1978年，基建工程兵兵部成立，李人林為主任，谷牧兼任政委。此后，陸續調黎原、黎光等副主任、副政委充實領導班子。

基建工程兵在六十年中后期就成立，主要承擔國家基本建設重點項目和國防工程施工等，但是一直沒成立兵部。它的成立與作戰、訓練無直接關系，而是為工程建設需要。

1979年，黎原從蘭州軍區副司令調任第一副主任，抓部隊訓練和管理，而他與李人林主任也是老上下級關系，彼此比較熟悉。

抗美援朝時，李人林擔任過47軍政委，而黎原擔任下轄師長。47軍過去是四野部隊，李人林是中原軍區干部出身，調47軍工作一段時間后離開。但他們此后也經常保持聯系，相互看望。

剛到一起工作時，黎原回憶領導班子的關系很融洽，機關買兩輛紅旗轎車，李人林用一輛，黎原用一輛。政委谷牧是兼職，工作重點在國務院。

當時，基建工程兵兵力發展到50萬，9個軍級指揮部，3個師級辦公室，32個師級單位，分布在全國各省、市、自治區，擔負的任務五花八門。

在日常管理中，李人林與黎原產生分歧，而且越發嚴重。

黎原是野戰軍出身，上級調他來是加強部隊管理，部隊既然是軍隊建制，應該加強紀律方面；可領導這支部隊十幾年的李人林對部隊是實際屬性最了解，部隊前身就是各部施工隊，為了便于施工將其組建成一支陸軍兵種，但根本任務就是施工為主，這支部隊用現在的話來說就是國企施工隊。黎原認為對方只強調勞和工，忽視武和戰，不注重作風紀律，只看任務完成度。

倆人的矛盾干部的提拔問題上，黎原認為對方不按照政策辦事，突擊提拔干部，如將連職干部提拔為團職等 。

倆人真正的矛盾點從1980年以后，緣于黎原曾經寫過的一些文章。

黎原曾與華老共事，在1967年介入湖南地方后，擔任省革委會主任，華擔任副主任。2年后黎原率領部隊換防蘭州軍區，湖南地方工作交給對方。到七十年代，華老被提拔到中央工作，擔任重要職務，1976年在粉碎四人幫后，寫了一些贊揚的文章。

1981年后，對方辭去職務后，過去的文章讓他很壓力。黎原認為那個特殊時期，所處的位置寫點文章怎么了，而且也不只是自己有這樣的情況。對于文章，谷牧說沒有什么問題，但內容說了過頭話，是一般問題。可黎原認為自己因此失去十二大候選人資格，自己反映情況沒被采納。

他認為主要領導工作簡單粗暴，意氣用事，武斷作結論，倆人的關系緊張。

1982年，根據上級精簡各兵種時，裝甲兵、炮兵、工程兵降為正軍級單位，鐵道兵、基建工程兵集體轉業。上級在給幾個兵種領導班子開會，一開始阻力很大，大多數人都不同意撤銷，希望繼續保留，可以縮編、裁減。當大多數人不愿意時，黎原表示支持撤銷。