1912年8月，韋祖珍出生在廣西東蘭縣的一個貧寒之家，原名韋仕，父母希望他能夠進入仕途實現光宗耀祖，可惜由于家里實在太窮了，父母僅供他上了一年的私塾，到7歲時就輟學了。

為了減輕家中負擔，韋祖珍從7歲開始就跟著父親一起開船渡客，到了10歲的時候韋祖珍就能獨自擺渡了，人們都稱呼他為“小艄公”，當時艄公日子過得十分艱辛，直到1928年他才遇到一個改變命運的機會。

1928年春，16歲的韋祖珍參加了家鄉的赤衛隊，接觸到了許多進步思想。1929年12月，韋祖珍參加了百色起義，起義軍組建了紅7軍，韋祖珍成為了紅7軍的一名戰士，由于表現出色，他先后擔任過班長、排長等職。

1930年11月，韋祖珍跟隨紅7軍一起北上，期間他們轉戰了5省，經歷了多次戰斗。韋祖珍跟隨紅7軍邊打邊走，在9個月的時間里行程達到了7000多公里，最后成功抵達了蘇區，此后韋祖珍參加了蘇區的反“圍剿”作戰。

1932年8月，20歲的韋祖珍因表現出色被批準入黨，他先后在紅7軍擔任過連指導員、保衛局偵察科科員，后來他還擔任過紅一軍團教導營特派員、團特派員，跟隨隊伍參加了著名的長征。

在抵達了陜北之后，韋祖珍被任命為紅一軍團保衛部副科長，擔任邊區的保衛任務。在紅軍改編為八路軍之后，韋祖珍被任命為八路軍115師晉西南支隊保衛科科長，前往了晉西南參加抗戰。

韋祖珍經歷了艱苦卓絕的戰斗，因表現出色他被安排到延安學習，受到了組織的重點培養。1940年11月，韋祖珍被留在總政擔任保衛部副科長，在1942年被安排到黨校學習，在1945年6月被任命為南下支隊警備一旅第2團政委。

抗戰勝利之后，韋祖珍被調往東北戰場上，他先后擔任過冀察熱遼縱隊第27旅政委、第18軍分區副政委和熱河軍區獨立第18旅政委等職。1947年8月，韋祖珍出任東北民主聯軍第8縱隊第24師師長。

在著名的遼沈戰役和平津戰役中，都有韋祖珍的身影，憑著在戰場上的出色表現，1949年，他被任命為四野第45軍第135師政委。韋祖珍跟隨部隊南下，參加了渡江戰役、衡寶戰役，為解放廣西做出了貢獻，戰后他被提升為第53軍副政委。

1952年7月，40歲的韋祖珍被任命為空軍第4軍副政委，同年12月被提升為空軍政委。此后他長期在空軍任職，為我國的空軍發展做出了貢獻。1955年，韋祖珍被授予少將銜，成為了開國少將。

1964年，52歲的韋祖珍被調往空軍工程學院擔任政委。4年后，韋祖珍出任福州軍區的空軍政委，在福州任職3年之后，1971年2月，韋祖珍被調往廣州軍區，出任軍區政委，不久后兼任廣西軍區第二政委。

沒想到在1973年2月，韋祖珍因遭受誣陷被離職審查，對他的審查持續了5年。1978年冬，韋祖珍得以獲釋恢復自由，不過直到1981年他才得以恢復名譽，并享受大軍區副職待遇。1982年10月11日，韋祖珍在南寧病逝，享年70歲。