“黃花塘事件”后，針對饒漱石和陳毅之間產生的嚴重矛盾，毛澤東決定暫時讓兩人分開，電示陳毅來延安，他在給陳毅的電報中這樣說道：

“我們希望陳來延安參加七大。前次你們來電要求以一人來延，那時我們不知你們間不和情形，現既有此種情形，而其基本原因，因為許多黨內問題沒有講通。如陳來延安參加七大，并在此留住半年左右，明了黨的新作風及應作重新估計的許多黨內歷史上重大問題......如對此問題充分明了，則一切不和均將冰釋，并對黨有極大利益”。

根據毛澤東的指示，陳毅于1943年11月25日啟程，經過近百日數千里的行程，輾轉來到延安。

本來，陳毅一見到毛澤東，除要全面匯報華中抗戰總體形勢外，當然還想向毛澤東傾訴“黃花塘事件”挨饒漱石整的問題。但毛澤東卻先給陳毅“澆了冷水”，對他說：“如果你談三年游擊戰爭的經驗，談華中抗戰的經驗，那很好，我可以召集一個會議，請你談3天3夜。至于與小饒的問題，我看還是不要提，一句話也不要提。關于這件事，華中曾經有個電報發到中央來。這電報在，如果你要看，我可以給你看，但是我看還是暫時不要看為好”。

陳毅是個講政治、講原則的人，見毛澤東這樣一說，他馬上回復說：“那我就不看，華中的事也就不談”。

毛澤東則說：“我歡迎你這個態度”。

之后，陳毅便一直留在延安，參加整風，參加七大的準備工作，參加外事工作，參加毛澤東交待的一些特別工作。尤其值得一提的是，陳毅被選定為七大“軍事報告的起草人”。這使得陳毅在延安期間一直處于比較忙的工作狀態。

隨著時間的推移，隨著對一些問題看法的不斷深化，隨著與毛澤東的接觸越來越多，陳毅在延安期間的思想認識不斷提高。毛澤東在給陳毅的一封回信中這樣表揚陳毅：“你的思想一通百通，無掛無礙，從此到處是坦途了”。

《陳毅傳》這樣稱：“15年前，他在閩西同毛澤東等的交往和在上海同周恩來等的討論中，曾獲得了他思想上的一次飛躍。15年后在延安，他又在毛澤東為首的中共中央幫助下，獲得了第二次飛躍。一年以后，陳毅回到華東，有人問及他對毛澤東的印象，他說：毛澤東進步太大了，我是望塵莫及”。

“七大”閉幕后不久，抗日戰爭勝利后，全黨又投入到了新的對國民黨的斗爭當中。此時，對于陳毅的工作安排問題，中央和毛澤東作了審慎的研究，曾一度考慮過派他去東北，但最終還是覺得他對華中的情況更熟悉，最后還是決定派他回華中。為此，毛澤東專門找陳毅進行了談話。

對于回到華中工作，盡管陳毅心理早有思想準備，但他還是顧慮重重，最主要的當然就是和饒瀨石的關系問題。于是，陳毅向毛澤東坦誠地說道：“回華中去恐怕沒有事做，不起作用”。

對于陳毅的顧慮，毛澤東當即對陳毅說道：“怎么不起作用，只要你坐在那里就起作用”。

于是，陳毅答應下來，并向毛澤東表態說：請中央放心，回華中后一定把工作搞好。

就在陳毅飛離延安的第二天，中央便發了封電報給華中局：“陳毅同志昨日飛抵太行，轉赴華中。陳態度很好，一切問題均談通。分工：饒為書記及政委，陳為軍長及副書記，其余不變”。