“易碎”到“爆裂”:NINJ1如何改寫細胞死亡的結局?

這項研究巧妙地描繪了一幅關于細胞如何在機械暴力下走向毀滅的全新圖景。NINJ1不再僅僅是細胞死亡程序的一個執行者,更是一個精密的機械敏感性“調諧器”。

我們可以這樣理解:細胞死亡程序的啟動,相當于給細胞膜裝上了由NINJ1構成的“預制薄弱點”。但這并不意味著細胞會立即“爆炸”。它進入了一種“待破裂”的脆弱狀態。最終是否會發生災難性的、完全的破裂,還取決于它所處的物理微環境。

這個“NINJ1 + 機械力”的雙重調控機制,為我們理解許多疾病提供了全新的視角。例如,在敗血癥 (sepsis)中,肺部是極易受損的器官。這或許可以解釋為,在肺部密布的、高剪切力的毛細血管中,那些正在走向焦亡的免疫細胞更容易被血流“撕碎”,在局部釋放大量炎癥因子,從而加劇了肺損傷。同樣,在創傷性腦損傷或胸主動脈夾層等涉及劇烈機械應力的疾病中,NINJ1介導的細胞破裂可能也扮演著火上澆油的角色。

更重要的是,這項研究所開發的“高通量細胞健身房”本身就是一個強大的發現平臺。它不僅成功地“釣”出了NINJ1這條大魚,未來還有可能被用于篩選其他調控細胞機械敏感性的分子,甚至可以用來尋找能夠增強或削弱細胞膜強度的小分子藥物,為治療相關疾病開辟新的道路。

總而言之,這項研究告訴我們,細胞的死亡并非一個簡單的過程,而是一場由內在生物化學信號和外在物理力量共同導演的復雜戲劇。而NINJ1,正是這場戲劇中,那個決定細胞膜從“完整”走向“易碎”,并最終在機械力的作用下走向“爆裂”的、不可或缺的關鍵角色。它讓我們對生命最基本的單元——細胞,如何與物理世界進行“力量”的博弈,有了更深層次的理解。

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