1966年夏，一場運動迅速席卷而來，地方、部隊干部對此都有些不理解。

運動之初，部隊尚未介入地方工作，但有些單位也開始響應運動，大家對運動的看法出現兩種不同態度。大多數人表示部隊不應該介入地方，要保持穩定。作為山西省軍區黨委班子里，13位常委，12位常委反對部隊介入地方派性斗爭，只有一位認為應該介入地方。

這位并不非別人，而是省軍區政委張日清。

作為軍區司令員的陳金鈺個人認為，部隊不能亂，作為司令當務之急就是穩定部隊，不能參與派性斗爭。因此，他堅決不參加派性，卻遭到打擊。

因為軍區政委介入地方派性斗爭，導致地方派性組織經常到部隊，產生內部矛盾。陳金鈺回憶說：為解決內部矛盾，做大量工作，希望班子保持團結，也希望不大不要介入地方。效果并不理想，反而形勢越來越無法控制，地方各級陷于無法工作的地步。

當時，山西的群眾組織里，軍區政委支持的一派與省委所支持的是相互對立的組織，斗爭很嚴重。陳金鈺條件省委和省軍區的矛盾。1967年1月，劉格平指揮的紅派，也稱為總站派；張日清率領的聯派，稱為兵團派。后來，兩派聯合在一起。

奪取地方權力后，劉格平與張日清的矛盾也日益顯露出來，導致兩派出現對立，從文斗上升到武斗。因為省軍區下轄沒有什么武裝力量，加上上級讓軍隊介入地方，派69軍調防到山西介入工作，制止武斗，促進大聯合，作為省軍區司令的陳金鈺也算減輕不小壓力。因為軍區副司令、副政委等都受到沖擊，他本人工作也很艱難。

69軍駐防山西后，劉格平傳達所謂“指示”，要69軍支持自己。軍長解振華對此沒有急著表態支持誰。有人對解振華遲遲不表態不滿意，但他采取一碗水端平。

對于陳金鈺的處境，北京軍區領導經過調查了解，認為陳金鈺沒問題，決定保護起來，調北京軍區擔任副參謀長，負責軍區民兵工作。山西省軍區的工作交給解振華來負責，他兼任省軍區司令，革委會主任以及省委第一書記，而兩大群眾組織的頭頭后來調調去學習，離開山西革委會。

陳金鈺在山西省軍區擔任司令員時，省軍區的主要工作就是民兵工作，如訓練、征兵等。擔任副參謀長是平級調動，而且分管的工作也是自己熟悉的領域。

民兵工作是配合正規軍作戰，補充不大，支援前線，維護交通，保衛政權，鞏固后方的需要。實際上擔負的任務也不輕。

在北京軍區副參謀長的位置上一干十多年，到1982年隨著干部年輕化號召而退居二線，按照副兵團職離休。