萬(wàn)歷三十九年京察，因遼東任上的出色表現(xiàn)，熊廷弼有望升任遼東巡撫或返回京師任北直隸督學(xué)巡按御史。但給事中段然卻力勸吏部尚書孫丕揚(yáng)將熊廷弼遠(yuǎn)放南京，委任為提督南直隸學(xué)政。

段然的理由是江南“士風(fēng)囂悍，所在圍官府、焚縉紳房屋，皆目為藍(lán)袍大王，莫敢問(wèn)”，只有熊廷弼這種文武兼?zhèn)洹⑹滞髲?qiáng)硬者才能整頓江南士林。說(shuō)得義正言辭，但他并不是真心為朝廷考慮。

萬(wàn)歷三十七年?yáng)|林謀劃李三才入閣一案爆發(fā)，東林和非東林展開了長(zhǎng)達(dá)一年的斗爭(zhēng)（這是明末黨爭(zhēng)的標(biāo)志性事件）。非東林派系的官員大多希望原禮部侍郎郭正域入閣，段然則站隊(duì)李三才一邊。而熊廷弼和郭正域不僅互視對(duì)方為知己，還是兒女親家。

另外段然和兵科給事中胡嘉棟是死對(duì)頭，萬(wàn)歷三十八年段然逮住胡嘉棟工作失察的機(jī)會(huì)發(fā)起彈劾。正是熊廷弼上疏為胡辯解，才讓他免于受過(guò)。熊出面救胡的原因是，胡嘉棟在他鄉(xiāng)試時(shí)對(duì)他有知遇提攜之恩。

所以段然就是在故意下絆子，讓熊廷弼這個(gè)楚黨去東林的大本營(yíng)“整治”東林學(xué)子，欲借黨爭(zhēng)之手扳倒自己的敵人。

萬(wàn)歷三十九年八月，熊廷弼到達(dá)南京履任。很快他就發(fā)現(xiàn)了“士風(fēng)囂悍”的根源，不少學(xué)子依仗的不是才學(xué)而是地方權(quán)貴的裙帶關(guān)系。熊廷弼的應(yīng)對(duì)方法也很簡(jiǎn)單，親自抓“歲考”，品學(xué)兼優(yōu)的提拔，不行的罷黜。

注：“歲考”是針對(duì)各府官學(xué)生員（廩生、增生、附生）的考評(píng)。考試成績(jī)分六等，一二等可參加鄉(xiāng)試，三等無(wú)賞無(wú)罰，四等需接受教授懲戒，五等降級(jí)，六等革除生員資格。

很快熊廷弼就干出了兩件大事。

其一，據(jù)《定陵注略》記載，常州某公子在考試時(shí)作弊被抓，雖然他爹“實(shí)力雄厚”，但熊廷弼也沒慣著，讓人把他捆起來(lái)打了一頓并關(guān)禁閉。該公子的父親，氣得帶人入學(xué)府搶人。后在鄉(xiāng)紳的調(diào)停下，熊廷弼才沒有上綱上線。

其二，熊廷弼黜落了東林魁首顧憲成長(zhǎng)子顧與渟的生員資格（此時(shí)顧憲成還在世）。以顧家的家風(fēng)和顧憲成的成就，顧與渟不太可能在學(xué)問(wèn)上不合格。熊廷弼這么做可能是看不上顧與渟的人品，以及給江南士子們立“榜樣”。

先生謂諸生不看《性》、《鑒》，無(wú)實(shí)學(xué)，每試必書經(jīng)論四篇，無(wú)論者一等，無(wú)幫補(bǔ)、無(wú)經(jīng)者，文雖工，置五等 … 所拔皆名士，所進(jìn)皆寒微，所黜皆鄉(xiāng)紳津要子弟，而東林子弟居多。人妄擬先生有意摧東林，至此禍不可解。
《熊襄愍集》

當(dāng)然也有另一種可能，熊廷弼在刻意針對(duì)顧憲成和他身邊的人。因?yàn)槔钊虐负螅鞒狞h爭(zhēng)上升了一個(gè)層次。不管愿意與否，官員們都得站隊(duì)（熊其實(shí)和部分東林官員私交頗好）。無(wú)人能獨(dú)善其身，熊廷弼也跳不出這個(gè)染缸，這也是明朝的大不幸。

很快針對(duì)熊廷弼的報(bào)復(fù)就來(lái)了。萬(wàn)歷四十年七月，應(yīng)天巡按御史荊養(yǎng)喬（東林）上疏彈劾熊廷弼“庇護(hù)奸人、殺人媚人”兩罪。除此之外，荊養(yǎng)喬在未獲朝廷允準(zhǔn)的情況下突然棄官以示抗議。

在熊廷弼上任前太平府發(fā)生了一個(gè)案子。生員梅宣祚和他族兄弟梅振祚、梅子祚、梅羽祚、梅俞祚、梅望祚以及湯必守，私下收容一名出奔的婦人徐氏，民間傳言幾人將其私藏家中淫玩。

在審理此案的過(guò)程中，宣城生員蘇海望、李茂先、馮應(yīng)祥、芮永縉等人擺出一副為民請(qǐng)命的模樣，利用生員公舉的特權(quán)到南京各衙門鬧事告狀，并四處宣稱案件有黑幕、有人要包庇梅氏等等。

熊廷弼到任一段時(shí)間后，這個(gè)案子也結(jié)案了。判梅振祚、梅子祚、湯必守流徒，其余杖刑并全部革除生員。于此同時(shí)有人向熊廷弼檢舉了蘇海望等人的不當(dāng)行為，熊廷弼查實(shí)后就下令杖責(zé)以示懲戒，結(jié)果芮永縉被當(dāng)堂打死了。

此案接著引出了第二案，在介紹第二案之前需要先了解一下前案相關(guān)人員的背景。

首先，梅家是典型的江南縉紳家族。自嘉靖朝中期，梅家代代都有人中舉人或進(jìn)士，此時(shí)正是梅家最輝煌的時(shí)候“兄弟三進(jìn)士，一門四舉人”。湯必守是宣黨魁首湯賓尹的族人。受害人徐氏的家門也不低，家主是致仕的前刑部尚書（南京）徐元太。

第二案是樁陳年舊案，當(dāng)年徐家有個(gè)女兒起初聘于湯一泰（湯賓尹的族叔），后來(lái)徐家嫌棄湯家聘禮太少（湯賓尹發(fā)跡前湯氏并不富裕），又與當(dāng)?shù)馗蛔迨┘疫_(dá)成意向。為了悔掉之前的婚約，徐湯兩家編出了個(gè)指腹為婚的故事。

湯家覺得自己被欺負(fù)了，就將此事告到了官府。徐家怕一女聘二夫的丑事被戳穿，就逼自己女兒上演跳塘自盡的戲碼意圖逼湯家撤訴。哪知這女孩真淹死了，徐、施兩家就趁勢(shì)鼓動(dòng)人鬧事，湯家不得不息訟，三家也算是結(jié)成了仇。后在徐元太的參與下，當(dāng)?shù)貫檫@個(gè)徐氏女孩建了烈女祠。

注：明清時(shí)期盛行“死者為大”，不少案件在審理過(guò)程中，無(wú)理一方會(huì)濫用“威逼人致死”的罪名，通過(guò)自殘、自殺的手段來(lái)逼迫有理方妥協(xié)或逆轉(zhuǎn)案件審理的結(jié)果。這在欠債、土地糾紛案件中高頻發(fā)生。

這兩個(gè)案子看上都和熊廷弼沒關(guān)聯(lián)，但經(jīng)荊養(yǎng)喬的描述就不一樣了。

荊養(yǎng)喬認(rèn)為對(duì)梅氏子弟以及湯必守的判罰太輕，原因是熊廷弼干涉了案件的判罰，其目的是包庇梅家（梅家的梅守和與熊廷弼是同年）以及討好湯賓尹。

另外，熊廷弼在處罰蘇海望、李茂先、馮應(yīng)祥、芮永縉等生員的判詞里提了句“施湯故智”，這確實(shí)是在說(shuō)第二案。

因?yàn)楫?dāng)年徐元太為徐家女建烈女祠并不是自己直接出面，而是由生員馮應(yīng)祥（就是被熊廷弼打的）等人出的頭。當(dāng)時(shí)的南直隸督學(xué)御史（史學(xué)遷）就批評(píng)這些生員舉止不當(dāng)，他覺得徐氏一人許兩家在先，并非死于大義，所立之祠當(dāng)為“淫祠”（后來(lái)這個(gè)烈女祠被拆了）。

熊的本意是告誡學(xué)子們別忘前事，不要過(guò)度參與縉紳爭(zhēng)斗被人當(dāng)槍使。荊養(yǎng)喬則認(rèn)為熊是在明目張膽的討好湯氏，為幫湯家出氣，故意杖責(zé)這幾個(gè)生員。

注：馮應(yīng)祥很有可能是依附于徐家的職業(yè)“訟棍”。他們四處舉告“梅家子弟宣淫案”，也有可能是制造輿論以給官府壓力重判梅氏，因?yàn)楫?dāng)時(shí)徐家勢(shì)力遠(yuǎn)不如梅家。

經(jīng)荊養(yǎng)喬的折騰，加上熊廷弼之前的作為，他很快就被推到了風(fēng)頭浪尖。對(duì)于荊養(yǎng)喬的彈劾以及任性去職，神宗命左都御史孫瑋調(diào)查此事，結(jié)果孫瑋導(dǎo)致這場(chǎng)斗爭(zhēng)進(jìn)一步升級(jí)。

對(duì)于主動(dòng)棄官的荊養(yǎng)喬，他給出了革職的處理意見；對(duì)于熊廷弼，他則以“二御史相爭(zhēng)，必行勘，乃足服其心”為由，建議朝廷命熊廷弼返鄉(xiāng)待勘。

注：“行勘”是指派出御史分別堪問(wèn)各方說(shuō)辭并進(jìn)行調(diào)查核實(shí)，最終再給出判罰結(jié)論。在這個(gè)過(guò)程中被勘問(wèn)的各人需停職并固定場(chǎng)所（非監(jiān)禁但不得隨意遠(yuǎn)離，所以一般都會(huì)被要求返鄉(xiāng)居住）。

孫瑋的奏疏上呈至朝廷，神宗同意了孫瑋的建議，這立刻就引爆了黨爭(zhēng)。東林一系的官員紛紛上疏支持孫瑋的處理意見，而楚黨成員則同仇敵愾，群起彈劾孫瑋結(jié)黨營(yíng)私，包庇荊養(yǎng)喬并想構(gòu)陷熊廷弼。

因?yàn)楹芏喑h成員本身為御史，是孫瑋的下屬。這搞得孫瑋很尷尬，所以一番大亂斗后，事實(shí)沒查出個(gè)所以然，孫瑋自己就被迫請(qǐng)辭了。神宗只得派沒有黨派背景的右副都御史徐應(yīng)登，接手調(diào)查。

萬(wàn)歷四十一年二月，徐應(yīng)登上呈了他的調(diào)查抱告，大致為以下三點(diǎn)：

第一，熊廷弼不僅沒有包庇梅氏子弟和湯必守，還“恨不能受刃其同黨”。

第二，蘇海望、李茂先、馮應(yīng)祥、芮永縉等生員確實(shí)收了他人錢財(cái)，才假借公舉之名于各衙門告狀鬧事。熊廷弼杖責(zé)他們并不違法。至于芮永縉被打死，是他自己身體不好。

第三，沒有實(shí)質(zhì)證據(jù)能證明熊廷弼討好湯賓尹。

除此之外，徐應(yīng)登還評(píng)價(jià)熊廷弼在履任期間“豪爽英邁，凡事?lián)刹灰伞薄ＵJ(rèn)為熊廷弼是因力挽江南士風(fēng)而得罪不了人，才遭到謠言誹謗。

這一下楚黨攻擊孫瑋更甚，孫瑋也開始更為頻繁地請(qǐng)辭。神宗的態(tài)度就值得玩味了，他一方面不真心挽留（真挽留就得處罰幾個(gè)彈劾人），一方面又不同意孫瑋的辭職。以至于到了七月，孫瑋已上了25份辭職申請(qǐng)，后被迫學(xué)荊養(yǎng)喬，直接撂挑子走人。

另一方面，徐應(yīng)登雖然證明了熊廷弼的清白，但神宗也不說(shuō)讓他回任而是讓他在老家繼續(xù)待勘，這一待就待到了萬(wàn)歷十七年四月遼東已危如累卵。

神宗這是在干什么？說(shuō)好聽點(diǎn)，他是兩邊各打五十大板，玩平衡。說(shuō)難聽點(diǎn)，他這就是在故意怠政，想讓朝廷停擺（他想依靠更聽話的宦官治國(guó)）。所以清人說(shuō)“明亡于萬(wàn)歷”，真沒冤枉他。