肝炎E病毒（HEV）屬于Hepeviridae科，是一種單股正義RNA病毒，具有約7.2 kb的基因組。它主要通過口服途徑傳播，尤其是在缺乏良好衛生設施的地區。HEV感染通常引起急性肝炎，并可能導致嚴重的臨床表現，特別是在孕婦中，可能引發致命的肝衰竭。

HEV是全球范圍內引起急性肝炎的主要原因之一，尤其在發展中國家更為常見。根據世界衛生組織（WHO）的估計，HEV每年導致超過40,000人死亡。其傳播途徑主要是口-糞途徑，尤其是通過受到污染的飲用水和食物。盡管目前已有針對HEV的疫苗上市，但HEV的傳播依然廣泛，特別是在工業化國家。因此，了解HEV的主要載體和基因演化就顯得至關重要。

2024年12月9號，PNAS在線發表了一篇名為“Ancient evolutionary origins of hepatitis E virus in rodents”的研究論文，該研究探討了與肝炎E病毒（HEV；Hepeviridae科）相關的嚙齒動物和蝙蝠攜帶病毒的潛力。通過對全球多個地區（包括非洲、亞洲和拉丁美洲）108種嚙齒動物和鼩鼱的2,565個肝臟樣本進行基因組數據挖掘，并使用RT-PCR技術進行hepevirus的檢測，研究者發現了兩種基因上差異較大的嚙齒動物相關hepeviruses，以及兩種與已知蝙蝠相關的hepeviruses相似的病毒株。研究結果揭示了人類HEV的家族譜系，強調了對嚙齒動物相關hepeviruses的監測和實驗風險評估的必要性。

HEV感染每年造成超過40,000人死亡，主要由有蹄類動物傳播，偶爾由大鼠傳播，突顯了嚙齒動物攜帶的hepevirus的潛在跨物種傳播風險。HEV在全球范圍內每年造成大約2000萬例感染和44000例死亡，且傳播廣泛，特別是在工業化國家和發展中國家。在這里，作者探討了來自不同動物宿主的不同類型的肝炎E病毒（HEV）及其基因演化，特別是嚙齒類動物（如老鼠）在HEV基因組樹中的作用。

圖1. HEV基因組，及與HEV相關的宿主相互作用因素

嚙齒動物作為病毒的宿主

研究表明，嚙齒動物，特別是老鼠，可能是肝炎E病毒基因譜系的重要驅動因素。通過大規模的數據挖掘和田野調查，研究人員發現嚙齒動物中存在多種新型的HEV類型，這些類型與已知的HEV存在顯著的基因差異。與人類相關的HEV（主要是基因型1和2）主要由豬和其他偶蹄動物宿主提供，但來自嚙齒動物的病毒表現出高度的遺傳多樣性，且這些病毒在演化上與人類HEV相對較遠。

病毒基因組分析

通過對7.67百萬條測序數據的分析，研究發現137種HEV中有4種病毒在基因組上與已知的HEV顯著不同。這些差異主要集中在開放閱讀框1（ORF1）、ORF2和ORF3的氨基酸序列上，表明這些病毒可能具有與宿主適應相關的基因特征。研究還發現，嚙齒類動物的HEV與其他種類的HEV，如蝙蝠、鳥類等病毒的基因組差異顯著，進一步證明了嚙齒類動物在HEV的演化樹中的特殊地位。

HEV的宿主轉移

通過貝葉斯分析和祖先狀態重建，研究人員發現，HEV的進化歷史表明，人類相關的HEV可能在豬等偶蹄動物中起源，并且這種病毒可能經歷了多次宿主轉移事件。嚙齒動物被認為是HEV宿主轉移的主要來源，特別是這些小型哺乳動物在病毒傳播中的作用至關重要。

圖2. 肝炎病毒流行病學和進化

病毒跨物種傳播

在某些情況下，嚙齒動物和與其共生的鼩鼱之間存在病毒的跨物種傳播，這可能導致新型病毒株的出現。文章中指出，嚙齒類動物可能是多種HEV基因型的來源，特別是那些未被充分研究的地區，如西非和中亞。

研究的局限性與挑戰

本研究存在一些局限性，如樣本采集的時間和空間分布不完全，RT-PCR檢測可能未能發現一些遺傳差異較大的病毒類型，以及公共數據庫中宿主基因組數據的不完整。

雖然已有研究模型如RHEV（鼠類肝炎E病毒模型）可以用來研究HEV，但對人類相關HEV的動物模型仍然難以建立。

結論和未來的研究方向

該研究強調了嚙齒動物在HEV基因譜系中的關鍵角色，尤其是在病毒的宿主轉移過程中。研究人員呼吁加強對嚙齒動物和鼩鼱等小型哺乳動物中HEV的監測和風險評估。此外，考慮到嚙齒動物與HEV的關系，可能需要優化現有的HEV動物模型，以便更好地研究人類相關HEV的傳播機制。

總結

該研究表明，嚙齒類動物在HEV的傳播和進化中起著重要作用，特別是在未被廣泛研究的地區。通過基因組分析和田野調查，研究人員發現，嚙齒類動物中存在大量具有遺傳差異的HEV類型，這些類型可能對HEV的基因演化和宿主適應產生深遠影響。鑒于嚙齒類動物在HEV的傳播中扮演重要角色，未來應加強對這些動物中的HEV病毒的監測和風險評估，以應對可能的健康威脅。

論文鏈接：https://doi.org/10.1073/pnas.2413665121

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