撰文丨王聰

編輯丨王多魚

排版丨水成文

我們生活的世界中到處都有著微生物的存在，它們對我們生活的許多方面都產生了深遠的影響，許多關于微生物及其基因組（統稱為微生物組）的研究都集中在腸道上，這是人體大多數微生物所定植的地方，這些微生物會影響癌癥嗎？

2020年3月，加州大學圣地亞哥分校的Rob Knight團隊在Nature期刊發表了題為：Microbiome analyses of blood and tissues suggest cancer diagnostic approach 的研究論文。

該研究對33種癌癥的18116個樣本的癌癥基因組圖譜（TCGA）的全基因組和全轉錄組測序結果進行了分析，在大多數主要類型的癌癥內部和之間的組織和血液中發現了獨特的微生物特征，并進一步建立了人工智能模型，作為基于微生物組的癌癥診斷工具。

然而，近日，Nature期刊撤回了這篇備受關注的論文。

撤稿原因是，2023年10月，約翰·霍普金斯大學的研究人員在mBio期刊發表文章，他們重新分析了上述Nature論文的數據，這篇發表于 Nature 的論文報告了微生物的DNA特征與人類33種不同癌癥類型之間存在很強的相關性，并創建了在區分癌癥方面具有近乎完美準確性的機器學習預測器。

然而，約翰·霍普金斯大學的研究人員發現，這些數據和方法中發現了至少兩個根本性的缺陷：

1、基因組數據庫和相關計算方法的錯誤導致所有樣本中出現了數百萬個細菌讀數的假陽性結果，主要是因為大多數被鑒定為細菌的DNA序列實際上是人源的；

2、原始數據轉換中的錯誤產生了一種人為特征，即使對于未檢測到讀數的微生物也是如此，為每種腫瘤類型標記了一個獨特的信號，機器學習程序隨后利用該信號創建了一個看似準確的分類器。

這兩個缺陷中的每一個都使論文的結論無效，因此，論文基于這些結論提出的基于微生物組的癌癥識別分類器完全錯誤。

此外，這些錯誤還影響了后續十多項使用該論文中相同數據的已發表研究，這些研究結果可能也同樣無效。

Nature的編輯團隊認為，該論文的一些發現受到了錯誤數據分析的影響，相應的結論不再得到支持，論文所有作者同意撤稿。

論文鏈接：

1. https://www.nature.com/articles/s41586-020-2095-1

2. https://journals.asm.org/doi/10.1128/mbio.01607-23

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